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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t7w | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Oxygen-dependent coproporphyrinogen-III oxidase (hemF) from Klebsiella aerogenes | |||||||||
![]() | Oxygen-dependent coproporphyrinogen-III oxidase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Oxygen-dependent coproporphyrinogen-III oxidase / hemF | |||||||||
機能・相同性 | ![]() coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Oxygen-dependent coproporphyrinogen-III oxidase (hemF) from Klebsiella aerogenes 著者: Lovell, S. / Liu, L. / Cooper, A. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35323.621 Da / 分子数: 1 / 変異: D51N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hemF / プラスミド: KlaeA.17085.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus E2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene ...詳細: Morpheus E2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene glycol. KlaeA.17085.a.B1.PW39170 at 43.4 mg/mL. plate 13138 well E2 drop 1. Puck: PSL-0704, Cryo: Direct. Large disorder/conformational change from H66-S85 modeled in two conformations. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→47.85 Å / Num. obs: 51531 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 702985 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 1.453 / Num. measured all: 31620 / Num. unique obs: 2503 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.424 / Rrim(I) all: 1.515 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→26.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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