PDB-8t7j: Oxygen- and PLP-dependent Cap15 holoenzyme bound with phosphate anion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t7j

タイトル

Oxygen- and PLP-dependent Cap15 holoenzyme bound with phosphate anion

要素

Putative selenocysteine synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / pyridoxal 5'-phosphate / monooxygenase-decarboxylase / type I fold

機能・相同性

L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / 酸化還元酵素 / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / PHOSPHATE ION / 5'-C-glycyluridine monooxygenase-decarboxylase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. SANK 62799 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structure of the Oxygen, Pyridoxal Phosphate-Dependent Capuramycin Biosynthetic Protein Cap15.
著者: Daniel-Ivad, P.G. / Van Lanen, S. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2023年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8t7j.ent.gz	421.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8t7j_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t7j_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
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CIF形式データ	8t7j_validation.cif.gz	70.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/8t7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/8t7j	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative selenocysteine synthase

B: Putative selenocysteine synthase

C: Putative selenocysteine synthase

D: Putative selenocysteine synthase

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative selenocysteine synthase

B: Putative selenocysteine synthase

C: Putative selenocysteine synthase

D: Putative selenocysteine synthase

ヘテロ分子

A: Putative selenocysteine synthase

B: Putative selenocysteine synthase

C: Putative selenocysteine synthase

D: Putative selenocysteine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, predicted MW of 300 kDa, expected value 336 kDa, broad elution
339 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.590, 220.986, 96.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative selenocysteine synthase 分子量: 42283.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. SANK 62799 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1CG36
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: parallelepiped, yellow
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M sodium acetate, 17 % polyethylene glycol 3350, 10-15 mg/mL Cap15 Temp details: ambient variance

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→38.9 Å / Num. obs: 60031 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 50.89 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 1.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4126 / CC_1/2: 0.881 / R_pim(I) all: 0.462 / R_rim(I) all: 1.562 / Χ²: 0.9 / % possible all: 99.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→38.9 Å / SU ML: 0.358 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.0065
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2677	1991	3.33 %
R_work	0.2243	57772	-
obs	0.2257	59763	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9762	0	28	223	10013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9948
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4819	13596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0424	1596
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.481	3329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.4233	130	0.3315	3785	X-RAY DIFFRACTION	92.47
2.46-2.52	0.3235	139	0.2782	4089	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.52-2.6	0.3295	144	0.2578	4129	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.6-2.68	0.3109	142	0.2625	4095	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.68-2.78	0.319	140	0.2584	4087	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.78-2.89	0.3011	141	0.2605	4102	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.89-3.02	0.3239	144	0.2641	4130	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.02-3.18	0.2822	142	0.2425	4123	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.18-3.38	0.2858	144	0.2364	4168	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.38-3.64	0.2866	144	0.2306	4138	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.64-4	0.2778	144	0.2105	4172	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4-4.58	0.2366	144	0.197	4171	X-RAY DIFFRACTION	99.52
4.58-5.77	0.2048	145	0.1962	4228	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.77-38.9	0.2422	148	0.2077	4355	X-RAY DIFFRACTION	99.32

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.99616863418	-1.5023394336	1.45907538502	1.30870683069	-0.248794260506	5.23946586459	0.0205694508806	-0.0597239411637	0.508206163765	-0.497779925413	-0.0847901686136	-0.395284289707	-0.501001862257	0.55001733356	0.043924490784	0.788236599096	-0.178203713364	0.109229141431	0.454013884935	0.0342646000775	0.41005885744	-37.827	112.958	19.874
2	1.06871144541	0.354188934426	-0.0850991380899	1.67504623142	0.750784640357	1.81936614151	-0.138120684202	-0.259233082083	-0.0473602734444	0.0519473461909	0.0704171537054	0.0696317118074	0.129817086064	0.173685033248	0.0409979075297	0.478902939533	0.0102258307744	-0.00930449606463	0.503847582256	0.00987637678481	0.235042075951	-45.534	101.696	37.856
3	5.67132370099	-1.53632779185	0.419212972978	2.25623155189	0.195134637821	2.18655700677	-0.160391522044	0.0578598446964	-0.413997881991	0.250808962566	-0.0375723263685	0.0592100296292	0.364038958498	-0.0396459065431	0.244270772935	0.564751465714	0.0140819754446	-0.0433113798184	0.377984579261	-0.0187500027922	0.203450809975	-58.006	90.715	31.612
4	3.11665818872	0.232301636082	0.135066141839	1.09812345976	0.304082865915	1.41796210771	-0.0794676293806	-0.147307617062	0.107436623645	-0.0467234159421	-0.0170732241733	0.11489839229	-0.0561049150614	-0.151891940824	0.0961126424243	0.529298696012	0.0424870704738	-0.0366968930832	0.431529792202	-0.0216933408796	0.18511734922	-59.038	101.753	35.088
5	8.36477142769	1.95494756706	0.632594761901	1.39550853197	-1.94184106442	5.79967904294	0.249702517554	0.228336847179	1.22399264427	-0.123914976546	-0.566691137704	0.103116723008	-0.593750106781	-0.264159398813	0.250549855813	0.310831975758	-0.114776321581	0.0230973176015	0.446287251614	-0.0676929925267	0.289653089261	-40.098	113.999	33.64
6	2.97162990786	1.05883051073	-0.381143716724	5.53062651717	-0.840564695859	7.46858273117	0.839416948295	0.0234265536234	0.28025587796	-0.372792931117	1.16800185084	1.22930699086	-0.919658459359	-0.107791225922	-1.60212615469	1.02803535214	-0.0371558704302	0.0988462270026	0.427798256543	-0.0186882022803	1.10802209323	-54.874	132.696	25.141
7	7.60372120139	-2.24991569208	2.93463329788	5.42136203972	-3.98843248463	4.46035728263	-0.19081359647	0.256594574105	0.413857774328	1.23792168636	0.463687305971	1.09590053121	-1.13338141835	0.151924942531	-0.0495746870948	0.734980106302	-0.0162533823189	-0.112464120047	0.472362037281	0.118836219882	0.774231393605	-63.378	128.292	19.552
8	9.11064704775	-2.631090218	7.20593068882	1.37640732354	-2.17757588345	5.70912507255	-0.0988324333351	2.37919003326	0.131184905744	-1.26819645251	0.305473214799	0.2114381926	1.89373184664	0.479984687109	-0.0226177668566	1.29493809337	-0.221527234942	-0.201258453781	0.76191986755	0.192271182406	0.543451485745	-56.416	121.555	8.405
9	3.59111145002	-2.74844422751	1.85859872806	2.93146513272	-0.444952175499	3.17132940069	0.475566526488	0.301038692065	0.22504021613	-0.48331267919	-0.136018265953	0.14120929111	0.216642220543	0.150992093893	-0.330532521572	0.721398993532	-0.0883363220362	-0.0252142156337	0.438604792324	0.177521402469	0.539441003272	-56.267	126.532	14.816
10	0.767906165518	0.430906158491	0.613347538915	1.97972302338	-0.27881028755	1.60483824486	0.136438754365	0.409204920116	-1.25065960894	-0.03634829477	-0.102314717252	0.139988515016	0.333939561644	0.405694082186	-0.0245649172877	0.638072920911	0.0845164152843	0.033078124028	0.619972592534	-0.215155053808	1.64110767335	-41.43	35.245	20.539
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12	1.33220754672	0.379577951372	0.628342692663	0.649221047046	-0.65906062593	1.37469461377	0.0805983995806	-0.192055048121	-0.832422835263	-0.0280246829872	0.352572310078	0.231373556635	0.555942877051	-0.333818836727	-0.317116646524	0.815349051867	0.0738087868631	0.0617014787859	0.702682623126	-0.0495788790808	2.53958052351	-54.431	18.797	27.295
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25	5.75678066634	0.223197724362	-0.763668450747	1.16291589361	-1.24580123138	7.88293302759	0.229632487912	0.890472143147	-0.655020137937	-0.0156176754987	0.0851720222869	-0.107103117707	-0.124064505209	0.22184953861	-0.232319846435	0.553995605813	-0.0437779838312	0.0392143043885	0.684579621999	-0.0072907360431	1.23262744635	-17.131	52.728	15.422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 17:61 )	A	17 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 62:100 )	A	62 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 101:135 )	A	101 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 136:264 )	A	136 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 265:282 )	A	265 - 282
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 283:302 )	A	283 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 303:336 )	A	303 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 337:354 )	A	337 - 354
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 355:384 )	A	355 - 384
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 17:100 )	B	17 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 101:264 )	B	101 - 264
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 265:354 )	B	265 - 354
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 355:384 )	B	355 - 384
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 17:61 )	C	17 - 61
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 62:282 )	C	62 - 282
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 283:383 )	C	283 - 383
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 17:61 )	D	17 - 61
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 62:100 )	D	62 - 100
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 101:164 )	D	101 - 164
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 165:188 )	D	165 - 188
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 189:214 )	D	189 - 214
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 215:264 )	D	215 - 264
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 265:282 )	D	265 - 282
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 283:344 )	D	283 - 344
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 345:383 )	D	345 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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