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万見
- PDB-8t7d: Crystal structure of wild type IDH1 bound to compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t7d
タイトルCrystal structure of wild type IDH1 bound to compound 1
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / peroxisome / tertiary granule lumen / NADP binding / response to oxidative stress / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.444 Å
データ登録者Lu, J. / Abeywickrema, P. / Heo, M.R. / Parthasarathy, G. / McCoy, M. / Soisson, S.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Biostructural, biochemical and biophysical studies of mutant IDH1.
著者: McCoy, M.A. / Lu, J. / Richard Miller, F. / Soisson, S.M. / Lam, M.H. / Fischer, C.
履歴
登録2023年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,8738
ポリマ－192,2714
非ポリマー1,6024
水00
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9364
ポリマ－96,1352
非ポリマー8012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area33580 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9364
ポリマ－96,1352
非ポリマー8012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.592, 120.991, 139.274
Angle α, β, γ (deg.)90, 119.39, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / ...IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 48067.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-ZT3 / N-(4-tert-butylphenyl)-7,8-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrido[2,3-b][1,5]benzodiazepine-6-carboxamide


分子量: 400.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate, pH6.5, 0.2M NaCl, 2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→121.35 Å / Num. obs: 30579 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 3.44→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.455 / Num. unique obs: 4446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.444→91.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.546
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2671 1536 -RANDOM
Rwork0.2405 ---
obs0.2418 30571 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.0322 Å20 Å28.7379 Å2
2--7.3929 Å20 Å2
3---7.6393 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.444→91.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11533 0 120 0 11653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811914HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9916265HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3754SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2089HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it11782HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1658SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8157SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.57
LS精密化 シェル解像度: 3.444→3.47 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3237 25 -
Rwork0.2985 --
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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