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- PDB-8t70: Cryptococcus neoformans protein farnesyltransferase in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t70
タイトルCryptococcus neoformans protein farnesyltransferase in complex with FPTII and TKCMIIM peptide
要素
  • MET-ILE-ILE-MET
  • Protein farnesyltransferase subunit beta
  • Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / Protein prenylyltransferase / TRANSFERASE-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prenylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein farnesyltransferase subunit beta / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3FX / benzenethiol / Chem-FII / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / Protein farnesyltransferase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.892 Å
データ登録者Wang, Y. / Beese, L.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5P01AI104533 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryptococcus neoformans protein farnesyltransferase in complex with FPTII and TKCMIIM peptide
著者: Wang, Y. / Beese, L.S.
履歴
登録2023年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Protein farnesyltransferase subunit beta
P: MET-ILE-ILE-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,23532
ポリマ－98,5603
非ポリマー2,67429
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14630 Å2
ΔGint36 kcal/mol
Surface area29500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.768, 140.768, 129.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21B-930-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha


分子量: 40913.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VSJ6
#2: タンパク質 Protein farnesyltransferase subunit beta


分子量: 56806.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2BPA1

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド MET-ILE-ILE-MET


分子量: 840.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 401分子

#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-3FX / (2R)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S
#7: 化合物 ChemComp-FII / [(3,7,11-TRIMETHYL-DODECA-2,6,10-TRIENYLOXYCARBAMOYL)-METHYL]-PHOSPHONIC ACID / FPP ANALOG


分子量: 359.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H30NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-BT6 / benzenethiol


分子量: 110.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6S
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 100mM CAPSO pH9.5, 50-75mM Li2SO4, 200mM NaCl, 16%-21% PEG4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.892→49.77 Å / Num. obs: 103014 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 8.08
反射 シェル解像度: 1.892→1.959 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 10141 / CC1/2: 0.931 / Rpim(I) all: 0.306 / Rrim(I) all: 0.755 / % possible all: 98.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.892→49.77 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 5171 5.02 %
Rwork0.1849 --
obs0.1861 102952 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.892→49.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 0 169 372 6949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2352479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.892-1.910.32673150.28246180X-RAY DIFFRACTION97
1.91-1.940.32873020.27996219X-RAY DIFFRACTION99
1.94-1.960.31093570.26376243X-RAY DIFFRACTION100
1.96-1.980.28253060.2516251X-RAY DIFFRACTION99
1.98-2.010.28323120.24056298X-RAY DIFFRACTION99
2.01-2.040.29373420.23556201X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.070.27723730.23566218X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.10.25032860.22756299X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.130.24633150.20866266X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.24033400.20886274X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.20.2553200.21146028X-RAY DIFFRACTION96
2.2-2.240.22423000.20176118X-RAY DIFFRACTION97
2.24-2.290.22633290.20326267X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.330.24813250.19176303X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.380.20393610.18776188X-RAY DIFFRACTION99
2.38-2.440.22763570.18256227X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.50.22782980.18526327X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.570.20413410.18986223X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.640.23783260.19336251X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.730.22733460.18966299X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.830.21453600.19296211X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.940.19663120.19326308X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.070.20573190.19736272X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.230.20793410.19785940X-RAY DIFFRACTION95
3.23-3.440.2243100.19686295X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.70.21143240.18096293X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.070.19533400.1626228X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.660.16573380.14646252X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.870.1963880.15576134X-RAY DIFFRACTION99
5.87-49.770.16362750.15076007X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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