PDB-8t6i: Structure of VHH-Fab complex with engineered Crystal Kappa region

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t6i

タイトル

Structure of VHH-Fab complex with engineered Crystal Kappa region

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
VHH domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / NabFab / Nanobody / Antibody Fragment

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Thompson, I. / Kossiakoff, A.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Engineered antigen-binding fragments for enhanced crystallization of antibody:antigen complexes.
著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / ...

履歴

登録	2023年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t6i.cif.gz	233.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t6i.ent.gz	187.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t6i_validation.pdf.gz	723.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t6i_full_validation.pdf.gz	729.8 KB	表示
XML形式データ	8t6i_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	8t6i_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/8t6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/8t6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t58C 8t7fC 8t7gC 8t7iC 8t8iC 8t9yC 8trsC 8trtC 8ts5C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VHH domain

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

63 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.481, 74.189, 218.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	VHH domain 分子量: 14170.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET26B+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 抗体	Fab light chain 分子量: 23025.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Chain contains a substitution called Crystal Kappa "QGTTS" 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 25684.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→74.19 Å / Num. obs: 29702 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3539 / CC_1/2: 0.54 / R_pim(I) all: 0.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→61.368 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2545	1412	4.78 %
R_work	0.1944	-	-
obs	0.1972	29535	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→61.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4267	0	6	39	4312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.101	5943
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.424	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	755

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.6406	0.4452	150	0.3896	2672	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6406-2.7464	0.3691	154	0.3287	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7464-2.8714	0.3197	129	0.2856	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8714-3.0227	0.3426	133	0.2716	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0227-3.2121	0.3281	139	0.2371	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2121-3.4601	0.2912	140	0.2191	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4601-3.8083	0.2585	130	0.2174	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8083-4.3592	0.2016	157	0.1677	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3592-5.4916	0.2036	145	0.1501	2860	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4916-61.3	0.2718	135	0.1822	3010	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1481	-0.1277	-0.0582	0.5492	0.091	0.0222	-0.0134	-0.0685	-0.1314	0.2292	-0.4844	-0.3161	-0.5279	0.0555	-0.0222	0.7917	0.194	-0.0715	1.0244	0.1559	0.9464	-1.3177	33.9002	-0.1704
2	1.7264	0.2363	-0.2345	0.3112	0.525	1.4004	-0.0316	0.4129	0.1265	-0.1086	0.2365	0.3589	0.0543	-0.2548	0.0006	0.4595	0.0706	-0.0867	1.0281	0.1141	0.7756	4.3311	24.5892	-4.08
3	0.4731	-0.1481	-0.5683	0.258	-0.1553	0.4279	-0.1608	0.3814	0.1123	-0.1862	-0.1678	-0.5669	0.0587	-0.2637	-0.0027	0.6463	0.0661	-0.0542	0.9456	0.1005	0.7733	13.7633	25.2657	-5.1176
4	0.0538	0.0283	0.0794	0.0172	0.0772	0.5411	-0.1228	1.7667	-0.3419	0.1404	0.0718	-0.4239	0.3742	-0.1772	-0.0238	0.5628	-0.0741	0.0297	1.2961	0.0195	0.8112	8.5179	20.3657	-10.3733
5	0.3911	0.0601	-0.3207	0.001	-0.0794	0.2792	-0.3814	0.136	-0.3147	-0.1987	0.2204	0.0238	-0.0191	-1.6119	-0.0298	0.5778	0.2512	-0.1916	1.41	0.0839	0.7669	0.7158	25.1912	-10.0467
6	0.7442	0.0579	-0.1966	0.0899	0.1576	0.4521	-0.2401	0.3283	0.2581	0.2432	0.2247	-0.2863	0.0711	-0.3351	-0.0009	0.6883	0.022	-0.0671	0.9801	0.1021	0.8169	9.991	24.2614	-1.5313
7	1.1327	-0.7326	-0.7205	0.4114	0.1294	1.1597	0.1172	-0.1521	-0.0411	0.5291	0.0272	-0.2954	-0.274	-0.1223	-0.0002	0.6095	0.0515	-0.0845	0.8674	-0.0152	0.7732	10.426	27.4391	0.7613
8	0.9921	0.2925	1.5242	0.7451	-0.9738	2.883	0.2536	0.0423	-0.1375	0.5262	0.0615	-0.0223	0.4526	-0.0285	0.0009	0.9285	0.1832	-0.1163	0.712	-0.0736	0.7382	9.2449	7.6778	29.2137
9	0.6347	0.4084	-0.1008	0.6417	-0.5138	0.3766	0.2372	-0.0775	-0.5784	0.1109	-0.157	-0.0299	-0.1232	-0.5221	-0.0087	1.3188	0.056	-0.1544	0.695	-0.01	0.7892	19.1271	2.374	53.812
10	2.5869	-0.1028	0.5133	2.416	-0.645	0.387	0.0179	-0.3501	-0.1413	0.6482	-0.0785	0.3714	-0.0602	-0.1325	-0.0002	1.3305	0.0612	-0.1326	0.7171	-0.0459	0.8047	20.767	3.7742	58.5241
11	2.2552	0.482	1.4242	2.0599	-0.4396	1.2253	-0.4642	-0.0714	0.4961	0.4836	0.3426	-0.0616	-0.4469	0.3971	-0.0014	0.7896	0.1561	-0.0496	0.8118	-0.0327	0.8321	10.4655	31.0729	27.9915
12	0.6674	0.6866	0.6615	0.4664	0.5482	0.644	-0.3352	-0.1622	0.8451	0.4195	0.6861	0.1229	0.0505	-1.1676	-0.0215	0.7803	0.2379	0.0419	0.8863	0.0322	0.9397	-0.6789	28.2674	27.6027
13	1.7309	0.0423	1.0986	0.2649	-0.9318	2.8419	0.0053	0.0807	0.1317	0.3578	-0.0165	-0.0127	-0.2063	-0.1589	0.0003	0.8118	0.2099	-0.0857	0.5133	-0.1163	0.6425	16.1589	21.8415	38.4129
14	0.6429	0.1209	0.2049	0.6093	-0.3113	0.2819	0.1329	0.2056	0.7662	-0.8063	-0.3592	-0.4919	-0.6771	0.3351	-0.0098	1.2332	0.0754	-0.2395	0.6668	0.0192	0.8766	30.4978	23.0641	50.6725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 81 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 82 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 112 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 113 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 4 through 146 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 147 through 168 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 169 through 231 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 1 through 44 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 45 through 76 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 77 through 219 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 220 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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