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万見
- PDB-8t5l: Crystal structure of STING CTD in complex with 2'3'-cGAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5l
タイトルCrystal structure of STING CTD in complex with 2'3'-cGAMP
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Mediator of IRF3 activation / Stimulator of interferon genes protein
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
cGAMP / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Li, Y. / Li, P. / Sun, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145287 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Structural and Biological Evaluations of a Non-Nucleoside STING Agonist Specific for Human STING A230 Variants.
著者: Tang, Z. / Zhao, J. / Li, Y. / Tomer, S. / Selvaraju, M. / Tien, N. / Sun, D. / Johnson, D.K. / Zhen, A. / Li, P. / Wang, J.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2322
ポリマ－21,5571
非ポリマー6741
水2,972165
1
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4634
ポリマ－43,1142
非ポリマー1,3492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.330, 79.230, 36.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-652-

HOH

21B-666-

HOH

31B-751-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 21557.230 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 154-341) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→39.61 Å / Num. obs: 16799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.49 Å2 / CC1/2: 0.916 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Num. unique obs: 1224 / CC1/2: 0.624

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4EMT

4emt


解像度: 2.01→39.61 Å / SU ML: 0.2454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.5575
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 802 4.78 %
Rwork0.178 15987 -
obs0.1801 16789 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1432 0 45 165 1642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90552051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0493225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2422553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.130.31241440.24532625X-RAY DIFFRACTION99.57
2.13-2.30.24231080.20042691X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.530.2551240.19822641X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.890.25181390.19972671X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.650.21611510.17012653X-RAY DIFFRACTION100
3.65-39.610.17971360.15362706X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38337302876-2.000427207570.8312570374385.808413272360.697666309731.28338853914-0.0322505619867-0.2577670701790.09367179559970.2124776466640.0169687899573-0.09340628195190.0620690567266-0.0365696988911-0.1364275845350.2276717448770.003851170291580.01732354631360.246471364257-0.008187381343650.1522584138737.9637921412-15.079561688722.7609863121
23.98595885228-3.59952224320.2709326335077.007180055440.6893810225262.43519273921-0.576616292516-0.6760206278950.6867624422260.8927532983390.4389405862640.089742635702-0.345369314803-0.3091331703820.1002132994170.3806641814550.08471140943590.03323647745430.398629978681-0.1228573154910.44285848584429.77400650333.755447553927.7326502723
39.8654131874-6.426911765550.681041399068.29855356078-0.2854477284814.21422967122-0.281273846632-0.2027846376910.8017919441090.17687223324-0.193460586455-0.205113911216-0.0865530417693-0.2038570845510.5252629494660.2971336603410.08783152146770.001464563434950.405715094067-0.05701163146130.56094617836320.74170089919.6134999389921.7200664972
43.3577790433-0.75714980852-0.4116755663332.585773766890.118830091261.148664195480.02778599181840.2378985586920.636034486964-0.237081159408-0.175049229780.453707786365-0.205941828139-0.3009487318590.1624113364040.2364992485910.0502869798955-0.02482182559390.2485383686490.01930147281550.34838792676429.0910948123-0.32292059463314.7875849476
57.9931534237-6.51134560673-4.479117739499.211133448965.328627465456.069450996220.1107532347330.5336044239780.495595032534-0.4431650311520.045372727973-0.4568652066270.1302667447080.00156269109228-0.1297906515850.219021979768-0.02880418091860.01510339900640.2274686469840.008616530167980.13410306617840.1511016493-17.64807248387.24642805613
67.15293993115-1.04276856575-0.652192688558.394389164165.049762268026.85794253046-0.00427021742410.279196410263-0.382540940326-0.01980972030070.0001480991831290.5994104248460.327889971168-0.4655356315960.03015426036480.197384947949-0.0396943439865-0.007579910745270.1958867602740.05592626301330.24210247035531.2015914295-20.902109669917.6622076938
72.371686737-0.9370627892731.608479589152.4980696416-0.2557203606647.456242353580.335226223235-0.841101158015-0.2383434493990.345966507533-0.2346267275620.5504156285990.879494004304-1.317808062190.1738576456280.381703236482-0.00847847870073-0.007163313512590.4783802916450.01474317734340.43463680439523.4899914563-10.716393154819.5196026418
83.96290058681-4.33190712986-0.6016826914155.077871193131.974877744298.58823022534-0.133253365929-0.321419420605-0.8107576008870.365484533697-0.06880600220441.755222497190.635947889013-0.8051443131990.08741501809470.298203346457-0.01415964034310.01141181297950.5258227510060.0258208289840.79519408772415.4735838605-6.26129206216.6444951878
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: B

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 154 through 167 )154 - 1671 - 14
22chain 'B' and (resid 168 through 185 )168 - 18515 - 32
33chain 'B' and (resid 186 through 197 )186 - 19733 - 44
44chain 'B' and (resid 198 through 262 )198 - 26245 - 109
55chain 'B' and (resid 263 through 280 )263 - 280110 - 127
66chain 'B' and (resid 281 through 301 )281 - 301128 - 148
77chain 'B' and (resid 302 through 324 )302 - 324149 - 165
88chain 'B' and (resid 325 through 336 )325 - 336166 - 177

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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