PDB-8t5j: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t5j

タイトル

Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Francisella philomiragia

要素

Outer membrane lipocarrier LolA family protein

キーワード

LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / lipoprotein carrier / LolA

機能・相同性

Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / protein transport / metal ion binding / HEXANE-1,6-DIOL / Outer membrane lipocarrier LolA family protein

機能・相同性情報

生物種

Francisella philomiragia (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Francisella philomiragia
著者: Woodward, E.L. / Lovell, S. / Cooper, A. / Buchko, G.

履歴

登録	2023年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t5j.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t5j.ent.gz	63.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t5j_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t5j_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	8t5j_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	8t5j_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/8t5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/8t5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane lipocarrier LolA family protein

ヘテロ分子

22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.850, 61.850, 86.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-464- HOH
2	1	A-548- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Outer membrane lipocarrier LolA family protein 分子量: 22194.951 Da / 分子数: 1 / 断片: L32-N205 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella philomiragia (バクテリア) 遺伝子: Fphi_1079 / プラスミド: FrphA.20731.a.VL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0TX44

#1: タンパク質

Outer membrane lipocarrier LolA family protein

分子量: 22194.951 Da / 分子数: 1 / 断片: L32-N205 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Francisella philomiragia (バクテリア)
遺伝子: Fphi_1079 / プラスミド: FrphA.20731.a.VL2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0TX44

-
非ポリマー , 5種, 160分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 % / 解説: hexagonal prisms
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley D10: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes pH 7.5, 100 mM Lithium sulfate, 100 mM Magnesium chloride, 10% (w/v) 1,6-Hexanediol. FrphA.20731.a.VL2.PB00125 at 14.5 mg/mL. plate 13468 well ...詳細: Berkeley D10: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes pH 7.5, 100 mM Lithium sulfate, 100 mM Magnesium chloride, 10% (w/v) 1,6-Hexanediol. FrphA.20731.a.VL2.PB00125 at 14.5 mg/mL. plate 13468 well D10 drop1, Cryo: 80% crystallant+20% PEG200

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 % / 解説: hexagonal prisms

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley D10: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes pH 7.5, 100 mM Lithium sulfate, 100 mM Magnesium chloride, 10% (w/v) 1,6-Hexanediol. FrphA.20731.a.VL2.PB00125 at 14.5 mg/mL. plate 13468 well ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月8日
放射	モノクロメーター: HELIOS MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→25.17 Å / Num. obs: 28420 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 24.7 / Num. measured all: 718556
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17 % / R_merge(I) obs: 2.648 / Num. measured all: 23447 / Num. unique obs: 1382 / CC_1/2: 0.516 / R_pim(I) all: 0.662 / R_rim(I) all: 2.73 / Χ²: 1.35 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4933: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
SAINT		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→21.1 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	1452	5.12 %
R_work	0.1704	-	-
obs	0.1723	28378	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→21.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1213	0	44	152	1409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.962	1845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.566	540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	231

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.61	0.2561	164	0.2452	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.67	0.3076	146	0.229	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.75	0.26	173	0.2043	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.84	0.2231	128	0.1875	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.95	0.1978	125	0.1728	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.1	0.205	129	0.1493	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.31	0.186	141	0.1713	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.65	0.1832	147	0.1704	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-3.33	0.2008	156	0.1713	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-21.1	0.2037	143	0.1531	2864	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.639	0.3896	0.0051	3.4807	0.781	1.2999	-0.007	-0.029	0.008	-0.2647	0.0422	0.3201	-0	0.018	-0.0473	0.1448	0.0291	-0.0337	0.0845	-0.0119	0.1561	-20.2533	-16.6836	20.5157
2	1.1999	0.8157	0.3663	5.0091	-0.4432	2.4822	0.0853	0.0247	-0.0558	0.1201	0.0501	-0.2076	-0.0533	0.0897	-0.1574	0.0972	0.0496	-0.0013	0.0845	-0.0404	0.1303	-14.203	-12.2601	21.9906
3	2.1114	-0.3736	0.0436	1.9634	0.6511	2.5764	0.2596	0.2063	0.0507	-0.437	-0.0222	-0.3145	0.034	0.6107	-0.1088	0.2229	0.0496	0.0423	0.2139	-0.0558	0.1808	-8.0503	-11.5287	14.496
4	3.3337	0.2629	1.6935	1.5772	-0.6337	4.578	0.0168	0.3291	-0.2242	-0.1035	-0.1213	-0.2574	0.2252	0.4509	0.0332	0.2707	0.1187	0.0598	0.2843	-0.0589	0.2041	-8.7733	-18.4262	6.7095
5	1.2318	-0.6634	0.0638	1.6476	-0.0178	1.3124	0.0335	0.1038	0.2015	-0.2338	-0.0281	-0.1205	-0.1144	0.0785	-0.0104	0.1543	0.0491	0.0092	0.1378	-0.0174	0.1516	-22.471	-2.9629	8.7781
6	1.8848	-0.2242	0.1741	2.6622	0.7595	2.763	-0.0022	0.1093	-0.0434	-0.2614	-0.0655	0.1645	-0.0294	-0.1717	0.0729	0.1554	0.0563	-0.0379	0.1102	-0.0178	0.1237	-28.9094	-6.4515	10.0742
7	1.2605	-0.0459	0.8444	1.7653	1.0885	2.6184	0.0807	0.0215	-0.0541	-0.1752	0.0151	0.032	-0.0965	-0.0067	-0.0852	0.1423	0.0304	-0.0116	0.0909	-0.0257	0.1385	-22.2125	-7.8803	19.5823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 107 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 108 through 120 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 121 through 152 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 153 through 178 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 179 through 205 )

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