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- PDB-8t5d: Cryo-EM studies of the interplay between uS2 ribosomal protein an... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5d
タイトルCryo-EM studies of the interplay between uS2 ribosomal protein and leaderless mRNA during bacterial translation initiation
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • 16s RNA
  • 23S RNA
  • 5S RNA
  • Ribosomal protein L21
  • Transcription termination/antitermination protein NusG
  • lmRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / leaderless mRNA / Cryo-EM / 70S / HflX / bS21 / uS2
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S21, conserved site ...: / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Transcription termination/antitermination protein NusG / 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Bacteriophage sp. (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bhattacharjee, S. / Gottesman, M.E. / Frank, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM139453 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01CA174653 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: How Dedicated Ribosomes Translate a Leaderless mRNA.
著者: Francisco J Acosta-Reyes / Sayan Bhattacharjee / Max Gottesman / Joachim Frank /
要旨: In bacteriophage λ lysogens, the λcI repressor is encoded by the leaderless transcript (lmRNA) initiated at the λpRM promoter. Translation is enhanced in rpsB mutants deficient in ribosomal ...In bacteriophage λ lysogens, the λcI repressor is encoded by the leaderless transcript (lmRNA) initiated at the λpRM promoter. Translation is enhanced in rpsB mutants deficient in ribosomal protein uS2. Although translation initiation of lmRNA is conserved in bacteria, archaea, and eukaryotes, structural insight of a lmRNA translation initiation complex is missing. Here, we use cryo-EM to solve the structures of the uS2-deficient 70S ribosome of host E. coli mutant rpsB11 and the wild-type 70S complex with λcI lmRNA and fMet-tRNA. Importantly, the uS2-deficient 70S ribosome also lacks protein bS21. The anti-Shine-Dalgarno (aSD) region is structurally supported by bS21, so that the absence of the latter causes the aSD to divert from the normal mRNA exit pathway, easing the exit of lmRNA. A π-stacking interaction between the monitor base A1493 and A(+4) of lmRNA potentially acts as a recognition signal. Coulomb charge flow, along with peristalsis-like dynamics within the mRNA entrance channel due to the increased 30S head rotation caused by the absence of uS2, are likely to facilitate the propagation of lmRNA through the ribosome. These findings lay the groundwork for future research on the mechanism of translation and the co-evolution of lmRNA and mRNA that includes the emergence of a defined ribosome-binding site of the transcript.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
A: 5S RNA
B: 23S RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: Ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
a: 30S ribosomal protein S2
b: 30S ribosomal protein S3
c: 30S ribosomal protein S4
d: 30S ribosomal protein S5
e: 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform
f: 30S ribosomal protein S7
g: 30S ribosomal protein S8
h: 30S ribosomal protein S9
i: 30S ribosomal protein S10
j: 30S ribosomal protein S11
k: 30S ribosomal protein S12
l: 30S ribosomal protein S13
m: 30S ribosomal protein S14
n: 30S ribosomal protein S15
o: 30S ribosomal protein S16
p: 30S ribosomal protein S17
q: 30S ribosomal protein S18
r: 30S ribosomal protein S19
s: 30S ribosomal protein S20
t: 30S ribosomal protein S21 (Fragment)
u: Transcription termination/antitermination protein NusG
v: 16s RNA
x: lmRNA
5: tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,120,50753
ポリマ－2,120,50753
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 01234CDEFGJKLMNOPQSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, ECDEC2D_1303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828UBL8
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 5928.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmG, CSW52_15065 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A891SPC3
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmI, ERFG_01622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9XJC8
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29792.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplB, ECVG_03081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3JB59
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplC, b3320, JW3282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1AGK6
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6IEK6
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: G736_03813 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8E0IYC4
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplM, A1UI_03510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EW51
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13433.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQZ2
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rplO, A8C65_19395, A9R57_24660, ACU57_21045, AM464_09135, AUQ13_22145, BHS87_18545, BJJ90_02210, BUE81_25610, BW690_10710, BZL31_22885, C5N07_23575, C9E25_20065, CA593_09735, CG692_20270, ...遺伝子: rplO, A8C65_19395, A9R57_24660, ACU57_21045, AM464_09135, AUQ13_22145, BHS87_18545, BJJ90_02210, BUE81_25610, BW690_10710, BZL31_22885, C5N07_23575, C9E25_20065, CA593_09735, CG692_20270, D0X26_24495, DNQ41_22370, DTL43_21000, EC1094V2_354, EC3234A_55c00230, EL75_0396, EL79_0415, EL80_0407, ERS085365_03907, ERS085416_03881, ERS139211_03685, ERS150873_04051, NCTC11022_03475, NCTC11126_02772, NCTC13462_04101, NCTC9010_00498, NCTC9037_00664, NCTC9045_00567, NCTC9062_02686, NCTC9117_00757, NCTC9706_02738, RK56_021420, SAMEA3472047_03862, SAMEA3472067_03530, SAMEA3472080_04748, SAMEA3484427_04887, SAMEA3484429_04875, SAMEA3484433_04924, SAMEA3752559_00346, SAMEA3753106_04635, SAMEA3753300_02227, SAMEA3753391_02957, SAMEA3753397_02423
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplP, b3313, JW3275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13851.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rplQ, E3N34_07125, H0O51_24700, NCTC10767_01524, NCTC9081_00927
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T1LEK9
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplR, EAVG_03042 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3KXD9
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplS, A13A_02795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1PSA3
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplT, A311_02335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L4J8J1
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplV, eryB, b3315, JW3277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10661.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplW, A1UI_03591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EUY1
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1E9P3
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XH79
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8476.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSG7
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmB, G925_03874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2KZD0
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmC, ECDG_03892 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6IEL0
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmD, b3302, JW3264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 ABvx5

#6: RNA鎖 5S RNA


分子量: 37848.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627
#7: RNA鎖 23S RNA


分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 937521852
#51: RNA鎖 16s RNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1338015391
#52: RNA鎖 lmRNA


分子量: 3866.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage sp. (ファージ) / 発現宿主: Bacteriophage sp. (ファージ)
#53: RNA鎖 tRNA


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1848934315

-
タンパク質 , 2種, 2分子 Ru

#21: タンパク質 Ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplU, ECMP0215528_3699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A829CSJ4
#50: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量: 6639.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nusG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X1MT45

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 abcdefghijklmnopqrst

#30: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, HMPREF1620_04659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9ZNW8
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0Y888
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rpsD, rpsD_2, A2F99_003133, A5U30_004530, A6592_25685, A8499_003310, A8502_004045, A8X14_004364, A9X72_02295, AAG43_004468, AAG80_001471, AAG81_002934, AAS29_002184, ACN68_01785, ACN81_ ...遺伝子: rpsD, rpsD_2, A2F99_003133, A5U30_004530, A6592_25685, A8499_003310, A8502_004045, A8X14_004364, A9X72_02295, AAG43_004468, AAG80_001471, AAG81_002934, AAS29_002184, ACN68_01785, ACN81_25410, ACU57_21070, AM464_09110, APX88_16185, AT845_004400, AW118_24790, AW119_26600, AWP47_12755, B6R12_002829, B6R15_004091, B6R31_004990, B6R48_005057, B6R87_004967, BANRA_04306, BANRA_04454, BEA19_23315, BER14_25080, BF481_004952, BG944_001111, BGM66_003615, BHS81_19725, BJI68_08785, BJJ90_02235, BK292_20395, BK383_24755, BKL28_004565, BLM69_000018, BMC79_004441, BMO21_000808, BMT50_12325, BMT91_19960, BO178_004290, BON92_01160, BR158_003768, BRV02_004619, BRV34_003992, BRV41_004380, BSR05_22680, BTB68_004378, BTQ06_10580, BUO55_004719, BvCmsHHP019_04126, BvCmsHHP056_02698, BvCmsKKP061_03008, BvCmsKSNP073_02050, BXT93_05585, BZL69_25920, C0P57_002646, C1Q91_004926, C2121_004184, C2M16_25515, C2R31_004611, C3F40_19830, C5N07_23600, C9114_23780, C9E67_02835, C9Z68_22525, CA593_09760, CCS08_00105, CCV24_003537, CDL36_25620, CDL37_18565, CF22_004871, CG831_003627, CIG67_10785, CO706_15175, CQ986_004903, CQB02_00600, CR538_02530, CR539_21790, CR628_001344, CSE52_004356, CTR35_003608, CWS33_24830, CX690_001674, CX691_001950, CX692_003176, CX693_003183, CX694_003140, CX696_002237, CX699_003071, CX938_003809, CY655_21210, CYM75_002789, D0X26_24470, D1912_27635, D3C88_00295, D3G36_23160, D4M65_20545, D4N09_20145, D4U49_16120, D9D43_22660, D9E34_23635, D9E49_05130, D9H94_20860, D9J03_20025, D9J61_16625, DD762_23520, DIV22_15285, DN627_24395, DNQ45_03730, DNX30_25505, DRW19_25110, DS732_24235, DTL43_21025, DTL90_24665, DTM45_24580, DU321_11975, E0I42_22165, E3N34_07135, E4K51_21465, E5H86_24550, E6D34_21785, EA239_22765, EA435_23005, EAI46_07450, EAX79_10685, EBP16_21900, EC95NR1_02686, ECs4161, EHD79_24265, EIA08_23930, EIZ93_12495, EKI52_17690, EL79_0420, ELT17_22465, ELT48_22895, ELV28_22900, ELX68_21515, ELX69_22945, ELX76_22915, ELX79_22025, ELX96_16780, ELY32_12890, ELY41_18695, ELY48_23135, EN85_004371, EPS76_07240, ERS085406_04412, ERS085411_04292, ERS139208_04360, EWK56_24970, ExPECSC038_03662, F0L67_25290, F3N40_22390, F7F11_22750, F7N46_24035, F9413_21260, F9461_25680, F9B07_24710, F9S83_18965, F9U58_14355, F9V22_13840, FA868_22720, FDM60_20865, FEJ01_22540, FFF58_25480, FGG80_25160, FHD44_21240, FIJ20_21220, FJQ40_18280, FJQ53_22940, FKO60_25610, FNA08_03300, FOI11_019285, FOI11_03895, FPI65_20280, FPS11_25455, FTV90_00725, FTV93_20925, FV293_22490, FVB16_04845, FWK02_29585, FZN31_02660, FZU14_21795, G3565_26290, G3V95_19820, G3W53_20930, G4A38_21485, G4A47_20755, G5603_24560, G9448_17100, GAI89_24855, GAJ12_24745, GAJ26_21985, GF699_19710, GFY34_22925, GGB84_004473, GIB53_19425, GJ11_21360, GJO56_22710, GKF66_21520, GKF89_18445, GNW61_16605, GNZ05_26010, GOP25_22680, GP711_23280, GP944_18765, GP954_00970, GP965_04270, GP975_01160, GP979_02030, GQA06_03975, GQM04_10540, GQM13_25175, GQM21_11205, GQN34_23240, GQW07_21575, GRC73_21775, GRO95_20840, GRW05_09035, GRW24_04780, GRW56_00270, GRW57_03565, GSM54_23355, GSY44_19975, GUC01_21155, GUI33_20020, H0O51_24710, H0O53_20855, H0O72_19390, H6Y26_003158, HCQ42_003954, HEP30_018610, HEP34_004776, HHH44_004541, HI055_004134, HIE29_005181, HJ942_004444, HJQ60_005017, HKA49_005041, HL563_21575, HL601_22380, HLV18_23365, HLX92_10100, HLZ50_22205, HMV95_19580, HMW38_23080, HV109_02215, HV146_21645, HV209_14740, HVV39_09240, HVW04_17560, HVW43_18695, HVX31_01995, HVX32_19020, HVY77_02200, HVZ29_19070, HVZ30_02080, HVZ71_02385, HX136_02220, I6H00_20950, I6H02_11965, IA00_004082, IFB95_004800, IH772_24040, IT029_004959, J0541_004391, J4S20_004808, J5U05_004093, JFD_03707, JNP96_25280, NCTC10082_02845, NCTC10089_00508, NCTC10090_03533, NCTC10418_00697, NCTC10429_01101, NCTC10764_03869, NCTC10767_01522, NCTC10865_00667, NCTC10974_00558, NCTC11112_01030, NCTC11126_02778, NCTC11181_02744, NCTC11341_01883, NCTC12950_00485, NCTC13127_00793, NCTC13148_03435, NCTC13216_01346, NCTC4450_02481, NCTC7922_04037, NCTC7927_00557, NCTC7928_02509, NCTC8009_01519, NCTC8179_05949, NCTC8333_00495, NCTC8450_04944, NCTC8621_00514, NCTC8622_00500, NCTC8959_03255, NCTC8960_03076, NCTC9001_04260, NCTC9044_01350, NCTC9045_00572, NCTC9075_00730, NCTC9077_00610, NCTC9081_00925, NCTC9111_00873, NCTC9117_00761, NCTC9702_00543, NCTC9706_02743, NCTC9775_04009, NCTC9777_01897, NCTC9962_06803, ND22_005162, RG28_21585, SAMEA3472044_01168, SAMEA3472056_05405, SAMEA3472147_04298, SAMEA3751407_00018, SAMEA3752557_01946, SAMEA3753106_04640, TUM18780_04410, WR15_19580
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR62
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsE, ECJG_02962 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4TL26
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsF, b4200, JW4158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsH, ECDEC2D_3910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828U358
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsI, HMPREF1599_00992 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0A2W7
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, NRG857_16455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3EQD3
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsK, b3297, JW3259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsL, EC40522_4581 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2UHF1
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsM, A13A_03621 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1P5F8
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11489.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsN, ECIAI1_3456 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7M1M1
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsO, HMPREF9536_02433 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XN21
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SYP2
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsQ, AC28_3826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080IK26
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W1EY92
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, ECKIH15140_04691 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9LGZ0
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TRH7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S21 (Fragment)


分子量: 6067.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C9AJ78

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apo 70S at 900 ms / タイプ: RIBOSOME / 詳細: control experiment / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
4RELION4CTF補正
画像処理詳細: High-pass filtered
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004155304
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.815232725
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.5461882
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04329772
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00712217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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