PDB-8t55: Co-crystal structure of the WD-repeat domain of human WDR91 in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t55

タイトル

Co-crystal structure of the WD-repeat domain of human WDR91 in complex with MR46654

要素

WD repeat-containing protein 91

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / WD-repeat / WDR / WDR91 / SGC / covalent ligand / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / early endosome to late endosome transport / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / regulation of protein catabolic process / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ahmad, H. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Yen, H. / Seitova, A. / Xu, J. / Feng, J.W. / Brown, P.J. / Santhakumar, V. ...

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a First-in-Class Small-Molecule Ligand for WDR91 Using DNA-Encoded Chemical Library Selection Followed by Machine Learning.
著者: Ahmad, S. / Xu, J. / Feng, J.A. / Hutchinson, A. / Zeng, H. / Ghiabi, P. / Dong, A. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Guie, M.A. / Guilinger, J.P. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Cerruti, T. / ...

履歴

登録	2023年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t55.cif.gz	387.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t55.ent.gz	313.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t55_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t55_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8t55_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	8t55_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/8t55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/8t55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vycC 8shjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 91

B: WD repeat-containing protein 91

C: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

120 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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3

C: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.696, 121.618, 132.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 91 分子量: 39515.785 Da / 分子数: 3 / 断片: WD repeat domains / 変異: 15-residue deletion within the WD3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91, HSPC049 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A4D1P6
#2: 化合物	ChemComp-ZI3 / N-[3-(4-chlorophenyl)oxetan-3-yl]-1-propanoyl-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-5-carboxamide 分子量: 398.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₂₃ClN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12% (w/v) PEG3350, 0.2 M KCl, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 62021 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 0.922 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 478836

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	8.2	1.014	3075	0.826	0.951	0.375	1.083	0.724	98.4
2.24-2.28	8	0.843	3095	0.882	0.968	0.314	0.901	0.757	98.6
2.28-2.32	8	0.716	3095	0.918	0.978	0.267	0.765	0.717	98.7
2.32-2.37	7.9	0.616	3065	0.936	0.983	0.232	0.659	0.733	98.9
2.37-2.42	7.7	0.553	3088	0.943	0.985	0.211	0.593	0.733	98.9
2.42-2.48	7.4	0.451	3121	0.958	0.989	0.176	0.485	0.75	98.8
2.48-2.54	7.4	0.359	2842	0.975	0.994	0.137	0.386	0.752	91
2.54-2.61	8.2	0.313	3088	0.982	0.995	0.115	0.334	0.767	99.1
2.61-2.69	8.3	0.256	3122	0.99	0.997	0.093	0.273	0.794	99
2.69-2.77	8.3	0.197	3111	0.993	0.998	0.072	0.21	0.798	99.1
2.77-2.87	8.2	0.157	3122	0.995	0.999	0.058	0.168	0.806	99
2.87-2.99	8.1	0.135	3136	0.996	0.999	0.05	0.144	0.834	99.6
2.99-3.12	7.9	0.098	3117	0.997	0.999	0.037	0.105	0.86	99.2
3.12-3.29	7.7	0.079	3139	0.998	1	0.03	0.085	0.933	99.4
3.29-3.49	7.2	0.063	3173	0.999	1	0.026	0.068	1.02	99.1
3.49-3.76	7.1	0.059	2862	0.998	1	0.024	0.064	1.13	90.5
3.76-4.14	7.6	0.054	3166	0.998	1	0.021	0.058	1.172	99.1
4.14-4.74	7	0.05	3195	0.998	1	0.022	0.055	1.353	98.9
4.74-5.97	6.8	0.048	3190	0.998	0.999	0.021	0.053	1.35	98.1
5.97-50	7.2	0.052	3219	0.999	1	0.02	0.056	1.657	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→38.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 14.599 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28777	1207	1.9 %	RANDOM
R_work	0.24466	-	-	-
obs	0.2455	60770	97.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.441 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.21 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7238	0	4	234	7476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.27	1.651	10155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.179	1.587	15291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.408	5	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.999	22.368	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.187	15	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.873	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.223	2.964	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.223	2.964	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.049	4.439	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.048	4.439	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.413	3.083	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.413	3.083	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.282	4.573	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.093	33.777	7418
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.076	33.571	7380
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.492	72	-
R_work	0.406	4424	-
obs	-	-	97.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9512	-0.5079	-0.0712	2.7479	-0.6623	1.6135	-0.1166	-0.084	0.1878	-0.0662	0.0998	-0.0837	0.1605	0.1605	0.0168	0.0463	0.0054	-0.0232	0.0623	-0.0342	0.0724	81.9359	37.804	12.1056
2	2.8723	0.5642	0.2071	2.8029	-0.6927	1.6827	-0.1035	0.0769	-0.1742	0.0956	0.1139	-0.1022	-0.2269	0.1607	-0.0104	0.0753	0.0067	0.0138	0.0644	-0.0375	0.0814	81.8134	22.9812	53.894
3	5.209	-0.8211	1.5974	0.8067	-0.8479	3.768	0.1191	-0.0338	-0.7281	0.1001	0.0591	0.2585	0.1645	-0.2625	-0.1782	0.4788	0.0505	-0.0073	0.7756	0.0001	0.8127	46.8352	20.6765	28.6401

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	394 - 729
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	394 - 801
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	395 - 728

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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