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万見
- PDB-8t4z: T-cell receptor and lipid complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t4z
タイトルT-cell receptor and lipid complex structure
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
  • Beta-chain, T cell receptor beta chain MC.7.G5 chimera
  • T cell receptor alpha variable 11, Human nkt tcr alpha chain chimera
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / MHC-like protein / antigen-presenting molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of tumor cell / regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation ...detection of tumor cell / regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / late endosome / signaling receptor activity / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / lysosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / : / : / MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / T cell receptor alpha variable 11 / Beta-chain / Human nkt tcr alpha chain / Beta-2-microglobulin / T cell receptor beta chain MC.7.G5 / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.691 Å
データ登録者Praveena, T. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Lipidomic scanning of self-lipids identifies headless antigens for natural killer T cells.
著者: Cheng, T.Y. / Praveena, T. / Govindarajan, S. / Almeida, C.F. / Pellicci, D.G. / Arkins, W.C. / Van Rhijn, I. / Venken, K. / Elewaut, D. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J. / Moody, D.B.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: T cell receptor alpha variable 11, Human nkt tcr alpha chain chimera
D: Beta-chain, T cell receptor beta chain MC.7.G5 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4618
ポリマ－96,2164
非ポリマー2,2464
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.906, 79.036, 242.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1


分子量: 34662.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 T cell receptor alpha variable 11, Human nkt tcr alpha chain chimera / T cell receptor alpha variable 11D / Human nkt tcr beta chain


分子量: 22779.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Trav11, Trav11d, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J1J9, UniProt: K7N5M3
#4: タンパク質 Beta-chain, T cell receptor beta chain MC.7.G5 chimera / TR beta chain TRBV25-1*01J2S3*01C2*01 / MC.7.G5 TRB


分子量: 27113.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NTY6, UniProt: P0DTU4

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糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 27分子

#7: 化合物 ChemComp-Y73 / N-[(2R,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide


分子量: 648.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 18-20% PEG3350, 8% Tacsimate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→48.47 Å / Num. obs: 31771 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 4050 / Rpim(I) all: 0.332

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: 000)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.691→48.087 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 1597 5.04 %
Rwork0.1929 --
obs0.1966 31680 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.691→48.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6471 0 152 26 6649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1729306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6744007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071191
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.691-2.77770.391480.30292581X-RAY DIFFRACTION96
2.7777-2.87690.41081300.28632706X-RAY DIFFRACTION100
2.8769-2.99210.41391540.26832678X-RAY DIFFRACTION100
2.9921-3.12820.32981490.24592686X-RAY DIFFRACTION100
3.1282-3.29310.32361510.23362718X-RAY DIFFRACTION100
3.2931-3.49940.2761240.19652744X-RAY DIFFRACTION100
3.4994-3.76950.27451310.19162745X-RAY DIFFRACTION100
3.7695-4.14870.23541570.16892741X-RAY DIFFRACTION100
4.1487-4.74850.20811370.1372748X-RAY DIFFRACTION100
4.7485-5.98080.21131610.16182792X-RAY DIFFRACTION100
5.9808-48.0870.25851550.20442944X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.3723 Å / Origin y: -0.7787 Å / Origin z: 58.1576 Å
111213212223313233
T0.5077 Å20.0334 Å2-0.0186 Å2-0.303 Å2-0.0182 Å2--0.4676 Å2
L0.5812 °20.1342 °21.3225 °2--0.155 °20.3503 °2--3.8356 °2
S0.0082 Å °-0.0376 Å °0.0195 Å °-0.0179 Å °-0.016 Å °0.018 Å °0.03 Å °-0.0229 Å °0.0017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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