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- PDB-8t3x: TNA polymerase, closed ternary -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t3x
タイトルTNA polymerase, closed ternary
要素
  • 10-92, TNA polymerase
  • Primer
  • Template
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / transferase / transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9O7 / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Maola, V. / Chaput, J. / Chim, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directed Evolution of a Highly Efficient TNA Polymerase Achieved by Homologous Recombination
著者: Maola, V. / Yik, E. / Hajjar, M. / Lee, J. / Holguin, M. / Quijano, R. / Nguyen, K. / Ho, K. / Medina, J. / Chim, N. / Chaput, J.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 10-92, TNA polymerase
T: Template
P: Primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4196
ポリマ－96,6793
非ポリマー7403
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.869, 99.525, 110.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 10-92, TNA polymerase


分子量: 88459.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: engineered from Thermococcus kodakarensis DNA polymerase
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWU9

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 Template


分子量: 4585.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Primer


分子量: 3633.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 50分子

#4: 化合物 ChemComp-9O7 / [(3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] [oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 477.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Lithium chloride , 0.1 M HEPES pH 6.5, 17.6% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→45.39 Å / Num. obs: 23008 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1773 / Net I/σ(I): 11.36
反射 シェル解像度: 2.73→2.828 Å / Rmerge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 2237 / CC1/2: 0.766

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.73→45.39 Å / SU ML: 0.4171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.5518
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3014 2000 8.7 %
Rwork0.2418 20980 -
obs0.247 22980 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6135 551 45 47 6778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00226936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45199481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03851013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.58181120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.80.42351390.35781456X-RAY DIFFRACTION97.97
2.8-2.870.38761400.33881469X-RAY DIFFRACTION99.02
2.87-2.960.42871400.3221481X-RAY DIFFRACTION99.08
2.96-3.050.35981410.30961478X-RAY DIFFRACTION99.08
3.05-3.160.35961400.31111467X-RAY DIFFRACTION98.65
3.16-3.290.35261410.291477X-RAY DIFFRACTION99.14
3.29-3.440.33191420.27151477X-RAY DIFFRACTION99.02
3.44-3.620.33361410.25561489X-RAY DIFFRACTION98.91
3.62-3.850.31931420.2641494X-RAY DIFFRACTION98.85
3.85-4.140.28741410.22171479X-RAY DIFFRACTION98.78
4.14-4.560.2461460.19431518X-RAY DIFFRACTION99.64
4.56-5.220.24641450.18631534X-RAY DIFFRACTION99.53
5.22-6.570.25691470.21051534X-RAY DIFFRACTION99.7
6.58-45.390.241550.18261627X-RAY DIFFRACTION99.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4371541746420.156343084956-0.03114451901970.2867916607920.0826689502110.619509666430.0326550071946-0.02307281610170.009340440284170.0259734810523-0.00337338712556-0.0514833767190.005390437292580.008362956284791.38804122269E-50.3277404635190.011322988702-0.01720095035290.3349417471430.02311151020330.3703257437171.8598.26620.492
20.0248906941457-0.000465667005010.0478441388818-0.000720849181201-0.005725427541860.102533719098-0.3186786683710.000848465596452-0.0493412884170.2910315231470.206038699354-0.005474080737260.3675485336950.09933557352611.0250924554E-50.4620904937920.0754706841342-0.04971975980340.515342714479-0.06768978591980.46535225998917.229-4.66215.039
30.01247609314780.00619133773301-0.01246702452120.02742408906250.03279137049180.07073444865670.1961429956540.194955159585-0.269897459959-0.236384124533-0.0448455384385-0.08567953953160.12512183990.45716856806-3.91854902046E-50.4446044998370.0835434412877-0.04996725233460.65530587231-0.04819034003690.79987194655319.599-2.56512.663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:748 )A1 - 748
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN T AND RESID 7:21 )T7 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN P AND ( RESID 1:11 OR RESID 12:12 ) ) OR ( CHAIN A AND RESID 801:801 )P1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN P AND ( RESID 1:11 OR RESID 12:12 ) ) OR ( CHAIN A AND RESID 801:801 )P12
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN P AND ( RESID 1:11 OR RESID 12:12 ) ) OR ( CHAIN A AND RESID 801:801 )A801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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