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万見
- PDB-8t3n: Solution NMR structure of synthetic peptide AMPCry10Aa_5 rational... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t3n
タイトルSolution NMR structure of synthetic peptide AMPCry10Aa_5 rational designed from Cry10Aa bacterial protein
要素Pesticidal crystal protein Cry10Aa peptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / AMPCry10Aa_5 / Antimicrobial / Rational / Designed / Peptide.
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pesticidal crystal protein Cry10Aa
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Barra, J.B. / Freitas, C.D.P. / Rios, T.B. / Maximiano, M.R. / Fernandes, F.C. / Amorim, G.C. / Porto, W.F. / Grossi-de-Sa, M.F. / Franco, O.F. / Liao, L.M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2024
タイトル: Anti-Staphy Peptides Rationally Designed from Cry10Aa Bacterial Protein.
著者: Rios, T.B. / Maximiano, M.R. / Fernandes, F.C. / Amorim, G.C. / Porto, W.F. / Buccini, D.F. / Nieto Marin, V. / Feitosa, G.C. / Freitas, C.D.P. / Barra, J.B. / Alonso, A. / Grossi de Sa, M.F. ...著者: Rios, T.B. / Maximiano, M.R. / Fernandes, F.C. / Amorim, G.C. / Porto, W.F. / Buccini, D.F. / Nieto Marin, V. / Feitosa, G.C. / Freitas, C.D.P. / Barra, J.B. / Alonso, A. / Grossi de Sa, M.F. / Liao, L.M. / Franco, O.L.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pesticidal crystal protein Cry10Aa peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2561
ポリマ－2,2561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pesticidal crystal protein Cry10Aa peptide / 78 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryXA(a)


分子量: 2255.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus thuringiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: P09662
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.5 mM AMPCry10Aa_5 - Peptide, 75 mM [U-99% 2H] SDS-d25, 0.05 % [U-99% 2H] DSS-d6, 90 % v/v H2O, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
Label: Cry10Aa_5 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMAMPCry10Aa_5 - Peptidenatural abundance1
75 mMSDS-d25[U-99% 2H]1
0.05 %DSS-d6[U-99% 2H]1
90 % v/vH2Onatural abundance1
10 % v/vD2O[U-99% 2H]1
試料状態イオン強度: acid Not defined / Label: 1 / pH: 4.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CcpNmr Analysis AssignCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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