PDB-8t3j: Crystal structure of native exfoliative toxin C (ExhC) from Mamma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t3j

タイトル

Crystal structure of native exfoliative toxin C (ExhC) from Mammaliicoccus sciuri

要素

Exfoliative toxin C

キーワード

TOXIN / peptidase / necrotic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Mammaliicoccus sciuri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.705 Å

データ登録者

Calil, F.A. / Gismene, C. / Hernandez Gonzalez, J.E. / Ziem Nascimento, A.F. / Santisteban, A.R.N. / Arni, R.K. / Barros Mariutti, R.

資金援助

ブラジル, 4件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2020/08165-8	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2020/13921-0	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2022/14362-0	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)		ブラジル

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Necrotic activity of ExhC from Mammaliicoccus sciuri is mediated by specific amino acid residues.
著者: Gismene, C. / Gonzalez, J.E.H. / de Freitas Calmon, M. / Nascimento, A.F.Z. / Santisteban, A.R.N. / Calil, F.A. / da Silva, A.D.T. / Rahal, P. / Goes, R.M. / Arni, R.K. / Mariutti, R.B.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t3j.cif.gz	702.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t3j.ent.gz	454.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t3j_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t3j_full_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示
XML形式データ	8t3j_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	8t3j_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/8t3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/8t3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t3iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exfoliative toxin C

B: Exfoliative toxin C

C: Exfoliative toxin C

85.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exfoliative toxin C

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Exfoliative toxin C

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Exfoliative toxin C

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.094, 167.094, 157.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-322- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	5 - 241	5 - 241
2	1	1	LEU	LEU	5 - 241	5 - 241
3	2	2	LEU	LEU	5 - 241	5 - 241
4	2	2	LEU	LEU	5 - 241	5 - 241
5	3	3	ILE	ILE	5 - 242	5 - 242
6	3	3	ILE	ILE	5 - 242	5 - 242

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Exfoliative toxin C / Serine protease 分子量: 28586.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mammaliicoccus sciuri (バクテリア) 遺伝子: exhC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6M8N2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.8 M Potassium/Sodium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.705→47.283 Å / Num. obs: 30672 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 26.2 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.06747 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.71→2.807 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 3017 / CC_1/2: 0.45 / R_pim(I) all: 0.7518

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.705→47.283 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.256 / WR_factor R_work: 0.198 / SU B: 33.546 / SU ML: 0.296 / Average fsc free: 0.9408 / Average fsc work: 0.9533 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.522 / ESU R Free: 0.325 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2701	1534	5.001 %
R_work	0.2113	29138	-
all	0.214	-	-
obs	-	30672	99.808 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.759 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.437 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.437 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.875 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.705→47.283 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5502	0	0	56	5558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	5622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.644	7601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.517	1.584	12014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.83	5	713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.786	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.198	10	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.24	10	262
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	5355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	3100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.129	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.117	6.08	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.117	6.08	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.2	10.929	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.2	10.931	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.631	6.385	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.629	6.385	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.058	11.531	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.056	11.53	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.184	57.518	6217
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.186	57.519	6213
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.095	0.05	7523
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.106	0.05	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.097	0.05	7586

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0954	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0954	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10632	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10632	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09673	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09673	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.705-2.775	0.593	109	0.543	2069	0.545	2226	0.867	0.871	97.8437	0.541
2.775-2.851	0.445	109	0.464	2065	0.463	2174	0.906	0.883	100	0.46
2.851-2.933	0.445	105	0.416	2013	0.417	2118	0.921	0.904	100	0.416
2.933-3.023	0.36	104	0.305	1966	0.308	2070	0.922	0.94	100	0.301
3.023-3.122	0.313	98	0.243	1871	0.246	1969	0.922	0.957	100	0.229
3.122-3.231	0.367	98	0.242	1859	0.248	1957	0.915	0.958	100	0.223
3.231-3.352	0.243	93	0.217	1752	0.218	1845	0.957	0.968	100	0.198
3.352-3.489	0.246	91	0.203	1739	0.205	1830	0.966	0.979	100	0.187
3.489-3.643	0.246	87	0.182	1643	0.185	1730	0.959	0.982	100	0.166
3.643-3.819	0.233	82	0.171	1572	0.174	1654	0.966	0.983	100	0.158
3.819-4.025	0.249	79	0.186	1497	0.189	1576	0.954	0.977	100	0.172
4.025-4.267	0.205	75	0.17	1433	0.172	1508	0.972	0.98	100	0.16
4.267-4.559	0.251	71	0.157	1346	0.161	1417	0.962	0.984	100	0.152
4.559-4.92	0.167	67	0.143	1265	0.144	1332	0.984	0.986	100	0.141
4.92-5.384	0.252	60	0.164	1150	0.169	1210	0.962	0.983	100	0.159
5.384-6.01	0.224	57	0.158	1071	0.161	1128	0.973	0.985	100	0.154
6.01-6.921	0.32	49	0.229	945	0.234	994	0.954	0.971	100	0.225
6.921-8.431	0.276	44	0.265	817	0.266	861	0.958	0.964	100	0.264
8.431-11.738	0.292	34	0.207	649	0.212	683	0.958	0.976	100	0.229
11.738-47.283	0.352	22	0.32	416	0.322	438	0.941	0.939	100	0.337

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8321	0.9291	-0.4002	5.9729	0.5757	1.2782	-0.0464	0.0948	-0.4669	-0.235	0.0525	-0.747	0.2003	0.1446	-0.0061	0.0541	0.031	0.0241	0.03	-0.0301	0.1675	-26.5114	12.3737	-47.623
2	1.7923	0.2332	-0.8962	1.2436	0.3284	5.6059	-0.044	0.4953	-0.1103	-0.2333	-0.0293	0.1751	0.1826	-0.6845	0.0732	0.0557	-0.0142	-0.0354	0.1766	-0.041	0.0369	-57.0602	35.9888	-66.6279
3	1.4625	-0.6573	-0.2581	6.0603	-1.3635	2.1414	-0.0762	-0.1383	0.2627	0.8655	0.1996	0.3135	-0.5932	-0.2746	-0.1234	0.214	0.0875	0.0408	0.0569	-0.0197	0.0802	-47.6682	-12.2728	-26.7171

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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