PDB-8t3i: Crystal structure of mutant exfoliative toxin C (ExhC) from Mamma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t3i

タイトル

Crystal structure of mutant exfoliative toxin C (ExhC) from Mammaliicoccus sciuri

要素

Exfoliative toxin C

キーワード

TOXIN / peptidase / necrotic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Mammaliicoccus sciuri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Gismene, C. / Calil, F.A. / Hernandez Gonzalez, J.E. / Ziem Nascimento, A.F. / Santisteban, A.R.N. / Arni, R.K. / Barros Mariutti, R.

資金援助

ブラジル, 4件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2020/08165-8	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2020/13921-0	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2022/14362-0	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)		ブラジル

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Necrotic activity of ExhC from Mammaliicoccus sciuri is mediated by specific amino acid residues.
著者: Gismene, C. / Gonzalez, J.E.H. / de Freitas Calmon, M. / Nascimento, A.F.Z. / Santisteban, A.R.N. / Calil, F.A. / da Silva, A.D.T. / Rahal, P. / Goes, R.M. / Arni, R.K. / Mariutti, R.B.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t3i.cif.gz	198.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t3i.ent.gz	153.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t3i_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t3i_full_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示
XML形式データ	8t3i_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	8t3i_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/8t3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/8t3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t3jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exfoliative toxin C

B: Exfoliative toxin C

56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exfoliative toxin C

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exfoliative toxin C

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.150, 71.398, 71.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.705, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Exfoliative toxin C / Serine protease 分子量: 28448.574 Da / 分子数: 2 / 変異: R47A, N49F, Q51K, R89A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mammaliicoccus sciuri (バクテリア) 遺伝子: exhC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6M8N2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M MgCl2; 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 30% w/v PEG 4000 with the addition of 0.1 M Sarcosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.32363 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.32363 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→39.553 Å / Num. obs: 63061 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06174 / R_pim(I) all: 0.02589 / Net I/σ(I): 15.17
反射シェル	解像度: 1.57→1.626 Å / R_merge(I) obs: 0.06174 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 6315 / CC_1/2: 0.506 / R_pim(I) all: 0.5632

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→39.553 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.248 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	3153	5 %
R_work	0.1813	59908	-
all	0.183	-	-
obs	-	63061	99.894 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.023 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.512 Å²	0 Å²	0.232 Å²
2-	-	1.167 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.303 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→39.553 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3711	0	0	283	3994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.152	1.641	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.699	1.583	8116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.158	5	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.904	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.362	10	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.779	10	176
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.137	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.336	2.559	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.336	2.558	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.35	4.589	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.351	4.591	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.124	3.066	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.123	3.068	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.415	5.341	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.413	5.343	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.378	27.535	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.385	26.853	4152

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.57-1.61	0.356	231	0.34	4394	0.341	4667	0.91	0.92	99.1001	0.34
1.61-1.654	0.316	226	0.295	4304	0.296	4530	0.928	0.942	100	0.294
1.654-1.702	0.334	218	0.264	4139	0.267	4359	0.933	0.954	99.9541	0.256
1.702-1.755	0.254	214	0.222	4070	0.224	4284	0.961	0.968	100	0.206
1.755-1.812	0.244	207	0.199	3931	0.201	4138	0.956	0.974	100	0.179
1.812-1.876	0.27	202	0.201	3843	0.205	4045	0.954	0.974	100	0.18
1.876-1.946	0.28	194	0.228	3670	0.231	3864	0.952	0.967	100	0.204
1.946-2.025	0.245	185	0.196	3524	0.199	3709	0.96	0.976	100	0.175
2.025-2.115	0.263	180	0.199	3417	0.202	3597	0.957	0.976	100	0.18
2.115-2.218	0.218	171	0.185	3258	0.187	3429	0.972	0.979	100	0.169
2.218-2.338	0.233	162	0.185	3072	0.187	3236	0.968	0.98	99.9382	0.165
2.338-2.479	0.222	154	0.17	2921	0.173	3076	0.971	0.983	99.9675	0.159
2.479-2.649	0.224	147	0.167	2793	0.17	2940	0.969	0.983	100	0.158
2.649-2.861	0.215	134	0.179	2555	0.181	2689	0.971	0.98	100	0.173
2.861-3.132	0.211	125	0.179	2373	0.181	2500	0.976	0.981	99.92	0.18
3.132-3.499	0.24	113	0.183	2135	0.186	2253	0.964	0.98	99.7781	0.192
3.499-4.035	0.187	100	0.154	1902	0.156	2012	0.981	0.987	99.503	0.167
4.035-4.929	0.138	84	0.124	1607	0.125	1691	0.989	0.992	100	0.146
4.929-6.917	0.208	67	0.171	1259	0.173	1326	0.988	0.988	100	0.191
6.917-39.553	0.205	39	0.171	741	0.173	780	0.974	0.983	100	0.203

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