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- PDB-8t2j: Structure of the catalytic domain of PPM1D/Wip1 serine/threonine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t2j
タイトルStructure of the catalytic domain of PPM1D/Wip1 serine/threonine phosphatase
要素Protein phosphatase 1D
キーワードHYDROLASE / Protein phosphatase / Metal-binding protein / Cell cycle / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin phosphatase activity / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / peptidyl-threonine dephosphorylation / Transcriptional regulation by RUNX2 / mitogen-activated protein kinase binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of gene expression, epigenetic / protein serine/threonine phosphatase activity / protein dephosphorylation ...myosin phosphatase activity / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / peptidyl-threonine dephosphorylation / Transcriptional regulation by RUNX2 / mitogen-activated protein kinase binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of gene expression, epigenetic / protein serine/threonine phosphatase activity / protein dephosphorylation / cellular response to starvation / response to bacterium / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to radiation / G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein phosphatase 1D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kumar, J.P. / Kosek, D. / Dyda, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)Research resulting in this structure was funded in part by the Intramural Program of the NIDDK 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure and mechanistic studies of the PPM1D serine/threonine phosphatase catalytic domain.
著者: Kumar, J.P. / Kosek, D. / Durell, S.R. / Miller Jenkins, L.M. / Debnath, S. / Coussens, N.P. / Hall, M.D. / Appella, D.H. / Dyda, F. / Mazur, S.J. / Appella, E.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 1D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6006
ポリマ－38,2611
非ポリマー3395
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.664, 59.930, 49.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 1D / Protein phosphatase 2C isoform delta / PP2C-delta / Protein phosphatase magnesium-dependent 1 delta ...Protein phosphatase 2C isoform delta / PP2C-delta / Protein phosphatase magnesium-dependent 1 delta / p53-induced protein phosphatase 1


分子量: 38261.461 Da / 分子数: 1 / 変異: G8R, P33E, R250A, R258A, R259A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPM1D, WIP1 / プラスミド: pE-SUMOstar Amp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O15297, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 3000, 20% PEG 400 (v/v), and 10% glycerol (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 26792 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.67 % / Biso Wilson estimate: 29.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.75
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.8-1.850.49120100.9110.5321
1.85-1.90.37419110.9420.4041
1.9-1.950.31318550.9590.3371
1.95-2.010.23218170.9730.251
2.01-2.080.19117740.9790.2061
2.08-2.150.16317040.9810.1761
2.15-2.230.13116080.9860.1421
2.23-2.320.11215660.9930.121
2.32-2.430.09515390.9940.1021
2.43-2.550.08614730.9940.0931
2.55-2.680.07813970.9950.0841
2.68-2.850.07312980.9950.081
2.85-3.040.0712310.9950.0761
3.04-3.290.06511210.9950.0711
3.29-3.60.06210710.9950.0671
3.6-4.030.0579690.9960.0621
4.03-4.650.0558550.9970.061
4.65-5.690.0497200.9970.0541
5.69-8.050.0535570.9960.0581

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→25.65 Å / SU ML: 0.2131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 22.4976
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 1072 4 %
Rwork0.1747 25718 -
obs0.1764 26790 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 21 125 2781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01462707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31593653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0124471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.688372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.29641340.21853194X-RAY DIFFRACTION98.52
1.88-1.980.28361340.20083232X-RAY DIFFRACTION99.23
1.98-2.10.22861320.1833172X-RAY DIFFRACTION98.95
2.11-2.270.24351310.17583163X-RAY DIFFRACTION97.98
2.27-2.50.24451370.17723261X-RAY DIFFRACTION99.91
2.5-2.860.23251330.18653194X-RAY DIFFRACTION99.19
2.86-3.60.23761340.17963211X-RAY DIFFRACTION98.35
3.6-25.650.17971370.15993291X-RAY DIFFRACTION99.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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