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万見
- PDB-8t2i: Negative stain EM assembly of MYC, JAZ, and NINJA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t2i
タイトルNegative stain EM assembly of MYC, JAZ, and NINJA complex
要素
  • AFP homolog 2
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • Protein TIFY 10A
  • Transcription factor MYC3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Jasmonate signaling / MYC / JAZ / NINJA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to alkaline pH / regulation of defense response / regulation of leaf morphogenesis / extracellular ATP signaling / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen development / flower development ...regulation of cellular response to alkaline pH / regulation of defense response / regulation of leaf morphogenesis / extracellular ATP signaling / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen development / flower development / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / defense response / response to wounding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ninja family / Tify domain binding domain / Tify domain binding domain / Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / Transcription factor AIB/MYC-like / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. ...Ninja family / Tify domain binding domain / Tify domain binding domain / Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / Transcription factor AIB/MYC-like / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Transcription factor MYC3 / Protein TIFY 10A / AFP homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Zhang, Y. / Zhou, Y. / He, Q. / Cao, X. / Kariapper, L. / Suino-Powell, K. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Karsten, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1922846 米国
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2023
タイトル: Assembly of JAZ-JAZ and JAZ-NINJA complexes in jasmonate signaling.
著者: X Edward Zhou / Yaguang Zhang / Jian Yao / Jie Zheng / Yuxin Zhou / Qing He / Javier Moreno / Vinh Q Lam / Xiaoman Cao / Koichi Sugimoto / Leidy Vanegas-Cano / Leena Kariapper / Kelly Suino- ...著者: X Edward Zhou / Yaguang Zhang / Jian Yao / Jie Zheng / Yuxin Zhou / Qing He / Javier Moreno / Vinh Q Lam / Xiaoman Cao / Koichi Sugimoto / Leidy Vanegas-Cano / Leena Kariapper / Kelly Suino-Powell / Yuanye Zhu / Scott Novick / Patrick R Griffin / Feng Zhang / Gregg A Howe / Karsten Melcher /
要旨: Jasmonates (JAs) are plant hormones with crucial roles in development and stress resilience. They activate MYC transcription factors by mediating the proteolysis of MYC inhibitors called JAZ proteins. ...Jasmonates (JAs) are plant hormones with crucial roles in development and stress resilience. They activate MYC transcription factors by mediating the proteolysis of MYC inhibitors called JAZ proteins. In the absence of JA, JAZ proteins bind and inhibit MYC through the assembly of MYC-JAZ-Novel Interactor of JAZ (NINJA)-TPL repressor complexes. However, JAZ and NINJA are predicted to be largely intrinsically unstructured, which has precluded their experimental structure determination. Through a combination of biochemical, mutational, and biophysical analyses and AlphaFold-derived ColabFold modeling, we characterized JAZ-JAZ and JAZ-NINJA interactions and generated models with detailed, high-confidence domain interfaces. We demonstrate that JAZ, NINJA, and MYC interface domains are dynamic in isolation and become stabilized in a stepwise order upon complex assembly. By contrast, most JAZ and NINJA regions outside of the interfaces remain highly dynamic and cannot be modeled in a single conformation. Our data indicate that the small JAZ Zinc finger expressed in Inflorescence Meristem (ZIM) motif mediates JAZ-JAZ and JAZ-NINJA interactions through separate surfaces, and our data further suggest that NINJA modulates JAZ dimerization. This study advances our understanding of JA signaling by providing insights into the dynamics, interactions, and structure of the JAZ-NINJA core of the JA repressor complex.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor MYC3
M: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
J: Protein TIFY 10A
N: AFP homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,3834
ポリマ－138,3834
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor MYC3 / Basic helix-loop-helix protein 5 / AtbHLH5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / ...Basic helix-loop-helix protein 5 / AtbHLH5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / Transcription factor ATR2 / Transcription factor EN 36 / bHLH transcription factor bHLH005


分子量: 20972.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MYC3, ATR2, BHLH5, EN36, At5g46760, MZA15.18
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9FIP9
#2: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 44779.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0AEY0
#3: タンパク質 Protein TIFY 10A / Jasmonate ZIM domain-containing protein 1


分子量: 27640.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TIFY10A, JAZ1, At1g19180, T29M8.5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9LMA8
#4: タンパク質 AFP homolog 2 / Novel interactor of JAZ


分子量: 44990.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AFPH2, NINJA, At4g28910, F25O24.30
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9SV55

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MBP fused MYC JAZ NINJA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Formate

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI SPIRIT
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ORIUS SC600 (2.7k x 2.7k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26340 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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