PDB-8t28: The crystal structure of SrtC2 sortase from Actinomyces oris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t28

タイトル

The crystal structure of SrtC2 sortase from Actinomyces oris

要素

Class C sortase

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

Sortase C / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / hydrolase activity / membrane / PHOSPHATE ION / Class C sortase

機能・相同性情報

生物種

Actinomyces oris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Chang, C. / Ton-That, H.L. / Ton-That, H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700060C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00035	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for dual functions in pilus assembly modulated by the lid of a pilus-specific sortase.
著者: Chang, C. / Ton-That, H. / Osipiuk, J. / Joachimiak, A. / Das, A. / Ton-That, H.

履歴

登録	2023年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t28.cif.gz	88.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t28.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t28_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t28_full_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示
XML形式データ	8t28_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	8t28_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSBID-IDP96983

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Class C sortase

ヘテロ分子

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.390, 90.390, 101.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- PO4
2	1	A-502- PO4
3	1	A-503- CL
4	1	A-504- CL
5	1	A-688- HOH
6	1	A-706- HOH

#1: タンパク質	Class C sortase 分子量: 23985.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Three N-terminal residues, SNA, are expression tag (cloning artifact) 由来: (組換発現) Actinomyces oris (バクテリア) / 遺伝子: CYJ23_09785 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I1IT56
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Na2HPO4:Citric Acid, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→45.24 Å / Num. obs: 14868 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.2 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.174 / Net I/av σ(I): 25.8 / Net I/σ(I): 5.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	6.7	1.156	1.08	702	0.504	0.819	0.461	1.257	0.821	96.8
2.14-2.18	7.9	1.1		714	0.462	0.795	0.406	1.182	0.901	99
2.18-2.22	9.4	0.914		721	0.677	0.898	0.311	0.971	0.887	99.9
2.22-2.26	10.9	0.829		734	0.737	0.921	0.261	0.873	0.9	99.7
2.26-2.31	12.8	0.804		722	0.825	0.951	0.233	0.84	0.901	100
2.31-2.37	14.9	0.688		722	0.883	0.969	0.184	0.714	0.982	99.9
2.37-2.42	17.6	0.567		730	0.94	0.984	0.138	0.585	0.975	100
2.42-2.49	22.6	0.517		733	0.97	0.992	0.11	0.529	0.995	100
2.49-2.56	26.3	0.453		730	0.978	0.995	0.09	0.462	1.078	100
2.56-2.65	26.1	0.374		724	0.988	0.997	0.074	0.381	1.113	100
2.65-2.74	25.8	0.325		746	0.986	0.997	0.065	0.331	1.156	100
2.74-2.85	24.8	0.268		731	0.99	0.997	0.055	0.274	1.232	100
2.85-2.98	24.4	0.218		737	0.992	0.998	0.045	0.223	1.245	100
2.98-3.14	26.1	0.178		749	0.996	0.999	0.035	0.182	1.357	99.9
3.14-3.33	25.5	0.141		748	0.997	0.999	0.028	0.143	1.441	100
3.33-3.59	23.6	0.117		749	0.997	0.999	0.024	0.119	1.439	100
3.59-3.95	25.7	0.092		759	0.998	1	0.018	0.094	1.43	100
3.95-4.52	24.8	0.074		770	0.999	1	0.015	0.076	1.336	99.9
4.52-5.7	24.1	0.061		786	0.999	1	0.013	0.063	1.134	99.9
5.7-45.24	21.5	0.049		861	1	1	0.011	0.05	1.003	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→45.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 8.269 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20098	764	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16688	-	-	-
obs	0.16861	14075	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.069 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0.06 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1390	0	12	108	1510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.643	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.491	1.551	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.086	5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.036	10	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.283	10	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.253	2.91	743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.253	2.91	743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.089	4.347	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.088	4.353	928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.829	3.309	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.792	3.299	668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.532	4.78	992
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.756	37.497	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.719	36.817	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	65	-
R_work	0.298	985	-
obs	-	-	97.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.0517 Å / Origin y: 37.0297 Å / Origin z: 34.538 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0653 Å²	-0.0255 Å²	0.0304 Å²	-	0.0147 Å²	-0.0144 Å²	-	-	0.0231 Å²
L	1.7013 °²	0.2718 °²	0.381 °²	-	1.6826 °²	0.1602 °²	-	-	1.8227 °²
S	-0.0471 Å °	0.0433 Å °	-0.123 Å °	-0.0294 Å °	0.0257 Å °	-0.0957 Å °	0.1477 Å °	0.0263 Å °	0.0214 Å °

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