[日本語] English
万見
- PDB-8t1u: Crystal structure of the DRM2-CTA DNA complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t1u
タイトルCrystal structure of the DRM2-CTA DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
キーワードTRANSFERASE/DNA / plant DNA methyltransferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / defense response to fungus / methylation / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAM-dependent methyltransferase DRM / SAM-dependent methyltransferase DRM-type domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Chen, J. / Lu, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: DNA conformational dynamics in the context-dependent non-CG CHH methylation by plant methyltransferase DRM2.
著者: Chen, J. / Lu, J. / Liu, J. / Fang, J. / Zhong, X. / Song, J.
履歴
登録2023年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.02025年7月30日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6794
ポリマ－51,2943
非ポリマー3841
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.469, 232.853, 118.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-841-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2 / Protein DOMAINS REARRANGED METHYLASE 2


分子量: 40206.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9M548, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5536.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 5551.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic and 20% w/v polyethylene glycol 3350 (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 16195 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.888 / CC star: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.177 / Rrim(I) all: 0.316 / Χ2: 0.717 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 48468
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-32.60.80415100.5450.840.5680.990.6690.3
3-3.122.90.71415440.5070.820.4950.8740.66493.3
3.12-3.273.10.41516220.8580.9610.2770.5020.64797.5
3.27-3.443.20.38716550.8180.9490.2580.4680.67698.2
3.44-3.653.10.29116450.8640.9630.1950.3520.66497.8
3.65-3.9430.25416450.9080.9760.1720.3080.69197.2
3.94-4.332.80.17416180.9410.9850.1250.2150.7596.3
4.33-4.9630.15916340.9530.9880.1080.1940.7295.2
4.96-6.243.20.1816360.9530.9880.1190.2170.71695.2
6.24-502.90.116860.9840.9960.0680.1220.97792

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→48.41 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 1616 10 %
Rwork0.2061 --
obs0.2109 16153 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 740 26 88 3653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7375380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.096792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-30.38661210.32221094X-RAY DIFFRACTION88
3-3.10.36611270.28741143X-RAY DIFFRACTION91
3.1-3.210.3031350.28581213X-RAY DIFFRACTION96
3.21-3.330.28251360.22631218X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.490.25221370.22371228X-RAY DIFFRACTION98
3.49-3.670.2521380.20451240X-RAY DIFFRACTION98
3.67-3.90.26891370.211241X-RAY DIFFRACTION98
3.9-4.20.241370.17731222X-RAY DIFFRACTION96
4.2-4.620.23361330.1661206X-RAY DIFFRACTION95
4.62-5.290.20231370.16641229X-RAY DIFFRACTION96
5.29-6.660.2211370.18581238X-RAY DIFFRACTION95
6.66-48.410.19061410.16521265X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7105-1.4255-0.16222.8861.02232.5939-0.1984-0.32610.18860.25690.4695-0.7940.50870.09980.04220.1985-0.0032-0.07230.1406-0.04270.28718.278721.141416.4262
21.9375-0.11710.21030.76080.06451.53640.2094-0.1773-0.46850.053-0.0416-0.12140.00750.0719-0.04280.15030.08560.06650.09730.02110.269111.53930.386515.6465
33.6151-1.12811.06181.7890.61262.1868-0.30090.19280.13870.3530.11350.3866-0.0088-0.13680.15320.14620.0197-0.04820.1965-0.01970.2199-11.074630.96422.1062
45.2623-0.7725-0.39791.5113-1.712.26090.0990.8908-0.8922-0.9446-0.43530.31020.70150.0336-0.02080.53650.1464-0.13220.788-0.16130.2406-13.653127.6859-9.8084
51.78850.75090.67192.35041.19012.8174-0.06130.05970.4639-0.1399-0.06150.2718-0.2164-0.45710.14110.1871-0.0170.07150.3001-0.02020.2785-6.697341.93024.3156
61.31970.28450.49321.6169-0.5492.4154-0.0433-0.03710.2250.12910.02740.2618-0.3821-0.29680.03850.15690.0355-0.00810.1374-0.02570.13878.680145.929716.5657
70.9618-0.0010.57112.27550.82912.31540.02410.0318-0.00490.00860.0956-0.2213-0.03520.5421-0.06370.1035-0.00520.04430.2106-0.00040.17221.662444.500211.6299
84.0521-1.7907-0.3183.66180.9488.76370.0270.12121.01620.0376-0.2955-0.3674-0.60710.48550.14670.5010.0122-0.18690.24090.01020.65181.229953.6028-9.5381
91.76181.46110.64262.28911.07642.4811-0.1840.11030.4151-0.3809-0.45190.77060.0016-0.31230.10020.59950.1013-0.18150.3908-0.18150.39342.962735.7884-13.8905
102.5625-0.0349-1.64850.03120.28412.78710.396-0.188-1.341-0.4532-0.17190.40491.0327-0.098-0.02470.572-0.003-0.19780.2598-0.03190.58866.563313.8808-1.5747
113.15240.6902-0.62848.6663-2.78531.50390.05450.106-1.36860.1087-0.0427-1.01341.32730.29610.05791.4107-0.1085-0.10860.2347-0.33561.41959.73456.6247-3.7594
122.0667-1.1538-0.07333.6491-1.5872.4830.29110.2262-0.0777-0.7352-0.26050.0450.22160.21430.06360.34240.0789-0.04420.26750.00860.28314.204838.2507-8.9126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 275 through 294 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 295 through 375 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 376 through 400 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 401 through 435 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 436 through 470 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 471 through 547 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 548 through 626 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 1 through 5 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 6 through 10 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 11 through 18 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 1 through 5 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 6 through 18 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る