+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8t1u | ||||||
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Title | Crystal structure of the DRM2-CTA DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / plant DNA methyltransferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / defense response to fungus / methylation / DNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91 Å | ||||||
Authors | Chen, J. / Lu, J. / Song, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: DNA conformational dynamics in the context-dependent non-CG CHH methylation by plant methyltransferase DRM2. Authors: Chen, J. / Lu, J. / Liu, J. / Fang, J. / Zhong, X. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8t1u.cif.gz | 203.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8t1u.ent.gz | 156.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8t1u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8t1u_validation.pdf.gz | 728.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8t1u_full_validation.pdf.gz | 734.2 KB | Display | |
Data in XML | 8t1u_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8t1u_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/8t1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/8t1u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40206.113 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9M548, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase |
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#2: DNA chain | Mass: 5536.652 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) |
#3: DNA chain | Mass: 5551.696 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) |
#4: Chemical | ChemComp-SAH / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Ammonium citrate tribasic and 20% w/v polyethylene glycol 3350 (pH 7.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 31, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 16195 / % possible obs: 95.3 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.888 / CC star: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.177 / Rrim(I) all: 0.316 / Χ2: 0.717 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 48468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91→48.41 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→48.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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