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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t13 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DENV2 NS5 in complex with human STAT2 with the N-terminal domain of STAT2 disordered | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ISGF3 complex / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / host cell mitochondrion / Regulation of IFNA/IFNB signaling ...ISGF3 complex / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / host cell mitochondrion / Regulation of IFNA/IFNB signaling / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / regulation of protein phosphorylation / Evasion by RSV of host interferon responses / defense response / response to peptide hormone / RNA polymerase II transcription regulator complex / Interferon alpha/beta signaling / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of cell population proliferation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / defense response to virus / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / Potential therapeutics for SARS / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / virion membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | ||||||
![]() | Biswal, M. / Lu, J. / Song, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of DENV2 NS5 in complex with human STAT2 with the N-terminal domain of STAT2 disordered 著者: Biswal, M. / Lu, J. / Song, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40953MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98025.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 103264.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of DENV2 NS5 with human STAT2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86928 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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