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- PDB-8t11: Crystal structure of the PEG10 promoter-bound ONECUT2 R479A/R480A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t11
タイトルCrystal structure of the PEG10 promoter-bound ONECUT2 R479A/R480A mutant DNA-binding domain
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3')
  • One cut domain family member 2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ONECUT family Transcription factor CUT-Homeodomain Prostate cancer DNA-binding / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mesenchymal stem cell migration / peripheral nervous system neuron development / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / regulation of cell-matrix adhesion / endocrine pancreas development / epithelial cell development / cilium assembly / cell fate commitment / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / liver development ...mesenchymal stem cell migration / peripheral nervous system neuron development / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / regulation of cell-matrix adhesion / endocrine pancreas development / epithelial cell development / cilium assembly / cell fate commitment / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / liver development / animal organ morphogenesis / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / actin cytoskeleton / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CUT domain / CUT domain / CUT domain profile. / CUT / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / One cut domain family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Chatterjee, A. / Katiki, M. / Murali, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)PC210486 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The homeodomain regulates stable DNA binding of prostate cancer target ONECUT2.
著者: Chatterjee, A. / Gallent, B. / Katiki, M. / Qian, C. / Harter, M.R. / Silletti, S. / Komives, E.A. / Freeman, M.R. / Murali, R.
履歴
登録2023年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: One cut domain family member 2
B: DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8453
ポリマ－25,8453
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.140, 78.154, 39.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 One cut domain family member 2 / Hepatocyte nuclear factor 6-beta / HNF-6-beta / One cut homeobox 2 / Transcription factor ONECUT-2 / OC-2


分子量: 18521.477 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding domain / 変異: R479A, R480A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ONECUT2, HNF6B / プラスミド: pET His6 TEV LIC vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95948
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3677.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3646.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10 % PEG 1K and 7.5 % PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 5971 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 2.879 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.953.71.4832910.5840.8590.891.7331.66399.7
2.95-33.71.1353030.8010.9430.6811.3261.77599.3
3-3.063.70.8742880.8740.9660.5261.0221.75299
3.06-3.123.70.7062970.8760.9660.4250.8251.87399
3.12-3.193.70.2752950.9860.9960.1690.3242.33299.3
3.19-3.273.60.1073060.99810.0660.1262.33998.4
3.27-3.353.60.2812890.9970.9990.1710.3292.6798.3
3.35-3.443.60.2813040.9470.9860.1710.332.8499.3
3.44-3.543.60.2062930.9720.9930.1270.2423.03599
3.54-3.653.50.1812980.9690.9920.1130.2133.02599
3.65-3.783.60.1572900.9830.9960.0970.1853.57599.3
3.78-3.943.50.1913220.9760.9940.120.2263.171100
3.94-4.113.50.1892850.9750.9940.1180.2233.46699
4.11-4.333.40.1393020.9840.9960.0880.1653.602100
4.33-4.63.40.1322870.9840.9960.0840.1573.76698.3
4.6-4.963.50.1363090.9840.9960.0840.1613.37499
4.96-5.463.60.132960.9830.9960.080.1533.152100
5.46-6.243.60.1233130.9790.9950.0760.1463.08399.1
6.24-7.863.50.0953060.990.9970.060.1133.44599.4
7.86-503.20.0612970.9920.9980.0420.0744.10795.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000v721.3データスケーリング
HKL-2000v721.3データ削減
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACTV4.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→29.43 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3077 434 7.37 %
Rwork0.2506 --
obs0.2546 5889 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 492 0 3 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.572264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.203372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-3.330.44051460.35321750X-RAY DIFFRACTION94
3.33-4.190.30921740.25271805X-RAY DIFFRACTION99
4.19-29.430.24041140.2161900X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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