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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t0u
タイトルCrystal structure of dimethylsulfone monooxygenase SfnG from Pseudomonas fluorescens
要素FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
キーワードFLAVOPROTEIN / two-component / sulfate bound / FMN-dependent / unliganded
機能・相同性dimethylsulfone monooxygenase / FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase SfnG / alkanesulfonate monooxygenase activity / : / alkanesulfonate catabolic process / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gonzalez, R. / Soule, J. / Dowling, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Science Foundation (NSF, United States)1807480 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2024
タイトル: Structural, biophysical, and biochemical insights into C-S bond cleavage by dimethylsulfone monooxygenase.
著者: Gonzalez, R. / Soule, J. / Phan, N. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P.
履歴
登録2023年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
B: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
C: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
D: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
E: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
F: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
G: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
H: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,68828
ポリマ-342,7678
非ポリマー1,92120
1,24369
1
A: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
B: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
C: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
D: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,34414
ポリマ-171,3834
非ポリマー96110
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
E: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
F: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
G: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
H: FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,34414
ポリマ-171,3834
非ポリマー96110
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.785, 94.506, 102.056
Angle α, β, γ (deg.)103.827, 100.585, 96.521
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 17 or resid 19...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 7 through 17 or resid 19...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 7 through 16 or resid 31...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 7 through 17 or resid 19...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 7 through 17 or resid 19...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 7 through 17 or resid 19...
d_7ens_1(chain "G" and (resid 7 through 16 or resid 31...
d_8ens_1(chain "H" and (resid 7 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSGLYGLYAA7 - 1730 - 40
d_12LEULEULEULEUAA1942
d_13GLNGLNGLYGLYAA40 - 5963 - 82
d_14SERSERPHEPHEAA68 - 12291 - 145
d_15GLYGLYGLUGLUAA124 - 125147 - 148
d_16GLNGLNTYRTYRAA127 - 140150 - 163
d_17ARGARGSERSERAA142 - 143165 - 166
d_18GLUGLUILEILEAA145 - 256168 - 279
d_19GLYGLYGLNGLNAA299 - 334322 - 357
d_110GLUGLUVALVALAA336 - 337359 - 360
d_111TYRTYRGLUGLUAA339 - 352362 - 375
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d_22LEULEULEULEUBB1942
d_23GLNGLNGLYGLYBB40 - 5963 - 82
d_24SERSERPHEPHEBB68 - 12291 - 145
d_25GLYGLYGLUGLUBB124 - 125147 - 148
d_26GLNGLNTYRTYRBB127 - 140150 - 163
d_27ARGARGSERSERBB142 - 143165 - 166
d_28GLUGLUILEILEBB145 - 256168 - 279
d_29GLYGLYGLNGLNBB299 - 334322 - 357
d_210GLUGLUVALVALBB336 - 337359 - 360
d_211TYRTYRGLUGLUBB339 - 352362 - 375
d_31LYSLYSSERSERCC7 - 1630 - 39
d_32GLYGLYGLYGLYCC3154
d_33LEULEULEULEUCC3861
d_34GLNGLNGLYGLYCC40 - 5963 - 82
d_35SERSERPHEPHECC68 - 12291 - 145
d_36GLYGLYGLUGLUCC124 - 125147 - 148
d_37GLNGLNARGARGCC127 - 141150 - 164
d_38SERSERGLUGLUCC143 - 144166 - 167
d_39PHEPHEILEILECC146 - 256169 - 279
d_310GLYGLYGLUGLUCC299 - 335322 - 358
d_311VALVALVALVALCC337360
d_312TYRTYRGLUGLUCC339 - 352362 - 375
d_41LYSLYSGLYGLYDD7 - 1730 - 40
d_42LEULEULEULEUDD1942
d_43GLNGLNGLYGLYDD40 - 5963 - 82
d_44SERSERPHEPHEDD68 - 12291 - 145
d_45GLYGLYGLUGLUDD124 - 125147 - 148
d_46GLNGLNTYRTYRDD127 - 140150 - 163
d_47ARGARGSERSERDD142 - 143165 - 166
d_48GLUGLUILEILEDD145 - 256168 - 279
d_49GLYGLYGLNGLNDD299 - 334322 - 357
d_410GLUGLUVALVALDD336 - 337359 - 360
d_411TYRTYRGLUGLUDD339 - 352362 - 375
d_51LYSLYSGLYGLYEE7 - 1730 - 40
d_52LEULEULEULEUEE1942
d_53GLNGLNGLYGLYEE40 - 5963 - 82
d_54SERSERPHEPHEEE68 - 12291 - 145
d_55GLYGLYGLUGLUEE124 - 125147 - 148
d_56GLNGLNTYRTYREE127 - 140150 - 163
d_57ARGARGSERSEREE142 - 143165 - 166
d_58GLUGLUILEILEEE145 - 256168 - 279
d_59GLYGLYGLUGLUEE299 - 335322 - 358
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d_61LYSLYSGLYGLYFF7 - 1730 - 40
d_62LEULEULEULEUFF1942
d_63GLNGLNGLYGLYFF40 - 5963 - 82
d_64SERSERPHEPHEFF68 - 12291 - 145
d_65GLYGLYGLUGLUFF124 - 125147 - 148
d_66GLNGLNTYRTYRFF127 - 140150 - 163
d_67ARGARGGLUGLUFF142 - 144165 - 167
d_68PHEPHEILEILEFF146 - 256169 - 279
d_69GLYGLYGLNGLNFF299 - 334322 - 357
d_610GLUGLUVALVALFF336 - 337359 - 360
d_611TYRTYRGLUGLUFF339 - 352362 - 375
d_71LYSLYSSERSERGG7 - 1630 - 39
d_72GLYGLYGLYGLYGG3154
d_73LEULEULEULEUGG3861
d_74GLNGLNGLYGLYGG40 - 5963 - 82
d_75SERSERPHEPHEGG68 - 12291 - 145
d_76GLYGLYGLUGLUGG124 - 125147 - 148
d_77GLNGLNARGARGGG127 - 141150 - 164
d_78SERSERGLUGLUGG143 - 144166 - 167
d_79PHEPHEILEILEGG146 - 256169 - 279
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d_711VALVALVALVALGG337360
d_712TYRTYRGLUGLUGG339 - 352362 - 375
d_81LYSLYSGLYGLYHH7 - 1730 - 40
d_82LEULEULEULEUHH1942
d_83GLNGLNGLYGLYHH40 - 5963 - 82
d_84SERSERPHEPHEHH68 - 12291 - 145
d_85GLYGLYGLUGLUHH124 - 125147 - 148
d_86GLNGLNTYRTYRHH127 - 140150 - 163
d_87ARGARGSERSERHH142 - 143165 - 166
d_88GLUGLUILEILEHH145 - 256168 - 279
d_89GLYGLYGLNGLNHH299 - 334322 - 357
d_810GLUGLUVALVALHH336 - 337359 - 360
d_811TYRTYRGLUGLUHH339 - 352362 - 375

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.995313859547, -0.00729378123035, -0.0964215834188), (0.0083895290497, -0.999904703017, -0.0109636073765), (-0.0963324285791, -0.0117211620476, 0.995280200529)89.0217872929, 13.7575624372, 4.29767606472
2given(-0.914353798854, -0.404847994764, 0.00743180037837), (-0.404631169555, 0.914244790812, 0.0207383484587), (-0.0151903635705, 0.0159550496162, -0.999757315175)95.0309886887, 21.3723492242, -129.973835073
3given(0.903009389304, 0.422578726735, 0.077467816152), (0.419617516599, -0.906211266198, 0.0519834663992), (0.092169314807, -0.0144347056171, -0.99563871795)6.08405451337, -2.40034836952, -134.508637792
4given(-0.861537070683, -0.38684486103, 0.328793140642), (-0.392052448604, 0.91839999395, 0.0532571934767), (-0.322565889986, -0.0830211094121, -0.942899115499)122.921329484, -24.5668956212, -111.489183058
5given(0.824203674896, 0.382061943139, 0.417991595482), (0.379427591754, -0.920512787545, 0.0932250534082), (0.420384353782, 0.0817611128357, -0.903654865268)42.5129953247, -44.81648733, -145.714336636
6given(0.936675566395, 0.00959688850887, -0.350066826547), (-0.0463438486803, 0.994229559794, -0.0967462150244), (0.347118324217, 0.106843259792, 0.931715292796)-10.4327992451, -51.4677583952, -22.7325087703
7given(-0.906295276824, -0.00974737630164, -0.422532673129), (0.0500797886602, -0.99516764717, -0.0844592729898), (-0.419667589854, -0.097705387167, 0.902403884823)73.4260141294, -40.081529947, 13.7965165909

-
要素

#1: タンパク質
FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase


分子量: 42845.840 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / : Pf0-1 / 遺伝子: sfnG, Pfl01_2879 / プラスミド: pET28-a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB-T7 Express / 参照: UniProt: Q3KC85, dimethylsulfone monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 % / 解説: Seeded triclinic crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.15 M Bis-Tris (pH 5.5), 0.1 M (NH4)2SO4, 30% (w/v) PEG 3350, and 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→96.7 Å / Num. obs: 92082 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 65.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 14485 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.425 / Rrim(I) all: 0.702 / Rsym value: 0.679 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSJan 31, 2020データ削減
XDSJan 31, 2020データスケーリング
PHENIX1.14位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→72.66 Å / SU ML: 0.3744 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.3926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Refinement of unliganded structure contained an unordered lid region.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 4598 5 %
Rwork0.2005 87377 -
obs0.2023 91975 95.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→72.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19528 0 100 69 19697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001920098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.437127293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00343563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.93226981
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.52950089237
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.48260509044
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.543955225884
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.470576599237
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.596897970685
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.53795489488
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.462964770101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.630.3661460.32272818X-RAY DIFFRACTION92.83
2.63-2.660.31451520.28462886X-RAY DIFFRACTION95.65
2.66-2.690.33031540.27742913X-RAY DIFFRACTION94.14
2.69-2.730.31451500.25912855X-RAY DIFFRACTION94.71
2.73-2.760.28921510.25232875X-RAY DIFFRACTION93.57
2.76-2.80.35421450.25762752X-RAY DIFFRACTION91.94
2.8-2.840.3251450.25572756X-RAY DIFFRACTION89.93
2.84-2.880.31251550.27622931X-RAY DIFFRACTION97.44
2.88-2.930.38461570.3112989X-RAY DIFFRACTION97.49
2.93-2.980.32461570.28772987X-RAY DIFFRACTION97.43
2.98-3.030.32081540.2832923X-RAY DIFFRACTION97.44
3.03-3.080.33511570.26052985X-RAY DIFFRACTION97.37
3.08-3.140.31641560.23952964X-RAY DIFFRACTION97.23
3.14-3.210.25061560.21752954X-RAY DIFFRACTION97.55
3.21-3.280.27671560.21262968X-RAY DIFFRACTION97.32
3.28-3.350.27581540.22032935X-RAY DIFFRACTION97.14
3.35-3.440.26911550.2242943X-RAY DIFFRACTION96.54
3.44-3.530.25531550.23822941X-RAY DIFFRACTION96.24
3.53-3.630.24241540.2142927X-RAY DIFFRACTION96.28
3.63-3.750.23671520.19312876X-RAY DIFFRACTION95.37
3.75-3.880.26381540.18792919X-RAY DIFFRACTION95.05
3.88-4.040.20811480.19092814X-RAY DIFFRACTION92.56
4.04-4.220.19461470.16722798X-RAY DIFFRACTION91.86
4.22-4.450.21321560.16032969X-RAY DIFFRACTION97.66
4.45-4.720.17361570.15822983X-RAY DIFFRACTION97.85
4.72-5.090.19511570.15952978X-RAY DIFFRACTION97.97
5.09-5.60.22341560.18762967X-RAY DIFFRACTION97.72
5.6-6.410.23131560.20342970X-RAY DIFFRACTION97.5
6.41-8.070.2021510.17932862X-RAY DIFFRACTION94.1
8.08-72.660.17181550.17092939X-RAY DIFFRACTION96.96

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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