PDB-8t0t: Structure of Compound 4 bound to human ALDH1A1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t0t

タイトル

Structure of Compound 4 bound to human ALDH1A1

要素

Aldehyde dehydrogenase 1A1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor Complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / Fructose catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hurley, T.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2024
タイトル: Development of substituted benzimidazoles as inhibitors of human aldehyde dehydrogenase 1A isoenzymes.
著者: Takahashi, C. / Chtcherbinine, M. / Huddle, B.C. / Wilson, M.W. / Emmel, T. / Hohlman, R.M. / McGonigal, S. / Buckanovich, R.J. / Larsen, S.D. / Hurley, T.D.

履歴

登録	2023年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t0t.cif.gz	213.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t0t.ent.gz	168.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t0t_validation.pdf.gz	807.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t0t_full_validation.pdf.gz	811.3 KB	表示
XML形式データ	8t0t_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	8t0t_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/8t0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/8t0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (8) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (8)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (8)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase 1A1

ヘテロ分子

55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase 1A1

ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase 1A1

ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase 1A1

ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase 1A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.236, 109.236, 83.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	89
Space group name H-M	P422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-910- HOH

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase 1A1 / RalDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A1 / Aldehyde dehydrogenase / cytosolic 分子量: 54924.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A1, ALDC, ALDH1, PUMB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00352, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, retinal dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION 分子量: 173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物	ChemComp-Y6E / 1-(4-{6-fluoro-3-[4-(methanesulfonyl)piperazine-1-carbonyl]quinolin-4-yl}phenyl)cyclopropane-1-carbonitrile 分子量: 478.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₃FN₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: plates
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 10% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, 200 mM NaCl, 10 mM YbCl3 PH範囲: 6.2-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 51200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 1.032 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	7	0.653	2520	0.787	0.939	0.264	0.706	1.031	99.6
1.78-1.81	7.5	0.568	2515	0.869	0.964	0.222	0.61	1.081	100
1.81-1.85	8.1	0.494	2525	0.887	0.97	0.185	0.528	1.085	100
1.85-1.89	8.9	0.438	2526	0.935	0.983	0.155	0.465	1.105	100
1.89-1.93	9.2	0.356	2511	0.956	0.989	0.124	0.377	1.131	100
1.93-1.97	9.3	0.313	2521	0.964	0.991	0.108	0.332	1.125	100
1.97-2.02	9.4	0.259	2528	0.976	0.994	0.089	0.274	1.028	100
2.02-2.07	9.5	0.218	2528	0.982	0.996	0.074	0.23	1.019	100
2.07-2.14	9.6	0.19	2544	0.985	0.996	0.064	0.201	1.004	100
2.14-2.2	9.6	0.161	2538	0.989	0.997	0.054	0.17	1.008	100
2.2-2.28	9.7	0.144	2540	0.993	0.998	0.048	0.152	0.979	100
2.28-2.38	9.7	0.124	2546	0.993	0.998	0.042	0.131	1.036	100
2.38-2.48	9.7	0.112	2549	0.995	0.999	0.038	0.118	0.993	100
2.48-2.61	9.6	0.093	2557	0.996	0.999	0.031	0.098	0.978	100
2.61-2.78	9.6	0.082	2564	0.997	0.999	0.028	0.086	0.938	100
2.78-2.99	9.6	0.066	2578	0.998	1	0.022	0.07	0.97	100
2.99-3.29	9.6	0.053	2579	0.999	1	0.018	0.057	1.029	100
3.29-3.77	9.5	0.042	2617	0.999	1	0.014	0.044	0.995	100
3.77-4.75	9.4	0.035	2649	0.999	1	0.012	0.037	1.128	100
4.75-50	8.7	0.037	2765	0.999	1	0.013	0.04	1.008	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→35.03 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2403	2672	5.23 %	random
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.2006	51103	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3816	0	36	277	4129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3987
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	5416
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.905	557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.78	0.3352	127	0.2865	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.3518	136	0.2736	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.2658	131	0.2553	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.3225	145	0.2689	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.3003	127	0.2507	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.99	0.2649	163	0.2445	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.2942	143	0.2337	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1	0.262	139	0.2434	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.17	0.2654	134	0.2331	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.2466	135	0.2223	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.34	0.2358	126	0.2092	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.44	0.2782	155	0.2168	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.57	0.2932	142	0.2088	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.73	0.2708	136	0.2106	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.234	151	0.1981	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.24	0.2356	152	0.1972	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.71	0.211	135	0.1763	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.67	0.1747	139	0.1403	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-35.03	0.2071	156	0.1689	2755	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3104	-0.0253	0.6517	1.1105	-0.5366	1.6153	-0.1062	-0.2109	-0.3662	0.1779	-0.0307	0.2573	0.3259	-0.0252	0.0643	0.3979	0.1282	0.2631	0.3275	0.2511	0.6316	54.2782	-34.2112	23.626
2	0.5038	0.1302	-0.0774	0.6218	-0.2701	0.3713	-0.2299	-0.2895	-0.3168	0.2631	0.0063	0.0754	0.0525	0.0228	0.0643	0.2865	0.0737	0.1799	0.2271	0.1157	0.3288	55.4505	-18.3442	18.9563
3	0.5033	0.384	-0.0329	0.3128	-0.1264	0.6008	-0.2473	-0.3004	-0.1791	0.1667	-0.0151	0.3287	0.0482	-0.1101	-0.0727	0.2684	0.0785	0.2798	0.2822	0.0261	0.4695	25.8965	-10.8933	22.5409
4	1.2501	-0.2919	-0.2909	0.4603	0.1215	0.3585	-0.1939	-0.0979	-0.0559	0.1087	0.009	0.0103	0.0483	0.0137	0.189	0.1611	0.014	0.0032	0.1294	0.0194	0.1564	54.0185	-2.5229	9.8085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 269 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 270 through 454 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 455 through 501 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)