PDB-8t0h: Backbone Dialkylation in Peptide Hairpins: (S)-Ethylpropylglycine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t0h

タイトル

Backbone Dialkylation in Peptide Hairpins: (S)-Ethylpropylglycine variant

要素

Immunoglobulin G-binding protein G

キーワード

DE NOVO PROTEIN / hairpin / peptidomimetic / backbone modification

生物種

Streptococcus sp. group G (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Heath, S.L. / Horne, W.S. / Lengyel, G.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	107161	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	149220	米国

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Effects of chirality and side chain length in C alpha , alpha-dialkylated residues on beta-hairpin peptide folded structure and stability.
著者: Heath, S.L. / Horne, W.S. / Lengyel, G.A.

履歴

登録	2023年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t0h.cif.gz	53 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t0h.ent.gz	35 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/8t0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/8t0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t0gC 8t0iC C: 同じ文献を引用 (文献)
その他のデータベース	BMRB: 31090Backbone Dialkylation in Peptide Hairpins: (S)-Ethylpropylglycine variant

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin G-binding protein G

1.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: 抗体	Immunoglobulin G-binding protein G 分子量: 1883.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 0.9 mM GB1 C-terminal Hairpin Mutant: (S)-Ethylpropylglycine variant, 50 mM sodium phosphate, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.9 mM	GB1 C-terminal Hairpin Mutant: (S)-Ethylpropylglycine variant	natural abundance	1
50 mM	sodium phosphate	natural abundance	1
0.2 mM	DSS	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 250 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.0 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	解析
NMRFAM-SPARKY	Lee W, Tonelli M, Markley JL	chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKY	Lee W, Tonelli M, Markley JL	peak picking
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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