PDB-8szt: Structure of Kdac1 from Acinetobacter baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8szt

タイトル

Structure of Kdac1 from Acinetobacter baumannii

要素

Histone deacetylase domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / histone deacetylase / metallohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Watson, P.R. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structure and Function of Kdac1, a Class II Deacetylase from the Multidrug-Resistant Pathogen Acinetobacter baumannii .
著者: Watson, P.R. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2023年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8szt.cif.gz	340.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8szt.ent.gz	219.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8szt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8szt_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8szt_full_validation.pdf.gz	457 KB	表示
XML形式データ	8szt_validation.xml.gz	47.7 KB	表示
CIF形式データ	8szt_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8szuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Histone deacetylase domain-containing protein

A: Histone deacetylase domain-containing protein

C: Histone deacetylase domain-containing protein

D: Histone deacetylase domain-containing protein

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Histone deacetylase domain-containing protein

A: Histone deacetylase domain-containing protein

ヘテロ分子

C: Histone deacetylase domain-containing protein

D: Histone deacetylase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
162 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.949, 181.689, 155.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Histone deacetylase domain-containing protein 分子量: 40439.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R8YPJ7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Kdac1 10mg/mL 0.6 M sodium formate and 20% (w/v) polyethylene glycol 3,350 Seeded

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→96.53 Å / Num. obs: 55541 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.11 Å² / CC_1/2: 0.969 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 36436 / CC_1/2: 0.548

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→60.51 Å / SU ML: 0.3582 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	3844	3.64 %
R_work	0.2008	101734	-
obs	0.2031	55476	97.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→60.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10745	0	16	58	10819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	10999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9419	14985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1952
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9403	1520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3492	166	0.2672	3826	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.53-2.56	0.3316	154	0.2715	3779	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.56-2.6	0.3579	129	0.2557	3888	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.6-2.64	0.3277	160	0.2623	3773	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.64-2.68	0.3522	123	0.2656	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.68-2.72	0.3121	134	0.2568	3812	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.72-2.76	0.2866	141	0.2519	3846	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.76-2.81	0.3476	151	0.2517	3794	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.81-2.86	0.2802	149	0.2384	3765	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.86-2.92	0.3326	125	0.2432	3705	X-RAY DIFFRACTION	95.25
2.92-2.98	0.3737	111	0.231	3487	X-RAY DIFFRACTION	89.55
2.98-3.04	0.3099	135	0.231	3776	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.04-3.11	0.2739	165	0.2229	3778	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.11-3.19	0.3254	120	0.2179	3869	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.19-3.28	0.2647	158	0.2162	3805	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.28-3.37	0.261	153	0.2197	3818	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.37-3.48	0.2687	140	0.2058	3795	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.48-3.61	0.2415	149	0.1812	3777	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.61-3.75	0.2322	148	0.1714	3796	X-RAY DIFFRACTION	98.82
3.75-3.92	0.2541	149	0.1579	3800	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.92-4.13	0.2245	135	0.1508	3811	X-RAY DIFFRACTION	98.09
4.13-4.39	0.2137	141	0.1571	3459	X-RAY DIFFRACTION	90.47
4.39-4.72	0.1824	143	0.1444	3772	X-RAY DIFFRACTION	98.29
4.72-5.2	0.2149	141	0.1565	3780	X-RAY DIFFRACTION	98.2
5.2-5.95	0.23	130	0.1838	3783	X-RAY DIFFRACTION	98.17
5.95-7.49	0.2298	143	0.1918	3753	X-RAY DIFFRACTION	97.67
7.5-60.51	0.1853	151	0.1753	3643	X-RAY DIFFRACTION	94.59

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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