PDB-8szq: Cat DHX9 bound to ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8szq

タイトル

Cat DHX9 bound to ADP

要素

RNA helicase

キーワード

HYDROLASE / DExH-box / ADP / RHA

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5' DNA/RNA helicase activity / DNA-templated transcription termination / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Felis catus (イエネコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.711 Å

データ登録者

Lee, Y.-T. / Sickmier, E.A. / Grigoriu, S. / Boriack-Sjodin, P.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of the DExH-box RNA helicase DHX9.
著者: Lee, Y.T. / Sickmier, E.A. / Grigoriu, S. / Castro, J. / Boriack-Sjodin, P.A.

履歴

登録	2023年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8szq.cif.gz	201.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8szq.ent.gz	147.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8szq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8szq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8szq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8szq_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	8szq_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8szpC 8szrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RNA helicase

ヘテロ分子

116 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.010, 86.010, 348.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	RNA helicase 分子量: 114605.445 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 151-1151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: DHX9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A337SGK2

-
非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8, 19% (w/v) PEG 4000; 5 mM ADP and 50 mM magnesium chloride in protein solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95364 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.71→48.17 Å / Num. obs: 36693 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 959448
反射シェル	解像度: 2.71→2.83 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 25.5 % / R_merge(I) obs: 1.519 / Num. measured all: 110071 / Num. unique obs: 4317 / CC_1/2: 0.791 / R_pim(I) all: 0.299 / R_rim(I) all: 1.549 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.711→48.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 13.515 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.632 / ESU R Free: 0.339 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2735	1822	4.966 %	RANDOM
R_work	0.2256	34868	-	-
all	0.228	-	-	-
obs	-	36690	99.712 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.814 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.814 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.627 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.711→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6831	0	88	94	7013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	7062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.708	1.649	9583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.252	1.563	15523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.384	5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.019	5	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.971	10	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.759	10	322
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3461
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.086	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.127	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.043	7.127	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.042	7.127	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.564	12.813	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.564	12.815	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.891	7.485	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.891	7.485	3622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.364	13.684	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.363	13.684	5288
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.228	66.369	7692
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.226	66.381	7687

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.711-2.781	0.397	124	0.337	2461	X-RAY DIFFRACTION	96.8528
2.781-2.857	0.379	133	0.311	2433	X-RAY DIFFRACTION	99.9221
2.857-2.94	0.328	132	0.298	2365	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.94-3.03	0.344	111	0.289	2346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.129	0.316	114	0.284	2263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.238	0.349	115	0.278	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.238-3.36	0.31	109	0.265	2120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.496	0.278	109	0.249	2035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.496-3.651	0.268	100	0.239	1972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.651-3.828	0.257	104	0.228	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.828-4.034	0.262	107	0.211	1775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.034-4.277	0.255	72	0.2	1738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.277-4.569	0.217	74	0.198	1631	X-RAY DIFFRACTION	100
4.569-4.932	0.208	92	0.178	1498	X-RAY DIFFRACTION	99.9371
4.932-5.397	0.285	66	0.206	1411	X-RAY DIFFRACTION	100
5.397-6.024	0.283	54	0.217	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
6.024-6.938	0.265	74	0.213	1131	X-RAY DIFFRACTION	100
6.938-8.454	0.212	54	0.171	995	X-RAY DIFFRACTION	100
8.454-11.776	0.24	52	0.156	792	X-RAY DIFFRACTION	100
11.776-48.17	0.335	26	0.291	524	X-RAY DIFFRACTION	99.8185

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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