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- PDB-8szp: Human DHX9 bound to ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8szp
タイトルHuman DHX9 bound to ADP
要素ATP-dependent RNA helicase A
キーワードHYDROLASE / DExH-box / RHA
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on a nucleic acid / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / CRD-mediated mRNA stability complex / regulatory region RNA binding / DNA-templated viral transcription / positive regulation of RNA export from nucleus / regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of viral transcription / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / triplex DNA binding ...catalytic activity, acting on a nucleic acid / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / CRD-mediated mRNA stability complex / regulatory region RNA binding / DNA-templated viral transcription / positive regulation of RNA export from nucleus / regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of viral transcription / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / triplex DNA binding / RISC complex binding / CRD-mediated mRNA stabilization / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / importin-alpha family protein binding / protein localization to cytoplasmic stress granule / perichromatin fibrils / positive regulation of interleukin-18 production / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / nuclear stress granule / 3'-5' RNA helicase activity / alternative mRNA splicing, via spliceosome / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC-loading complex / regulation of mRNA processing / regulation of defense response to virus by host / RISC complex assembly / positive regulation of response to cytokine stimulus / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / siRNA binding / positive regulation of cytoplasmic translation / RISC complex / sequence-specific mRNA binding / positive regulation of innate immune response / RNA polymerase binding / 3'-5' DNA helicase activity / cellular response to exogenous dsRNA / pyroptotic inflammatory response / RNA polymerase II complex binding / positive regulation of interferon-alpha production / DNA replication origin binding / mRNA transport / DNA helicase activity / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of interferon-beta production / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / transcription coregulator activity / promoter-specific chromatin binding / DNA-templated transcription termination / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PKR-mediated signaling / chromatin DNA binding / positive regulation of interleukin-6 production / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / RNA stem-loop binding / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of inflammatory response / osteoblast differentiation / positive regulation of tumor necrosis factor production / rhythmic process / actin cytoskeleton / single-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / ribosome binding / chromatin organization / protein-containing complex assembly / double-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / transcription coactivator activity / DNA replication / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / innate immune response / mRNA binding / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent RNA helicase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Lee, Y.-T. / Sickmier, E.A. / Grigoriu, S. / Boriack-Sjodin, P.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of the DExH-box RNA helicase DHX9.
著者: Lee, Y.T. / Sickmier, E.A. / Grigoriu, S. / Castro, J. / Boriack-Sjodin, P.A.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase A
B: ATP-dependent RNA helicase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,51530
ポリマ－228,6802
非ポリマー2,83528
水2,414134
1
A: ATP-dependent RNA helicase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,65013
ポリマ－114,3401
非ポリマー1,31012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,86517
ポリマ－114,3401
非ポリマー1,52416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.100, 122.260, 349.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase A / DEAH box protein 9 / DExH-box helicase 9 / Leukophysin / LKP / Nuclear DNA helicase II / NDH II / ...DEAH box protein 9 / DExH-box helicase 9 / Leukophysin / LKP / Nuclear DNA helicase II / NDH II / RNA helicase A


分子量: 114340.164 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 150-1150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX9, DDX9, LKP, NDH2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08211, RNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 162分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM Lithium sulfate, 100 mM MES pH 6, 20% (w/v) PEG 4000; 5 mM ADP and 50 mM magnesium chloride in protein solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→61.13 Å / Num. obs: 76541 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 21.8 / Num. measured all: 980269
反射 シェル解像度: 2.62→2.67 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.398 / Num. measured all: 63231 / Num. unique obs: 4516 / CC1/2: 0.815 / Rpim(I) all: 0.382 / Rrim(I) all: 1.45 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→59.621 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.266 / WRfactor Rwork: 0.212 / SU B: 13.739 / SU ML: 0.278 / Average fsc free: 0.9349 / Average fsc work: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.527 / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2736 3769 4.927 %RANDOM
Rwork0.2194 72729 --
all0.222 ---
obs-76498 99.552 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 87.946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.65 Å20 Å2-0 Å2
2---3.047 Å2-0 Å2
3----2.602 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→59.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13583 0 165 134 13882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01214044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01613484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8771.64819047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2961.56331070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12351712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.177595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.01252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.486102431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg12.62310634
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.22175
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0260.22
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22963
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.212727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.26851
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.27232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0470.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0670.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1090.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0810.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2518.7196857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2468.726857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.77815.6748560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.77815.6748561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0149.2487187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0149.2487188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.63116.85110485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.63116.8510486
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.92479.99915292
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.92580.0115282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.62-2.6880.3782830.34852670.34956040.9010.92199.03640.305
2.688-2.7610.3822570.34352140.34555120.8940.92799.25620.3
2.761-2.8410.3542530.30650700.30953640.9250.94299.23560.261
2.841-2.9290.3442550.30448340.30651210.9140.94299.37510.262
2.929-3.0240.3172420.28747390.28950060.9230.94899.50060.248
3.024-3.130.3082460.27745950.27948690.9330.95199.42490.239
3.13-3.2480.3462330.28144320.28446890.9190.9599.48820.251
3.248-3.380.3272560.27142640.27445400.930.95499.55950.247
3.38-3.530.3232260.24740930.25143320.9350.96299.69990.226
3.53-3.7020.2831780.24740010.24941890.9510.96399.76130.231
3.702-3.9010.2732090.2337090.23239310.9560.96799.66930.219
3.901-4.1370.2651690.20535750.20837510.9590.97599.81340.199
4.137-4.4210.2521810.19133570.19535450.9570.97799.80250.189
4.421-4.7730.2221430.17531590.17833060.9710.98199.8790.181
4.773-5.2250.2641660.18128700.18530390.9620.98199.90130.191
5.225-5.8360.3051250.21826480.22227770.9540.97699.8560.223
5.836-6.7280.2451280.20923410.21124700.9660.97899.95950.216
6.728-8.2140.212890.15620180.15821080.9740.98599.95260.176
8.214-11.5080.158760.13715880.13816650.9880.98999.93990.159
11.508-59.6210.341540.2659550.26910150.8860.93499.40890.288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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