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- PDB-8szo: Canavalia villosa lectin in complex with alpha-methyl-mannoside -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8szo
タイトルCanavalia villosa lectin in complex with alpha-methyl-mannoside
要素Canavalia villosa lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate binding protein / Plant lectin / beta-sandwich / pro-inflammatory / PLANT PROTEIN
機能・相同性methyl alpha-D-mannopyranoside / :
機能・相同性情報
生物種Canavalia villosa (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cavada, B.S. / Lossio, C.F. / Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J.S. / Oliveira, M.V. / Neco, A.H.B. / Nascimento, K.S.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel ブラジル
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2017
タイトル: Lectin from Canavalia villosa seeds: A glucose/mannose-specific protein and a new tool for inflammation studies.
著者: Lossio, C.F. / Moreira, C.G. / Amorim, R.M.F. / Nobre, C.S. / Silva, M.T.L. / Neto, C.C. / Pinto-Junior, V.R. / Silva, I.B. / Campos, J. / Assreuy, A.M.S. / Cavada, B.S. / Nascimento, K.S.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Canavalia villosa lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0675
ポリマ－25,6851
非ポリマー3814
水1,58588
1
A: Canavalia villosa lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia villosa lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia villosa lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia villosa lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,26720
ポリマ－102,7424
非ポリマー1,52516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area10130 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area33970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.490, 84.440, 89.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Canavalia villosa lectin


分子量: 25685.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The residues S117, N118, S119 and T120 in the coordinate sequence are located in a loop region of the tertiary structure and were not detected due to lack of electron density on this specific ...詳細: The residues S117, N118, S119 and T120 in the coordinate sequence are located in a loop region of the tertiary structure and were not detected due to lack of electron density on this specific region. This data deficiency is frequently observed in other ConA-like lectins structures solved by macromolecular crystallography. The sample sequence displays the full 237 amino acid of the protein.
由来: (天然) Canavalia villosa (マメ科)
#4: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: PEG1000, potassium citrate phosphate, lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→27.48 Å / Num. obs: 8301 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 40674
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Num. measured all: 5399 / Num. unique obs: 1200 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.224 / Rrim(I) all: 0.489 / Net I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→27.48 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 408 4.92 %
Rwork0.1813 --
obs0.1848 8295 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1784 0 21 88 1893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9982518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.951650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.640.29761200.22222604X-RAY DIFFRACTION100
2.64-3.60.2861390.20292602X-RAY DIFFRACTION100
3.6-27.480.2211490.15952681X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6292 Å / Origin y: 14.4776 Å / Origin z: 11.3444 Å
111213212223313233
T0.2167 Å2-0.0522 Å2-0.0287 Å2-0.2166 Å2-0.0575 Å2--0.2272 Å2
L1.0932 °2-0.4264 °20.3622 °2-1.4682 °2-0.1789 °2--0.9354 °2
S0.0087 Å °-0.0128 Å °0.033 Å °0.1654 Å °0.0568 Å °-0.1773 Å °-0.0992 Å °0.0416 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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