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- PDB-8szn: Crystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8szn
タイトルCrystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease in complex with phosphine oxide compound ACP6-12
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / ClpP / protease / antibiotic / proteostasis / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Houry, W.A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-148564 カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Design and Development of Phosphine Oxides as a Novel Chemotype for Antibiotics that Dysregulate Bacterial ClpP Proteases.
著者: Lin, F. / Mabanglo, M.F. / Zhou, J.L. / Binepal, G. / Barghash, M.M. / Wong, K.S. / Gray-Owen, S.D. / Batey, R.A. / Houry, W.A.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,25432
ポリマ－477,32921
非ポリマー6,92411
水8,683482
1
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子

V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,77326
ポリマ－318,22014
非ポリマー7,55412
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area57330 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area97130 Å2
手法PISA
2
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,36719
ポリマ－318,22014
非ポリマー3,1475
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55550 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area93940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.800, 357.780, 180.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11Z-420-

HOH

21Z-421-

HOH

31G-324-

HOH

41N-404-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ...
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22729.967 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: clpP, NMB1312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JZ38, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-X3O / 2-{bis[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]phosphoryl}-2-methyl-N-(2-{[2-(trifluoromethyl)phenyl]sulfanyl}ethyl)propanamide


分子量: 629.478 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21F9N3O2PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate; 40% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→48.85 Å / Num. obs: 209451 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 65.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1622 / Rpim(I) all: 0.04587 / Rrim(I) all: 0.1687 / Net I/σ(I): 11.03
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / Num. unique obs: 20763 / CC1/2: 0.123 / CC star: 0.467

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→48.85 Å / SU ML: 0.4427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.8356
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 10359 5 %
Rwork0.2218 196638 -
obs0.2248 206997 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30194 0 451 482 31127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008831087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.064141925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05494690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01345424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.924311745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.360.39472750.36735143X-RAY DIFFRACTION78.68
2.36-2.380.38653270.35245988X-RAY DIFFRACTION90.98
2.38-2.410.37243310.33056366X-RAY DIFFRACTION96.3
2.41-2.440.36853380.33296495X-RAY DIFFRACTION99.2
2.44-2.480.38643460.3316563X-RAY DIFFRACTION99.48
2.48-2.510.40013450.32576550X-RAY DIFFRACTION99.7
2.51-2.550.37253490.31616617X-RAY DIFFRACTION99.91
2.55-2.580.37313450.32136566X-RAY DIFFRACTION99.96
2.58-2.620.37893480.32296615X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.670.35383470.33486586X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.710.41043470.32126588X-RAY DIFFRACTION99.99
2.71-2.760.36393460.30656578X-RAY DIFFRACTION99.99
2.76-2.820.40483490.29316630X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.870.3373460.27366580X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.940.33413480.25266614X-RAY DIFFRACTION100
2.94-30.33623490.25356614X-RAY DIFFRACTION99.96
3-3.080.31263480.25126619X-RAY DIFFRACTION99.99
3.08-3.160.31343480.25916607X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.260.32213490.26426630X-RAY DIFFRACTION99.99
3.26-3.360.3213480.24926618X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.480.3233490.2426641X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.620.3033490.22036621X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.780.2833490.22266632X-RAY DIFFRACTION99.97
3.78-3.980.27683510.2056669X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.230.2483520.17826682X-RAY DIFFRACTION99.94
4.23-4.560.22783510.16736667X-RAY DIFFRACTION100
4.56-5.020.25033520.17666701X-RAY DIFFRACTION99.99
5.02-5.740.28323530.21466709X-RAY DIFFRACTION100
5.74-7.230.28533580.2146788X-RAY DIFFRACTION99.99
7.23-48.850.17943660.1746961X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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