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- PDB-8szd: Crystal structure of Yersinia pestis dihydrofolate reductase at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8szd
タイトルCrystal structure of Yersinia pestis dihydrofolate reductase at 1.25-A resolution
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHFR
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Shaw, G.X. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Ji, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Yersinia pestis dihydrofolate reductase at 1.25-A resolution
著者: Shaw, G.X. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Ji, X.
履歴
登録2023年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5895
ポリマ－18,3371
非ポリマー2524
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Yersinia pestis dihydrofolate reductase
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.257, 79.156, 64.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

CL

21A-204-

MG

31A-393-

HOH

41A-405-

HOH

51A-408-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18336.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: folA, tmrA, YPO0486 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N4BLI0, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月14日 / 詳細: Double crystal
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 40606 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.919 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 208976
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.25-1.2920.44729650.6860.9020.3410.5660.83570.4
1.29-1.352.70.46136320.7890.9390.2980.5530.89286.1
1.35-1.4140.43641580.8560.960.2350.4980.90898.1
1.41-1.485.60.32942130.9390.9840.1520.3630.982100
1.48-1.5760.20542400.9770.9940.0910.2250.934100
1.57-1.76.10.13442690.9880.9970.0590.1460.986100
1.7-1.876.10.08442460.9940.9990.0370.0931.00899.9
1.87-2.146.10.05743000.9970.9990.0250.0620.838100
2.14-2.696.10.04743060.9970.9990.0210.0510.87799.9
2.69-305.40.05242770.9910.9980.0260.0580.82895.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→27.29 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 2000 4.93 %Random selection
Rwork0.197 ---
obs0.1981 40578 94.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→27.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1275 0 12 138 1425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1692044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.588558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.32981000.31031939X-RAY DIFFRACTION68
1.28-1.320.34231190.28342288X-RAY DIFFRACTION79
1.32-1.360.33621350.28122586X-RAY DIFFRACTION90
1.36-1.40.30661460.27442830X-RAY DIFFRACTION98
1.4-1.450.25071480.23172854X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.510.25271500.21072884X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.580.21361480.20672869X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.660.24091520.20182915X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.760.19251490.19712871X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.90.22071490.19362899X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.090.20931500.1842902X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.390.20341520.18612923X-RAY DIFFRACTION100
2.39-3.010.22681530.19522947X-RAY DIFFRACTION100
3.02-27.290.19981490.18042871X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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