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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8szd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Yersinia pestis dihydrofolate reductase at 1.25-A resolution | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DHFR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Shaw, G.X. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Ji, X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Yersinia pestis dihydrofolate reductase at 1.25-A resolution 著者: Shaw, G.X. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Ji, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8szd.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8szd.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8szd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8szd_validation.pdf.gz | 437.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8szd_full_validation.pdf.gz | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8szd_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8szd_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18336.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: folA, tmrA, YPO0486 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N4BLI0, dihydrofolate reductase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月14日 / 詳細: Double crystal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 40606 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.919 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 208976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→27.29 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→27.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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