PDB-8sz6: PmHMGR bound to mevaldehyde and CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sz6

タイトル

PmHMGR bound to mevaldehyde and CoA

要素

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Non-Rossmann fold / Homodimer / Reductase / HMG-CoA / STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. 'mevalonii' (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Purohit, V. / Stauffacher, C.V. / Steussy, C.N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: pH-dependent reaction triggering in PmHMGR crystals for time-resolved crystallography.
著者: Purohit, V. / Steussy, C.N. / Rosales, A.R. / Critchelow, C.J. / Schmidt, T. / Helquist, P. / Wiest, O. / Mesecar, A. / Cohen, A.E. / Stauffacher, C.V.

履歴

登録	2023年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sz6.cif.gz	331.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sz6.ent.gz	267.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8sz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8sz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gdnC 8vlqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

ヘテロ分子

92.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Electron density supports homodimerization of the enzyme monomer and binding of mentioned ligands.

単位格子

Length a, b, c (Å)	225.939, 225.939, 225.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-713- HOH
2	1	A-906- HOH
3	1	A-976- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase 分子量: 45641.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. 'mevalonii' (バクテリア) 遺伝子: mvaA / プラスミド: pKK-RED 詳細 (発現宿主): Contained the mva operon in the expression vector pKK177-3 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P13702, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase
#2: 化合物	ChemComp-ZKE / Mevaldyl-Coenzyme A / (3R,5R,9R,19R,21S)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9,19,21-pentahydroxy-8,8,21-trimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-18-thia-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphatricosan-23-oic acid (non-preferred name) 分子量: 913.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₇O₂₀P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-XII / (3R)-3,5,5-trihydroxy-3-methylpentanoic acid 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid and 10 % glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97943 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月22日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97943 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→28.69 Å / Num. obs: 116429 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.9 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 1.056 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.71	7.8	0.43	11502	0.919	0.979	0.163	0.46	0.867	100
1.71-1.78	8.2	0.296	11567	0.963	0.991	0.109	0.316	0.81	100
1.78-1.86	8.6	0.19	11536	0.983	0.996	0.068	0.202	0.799	100
1.86-1.96	9	0.135	11541	0.989	0.997	0.047	0.143	0.883	100
1.96-2.08	9.5	0.087	11548	0.995	0.999	0.03	0.092	0.873	100
2.08-2.24	9.6	0.062	11602	0.997	0.999	0.021	0.065	0.98	100
2.24-2.46	9.6	0.047	11634	0.998	1	0.016	0.049	0.984	100
2.46-2.82	9.6	0.038	11684	0.998	1	0.013	0.04	1.126	100
2.82-3.55	9.5	0.034	11791	0.999	1	0.012	0.036	1.333	100
3.55-28.69	8.9	0.028	12024	0.997	0.999	0.01	0.029	1.81	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→28.69 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	5843	5.02 %
R_work	0.1511	-	-
obs	0.1523	116309	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5594	0	89	776	6459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	5894
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.449	8050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.975	2149
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	946
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2206	176	0.1878	3662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2024	180	0.1716	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.71	0.203	206	0.1688	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.73	0.2292	183	0.1643	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.75	0.1817	184	0.1593	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2199	183	0.1569	3657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.8	0.2021	201	0.1558	3633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.1873	208	0.1529	3628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2149	227	0.1583	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.1905	184	0.1637	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.1906	189	0.1589	3705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2151	166	0.1555	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.2143	186	0.1499	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.1651	202	0.1479	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.1743	203	0.1471	3645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.1607	179	0.153	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.1522	201	0.1455	3670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.1843	202	0.1471	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.1736	198	0.1568	3687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.38	0.1846	211	0.1515	3650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.1778	190	0.1535	3698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.56	0.1888	213	0.1542	3674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.68	0.1862	179	0.1609	3711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.82	0.1742	216	0.1549	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3	0.159	207	0.1527	3699	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.23	0.1811	184	0.1615	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.55	0.1698	189	0.1448	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.06	0.1515	212	0.1349	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-5.12	0.1386	189	0.1261	3786	X-RAY DIFFRACTION	99
5.12-28.69	0.1735	195	0.1708	3872	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 89.6256 Å / Origin y: 129.0348 Å / Origin z: 120.1406 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1269 Å²	0.0393 Å²	0.0162 Å²	-	0.1349 Å²	0.0072 Å²	-	-	0.1466 Å²
L	0.3704 °²	-0.0402 °²	-0.0986 °²	-	0.4131 °²	0.141 °²	-	-	0.4983 °²
S	0.0101 Å °	0.0336 Å °	0.0286 Å °	-0.0464 Å °	-0.0231 Å °	0.0176 Å °	-0.0383 Å °	-0.0318 Å °	0.0106 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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