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- PDB-8sz3: Structure of human beta 1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sz3
タイトルStructure of human beta 1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 with compound 7j
要素N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / acetylglucosaminyltransferase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate proteoglycan biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / N-acetyl-beta-D-glucosaminide beta-(1,3)-galactosyltransferase activity / Keratan sulfate biosynthesis / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance ...N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate proteoglycan biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / N-acetyl-beta-D-glucosaminide beta-(1,3)-galactosyltransferase activity / Keratan sulfate biosynthesis / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / sensory perception of smell / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 31 / Galactosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X18 / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Sudom, A. / Min, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Imidazolone as an Amide Bioisostere in the Development of beta-1,3- N -Acetylglucosaminyltransferase 2 (B3GNT2) Inhibitors.
著者: Jackson, J.J. / Siegmund, A.C. / Bai, W.J. / Reed, A.B. / Birkholz, A.B. / Campuzano, I.D.G. / Crequer-Grandhomme, A. / Hu, R. / Modak, R.V. / Sudom, A. / Javier, N. / Sanders, C. / Lo, M.C. ...著者: Jackson, J.J. / Siegmund, A.C. / Bai, W.J. / Reed, A.B. / Birkholz, A.B. / Campuzano, I.D.G. / Crequer-Grandhomme, A. / Hu, R. / Modak, R.V. / Sudom, A. / Javier, N. / Sanders, C. / Lo, M.C. / Xie, F. / Cee, V.J. / Manzanillo, P. / Allen, J.G.
履歴
登録2023年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,88410
ポリマ－92,1722
非ポリマー2,7128
水1,20767
1
A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子

B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,88410
ポリマ－92,1722
非ポリマー2,7128
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5140 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.375, 76.405, 128.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / BGnT-1 / 3-Gn-T1 / Beta3Gn-T1 / 3- ...Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / BGnT-1 / 3-Gn-T1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / 3-GalTase 7 / Beta3Gal-T7 / Beta3GalT7 / b3Gal-T7 / Beta-3-Gx-T7 / UDP-Gal:beta-GlcNAc beta-1 / UDP-GlcNAc:betaGal beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / BGnT-2 / 3-Gn-T2 / Beta3Gn-T2 / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1


分子量: 46085.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GNT2, B3GALT7, B3GNT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NY97, N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-X18 / N-[(1S)-1-(5-bromopyridin-2-yl)ethyl]-3-[(2R)-3,3-dimethylbutan-2-yl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazole-5-carboxamide


分子量: 445.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25BrN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0, 0.2 M Sodium Acetate, 17% PEG 4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→29.14 Å / Num. obs: 33310 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3035 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 0.557 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JHK

7jhk


解像度: 2.32→29.14 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.2015
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 1619 4.88 %
Rwork0.2614 31545 -
obs0.2627 33164 97.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5307 0 176 67 5550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00355628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72737624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2495754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.380.44841150.37522440X-RAY DIFFRACTION91.02
2.38-2.460.38181350.36082640X-RAY DIFFRACTION99.14
2.46-2.550.34081230.3212676X-RAY DIFFRACTION99.18
2.55-2.650.3421430.32952629X-RAY DIFFRACTION99.39
2.65-2.770.33911380.32692634X-RAY DIFFRACTION98.65
2.77-2.920.3561500.32412632X-RAY DIFFRACTION99.18
2.92-3.10.35891250.29322686X-RAY DIFFRACTION99.43
3.1-3.340.29431440.2782638X-RAY DIFFRACTION99.18
3.34-3.680.28611520.26572598X-RAY DIFFRACTION97.48
3.68-4.210.23261210.22522610X-RAY DIFFRACTION96.74
4.21-5.290.26121280.19852669X-RAY DIFFRACTION98.17
5.29-29.140.21971450.21512693X-RAY DIFFRACTION97.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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