PDB-8syj: Structure of apurinic/apyrimidinic DNA lyase TK0353 from Thermoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8syj

タイトル

Structure of apurinic/apyrimidinic DNA lyase TK0353 from Thermococcus kodakarensis (Iodide crystal form)

要素

TK0353

キーワード

LYASE / apurinic/apyrimidinic DNA lyase DNA binding protein

機能・相同性

IODIDE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Eckenroth, B.E. / Gardner, A.F. / Doublie, S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Thermococcus kodakarensis TK0353 is a novel AP lyase with a new fold.
著者: Caffrey, P.J. / Eckenroth, B.E. / Burkhart, B.W. / Zatopek, K.M. / McClung, C.M. / Santangelo, T.J. / Doublie, S. / Gardner, A.F.

履歴

登録	2023年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8syj.ent.gz	230 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8syj_validation.pdf.gz	496.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8syj_full_validation.pdf.gz	510.6 KB	表示
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CIF形式データ	8syj_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/8syj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/8syj	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TK0353

B: TK0353

C: TK0353

D: TK0353

ヘテロ分子

86.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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4

D: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.554, 89.116, 128.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 4 or (resid 5...
d_2	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 39 or resid 41...
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 1 through 36 or (resid 37...
d_2	ens_2	(chain "C" and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	2 - 39	2 - 39
d_1	2	ens_1	TYR	TYR	SER	SER	A	A	41 - 49	41 - 49
d_1	3	ens_1	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	51 - 57	51 - 57
d_1	4	ens_1	THR	THR	ASN	ASN	A	A	59 - 77	59 - 77
d_1	5	ens_1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	79 - 124	79 - 124
d_1	6	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	A	A	126 - 167	126 - 167
d_1	7	ens_1	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	169	169
d_2	1	ens_1	TYR	TYR	LEU	LEU	D	D	2 - 39	2 - 39
d_2	2	ens_1	TYR	TYR	SER	SER	D	D	41 - 49	41 - 49
d_2	3	ens_1	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	51 - 57	51 - 57
d_2	4	ens_1	THR	THR	ASN	ASN	D	D	59 - 77	59 - 77
d_2	5	ens_1	VAL	VAL	ALA	ALA	D	D	79 - 124	79 - 124
d_2	6	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	126 - 167	126 - 167
d_2	7	ens_1	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	169	169
d_1	1	ens_2	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 39	1 - 39
d_1	2	ens_2	TYR	TYR	ASN	ASN	B	B	41 - 77	41 - 77
d_1	3	ens_2	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	79 - 165	79 - 165
d_2	1	ens_2	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 39	1 - 39
d_2	2	ens_2	TYR	TYR	ASN	ASN	C	C	41 - 77	41 - 77
d_2	3	ens_2	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	79 - 165	79 - 165

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.232097621803, -0.750721033615, -0.618505152477), (0.970060325612, 0.131900012253, 0.203924867146), (-0.0715098498532, -0.647317786296, 0.758858369473)	-45.2101485676, 74.6468310319, 2.20623681322
2	given	(0.205231197001, -0.761701479784, -0.614565709645), (-0.973885358094, -0.0966417322116, -0.205445089707), (0.0970951341061, 0.640680287889, -0.761643816783)	-46.5328081055, -75.3098849246, -6.4324672629

#1: タンパク質	TK0353 分子量: 19643.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: TK0353 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JCX2
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.5 M ammonium sulfate cryoprotected by inclusion of 1.5 M lithium sulfate and soaked in the presence of 0.1 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.28 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 70908 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 42.98 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / R_merge(I) obs: 1.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6310 / CC_1/2: 0.809 / R_pim(I) all: 0.561

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS	2.2.5	データ削減
DIALS	2.2.5	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→38.49 Å / SU ML: 0.3527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4735
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	7072	9.97 %
R_work	0.2253	63836	-
obs	0.2288	70908	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5151	0	151	150	5452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	5414
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9039	7325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0534	805
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3491	2035

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.460538417356
ens_2	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.62293233735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3939	261	0.3776	2025	X-RAY DIFFRACTION	95.69
2.23-2.25	0.3306	180	0.3575	2116	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.25-2.28	0.3934	269	0.3276	2169	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.28-2.31	0.3592	229	0.3202	2092	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.31-2.34	0.4033	246	0.3217	2163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.3417	252	0.3003	2081	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.37-2.41	0.3238	229	0.2998	2140	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.41-2.44	0.3282	230	0.2932	2162	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.44-2.48	0.3191	217	0.2955	2126	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.48-2.52	0.3303	259	0.2867	2086	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.52-2.56	0.3209	207	0.2803	2158	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.56-2.61	0.2871	247	0.2933	2122	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.61-2.66	0.3462	240	0.2814	2116	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.66-2.71	0.3617	248	0.2853	2146	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.71-2.77	0.3523	205	0.2891	2162	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.77-2.84	0.3439	227	0.2786	2108	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.84-2.91	0.3043	259	0.2686	2139	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.91-2.99	0.2744	233	0.2452	2121	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.99-3.08	0.2651	222	0.2434	2149	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.08-3.17	0.2837	245	0.2279	2155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.29	0.2981	239	0.2332	2122	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.42	0.2225	227	0.2277	2146	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.42-3.57	0.2578	245	0.2047	2126	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.58-3.76	0.2219	259	0.1767	2108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4	0.2254	197	0.1703	2183	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.31	0.1804	267	0.1593	2087	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.31-4.74	0.2031	217	0.1572	2160	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.74-5.42	0.2098	256	0.1814	2107	X-RAY DIFFRACTION	99.66
5.42-6.82	0.225	225	0.2299	2140	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.83-38.49	0.247	235	0.2241	2121	X-RAY DIFFRACTION	99.24

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.68301480971	-0.14866408071	-0.546276970067	4.40513569656	-1.57806740005	2.65002076283	0.121377020761	0.124479258032	-0.34839702618	-0.423277773455	0.131616074317	0.0693921659277	0.147319126002	0.286938807367	-1.24881277196E-5	0.324477949323	0.0677266770472	-0.0982970396358	0.347445064794	-0.143568360438	0.436064740574	-60.921593274	-18.0217733489	-45.3923950915
2	0.304375280339	0.0594843125238	-0.0262255383328	0.0181470051138	0.0407823686856	0.252156340068	0.423775755184	-0.171535178512	-0.244948946139	-0.0206915468551	-0.117231805924	-0.174244112747	-0.275832903741	0.159703273561	0.000270633583397	0.31491481103	-0.0384034119253	-0.0104219543747	0.344062915505	0.00719056288964	0.402982931002	-51.4272405638	-6.24047164747	-27.4385519899
3	2.86222411632	0.0156194869271	0.234309536475	2.30790830897	2.36433640496	3.13757879957	0.0626078547565	-0.440707374581	-0.290622638316	0.0268497276537	0.288647807091	0.19648854618	-0.424576881614	-0.485625575528	0.0206408952896	0.267037280812	0.0251595882716	0.00422993009794	0.401111991432	0.0276743236166	0.329053900429	-63.5647504807	-4.55976951294	-30.0993486925
4	3.68607752503	0.177807791113	0.35251960213	1.13776436275	-0.454181683185	0.246634937667	0.409709393529	-0.866906087475	0.497064072587	-0.455694813268	-0.304201949342	-0.250115223147	-0.51202903564	-0.391854012182	-0.110514548042	0.52431156576	0.188786837794	-0.028646282762	0.666678063879	-0.22352727794	0.432442628552	-58.7986876807	0.518542576743	-18.3369923193
5	3.31632445289	-1.50139429903	0.0723509520585	3.25880602928	0.955987405848	2.54887525695	-0.157599360827	0.2237733331	0.173470728389	0.00240577449171	0.0243786727327	-0.246220329568	-0.233491651495	0.645375634664	-0.00446274509762	0.405610318342	-0.164684380476	0.00567894973078	0.347329218327	-0.039011622897	0.335146949632	-18.1701221635	3.9227796087	-16.8247325357
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 82 )	A	A	1 - 82	1 - 82
2	2	chain 'A' and (resid 83 through 96 )	A	A	83 - 96	83 - 96
3	3	chain 'A' and (resid 97 through 151 )	A	A	97 - 151	97 - 151
4	4	chain 'A' and (resid 152 through 169 )	A	A	152 - 169	152 - 169
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 82 )	B	B	1 - 82	1 - 82
6	6	chain 'B' and (resid 83 through 96 )	B	B	83 - 96	83 - 96
7	7	chain 'B' and (resid 97 through 151 )	B	B	97 - 151	97 - 151
8	8	chain 'B' and (resid 152 through 165 )	B	B	152 - 165	152 - 165
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 82 )	C	C	1 - 82	1 - 82
10	10	chain 'C' and (resid 83 through 96 )	C	C	83 - 96	83 - 96
11	11	chain 'C' and (resid 97 through 151 )	C	C	97 - 151	97 - 151
12	12	chain 'C' and (resid 152 through 165 )	C	C	152 - 165	152 - 165
13	13	chain 'D' and (resid 1 through 82 )	D	D	1 - 82	1 - 82
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16	16	chain 'D' and (resid 152 through 169 )	D	D	152 - 169	152 - 169

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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