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- PDB-8sxm: NMR structure of the ZNF750 zinc finger domain, Z* -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sxm
タイトルNMR structure of the ZNF750 zinc finger domain, Z*
要素Zinc finger protein 750
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / degenerate zinc finger / ZNF750 / ZN750 / nuclear transcription factor / protein structure evolution / somatic cancer mutations / psoriasis / skin differentiation / DNA-binding motif / CCHC zinc finger / antiparallel bba motif / protein folding / protein structure prediction / seborrhea-like dermatosis with non-arthritic psoriasiform elements / SLDP
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane biogenesis / positive regulation of ceramide biosynthetic process / Generic Transcription Pathway / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / epidermis development / establishment of skin barrier / promoter-specific chromatin binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation ...membrane biogenesis / positive regulation of ceramide biosynthetic process / Generic Transcription Pathway / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / epidermis development / establishment of skin barrier / promoter-specific chromatin binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger protein 750-like, zinc finger / Zinc finger protein 750 / Zinc-finger
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 750
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rua, A.J. / Alexandrescu, A.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2023
タイトル: NMR structure verifies the eponymous zinc finger domain of transcription factor ZNF750.
著者: Rua, A.J. / Whitehead 3rd, R.D. / Alexandrescu, A.T.
履歴
登録2023年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 750
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3802
ポリマ－3,3151
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, Actually the experiments to show ZN2+ binding included an NMR titration to demonstrate folding in the presence of Zn2+, a CD titration used to determine the Kd for ...根拠: NMR Distance Restraints, Actually the experiments to show ZN2+ binding included an NMR titration to demonstrate folding in the presence of Zn2+, a CD titration used to determine the Kd for Zn2+, and mutagenesis to rule out alternative Zn2+ ligands in the polypeptide sequence. None of these were options in the pull-down menus above.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein 750


分子量: 3314.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q32MQ0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
181isotropic12D 1H-15N sofastHMQC
252isotropic12D 1H-13C HSQC
262isotropic12D 1H-1H NOESY
292isotropic12D DQF-COSY
2102isotropic12D ECOSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.9 mM Z*, 2.9 mM ZnSO4, 10 mM NaPO4, 90% H2O/10% D2OZ* H2O90% H2O/10% D2O
solution23.8 mM Z*, 4.8 mM ZnSO4, 20 mM NaPO4, 100% D2OZ* D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.9 mMZ*natural abundance1
2.9 mMZnSO4natural abundance1
3.8 mMZ*natural abundance2
4.8 mMZnSO4natural abundance2
10 mMNaPO4natural abundance1
20 mMNaPO4natural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
110 mMZ* H2O5.91 atm288 K
220 mMZ* D2O5.91 atm288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: TCI cryogenic probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
CcpNmr Analysis2.5.2Vranken, W. F., Boucher, W., Stevens, T. J., Fogh, R. H., Pajon, A., Llinas, M., Ulrich, E. L., Markley, J. L., Ionides, J., and Laue, E. D. (2005) The CCPN data model for NMR spectroscopy: development of a software pipeline. Proteins 59, 687-696peak picking
CcpNmr Analysis2.5.2Vranken, W. F., Boucher, W., Stevens, T. J., Fogh, R. H., Pajon, A., Llinas, M., Ulrich, E. L., Markley, J. L., Ionides, J., and Laue, E. D. (2005) The CCPN data model for NMR spectroscopy: development of a software pipeline. Proteins 59, 687-696chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, C. D., Kuszewski, J. J., Tjandra, N., and Clore, G. M. (2003) The Xplor-NIH NMR molecular structure determination package. J Magn Reson 160, 65-73structure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
詳細: Structures are based on 330 NOE restraints, 12 (x2) hydrogen bonds, 4 restraints to the zinc ion, and 60 dihedral angles.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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