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万見
- PDB-8sx7: Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sx7
タイトルBovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in MSP lipid nanodisc
要素Multidrug resistance-associated protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / multidrug resistance-associated protein / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet degranulation / Paracetamol ADME / Azathioprine ADME / ABC-family proteins mediated transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP-binding cassette sub-family C member 4 / : / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ATP-binding cassette sub-family C member 4 / : / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / ATP binding cassette subfamily C member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pourmal, S. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM24485 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of prostaglandin efflux by MRP4.
著者: Sergei Pourmal / Evan Green / Ruchika Bajaj / Ilan E Chemmama / Giselle M Knudsen / Meghna Gupta / Andrej Sali / Yifan Cheng / Charles S Craik / Deanna L Kroetz / Robert M Stroud /
要旨: Multidrug resistance protein 4 (MRP4) is a broadly expressed ATP-binding cassette transporter that is unique among the MRP subfamily for transporting prostanoids, a group of signaling molecules ...Multidrug resistance protein 4 (MRP4) is a broadly expressed ATP-binding cassette transporter that is unique among the MRP subfamily for transporting prostanoids, a group of signaling molecules derived from unsaturated fatty acids. To better understand the basis of the substrate selectivity of MRP4, we used cryogenic-electron microscopy to determine six structures of nanodisc-reconstituted MRP4 at various stages throughout its transport cycle. Substrate-bound structures of MRP4 in complex with PGE, PGE and the sulfonated-sterol DHEA-S reveal a common binding site that accommodates a diverse set of organic anions and suggest an allosteric mechanism for substrate-induced enhancement of MRP4 ATPase activity. Our structure of a catalytically compromised MRP4 mutant bound to ATP-Mg is outward-occluded, a conformation previously unobserved in the MRP subfamily and consistent with an alternating-access transport mechanism. Our study provides insights into the endogenous function of this versatile efflux transporter and establishes a basis for MRP4-targeted drug design.
履歴
登録2023年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / em_author_list
Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance-associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,9562
ポリマ－149,5871
非ポリマー3681
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance-associated protein 4


分子量: 149587.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LOC515333
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: F1MUC1
#2: 化合物 ChemComp-ZWY / 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / Dehydroepiandrosterone sulfate / DHEA sulfate / DHEA-S


分子量: 368.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in MSP lipid nanodisc
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 200 uM DHEA-S, 2% DMSO
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Multidrug resistance-associated protein (MRP4) in MSP lipid nanodisc
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6875
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM3.8画像取得Stable
4cryoSPARC3.2CTF補正
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5330431
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 360511 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049725
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67513190
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.4613547
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491523
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061642

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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