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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sx0 | ||||||
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タイトル | Bordetella filamentous hemagglutinin (FhaB) C-terminal domain | ||||||
![]() | Filamentous hemagglutinin | ||||||
![]() | TOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Costello, M.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bordetella filamentous hemagglutinin (FhaB) C-terminal domain 著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Costello, M.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 417.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12771.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M phosphate citrate pH 5, 26.5% PEG 8000, 0.2 M NaCl Temp details: cold room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月28日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | Entry-ID: 8SX0 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.99 / Diffraction-ID: 1
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反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 962 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.501 / Rrim(I) all: 0.952 / Χ2: 0.98 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→39.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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