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- PDB-8sw6: Protein Phosphatase 1 in complex with PP1-specific Phosphatase ta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sw6
タイトルProtein Phosphatase 1 in complex with PP1-specific Phosphatase targeting peptide (PhosTAP) version 3
要素
  • PP1-specific Phosphatase-Targeting Peptide version 3
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Phosphatase-targeting peptide / complex / phosphatase regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / branching morphogenesis of an epithelial tube ...regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / dephosphorylation / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / transition metal ion binding / ribonucleoprotein complex binding / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / lung development / response to lead ion / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Circadian Clock / presynapse / perikaryon / dendritic spine / iron ion binding / cell division / glutamatergic synapse / nucleolus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Choy, M.S. / Peti, W. / Page, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Protein Phosphatase 1 specific phosphatase targeting peptide (PhosTAP) to identify the PP1 phosphatome
著者: Choy, M.S. / Nguyen, H.T. / Kettenbach, A.N. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2023年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: PP1-specific Phosphatase-Targeting Peptide version 3
D: PP1-specific Phosphatase-Targeting Peptide version 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,70914
ポリマ－79,0954
非ポリマー61410
水9,548530
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: PP1-specific Phosphatase-Targeting Peptide version 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9208
ポリマ－39,5472
非ポリマー3736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: PP1-specific Phosphatase-Targeting Peptide version 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7896
ポリマ－39,5472
非ポリマー2414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.004, 92.004, 199.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A


分子量: 34162.148 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 7-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド PP1-specific Phosphatase-Targeting Peptide version 3


分子量: 5385.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 540分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.1 M lithium sulfate, 30% w/v polyvinylpyrrolidone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→39.59 Å / Num. obs: 85929 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 16.4 % / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 21.9 / Num. measured all: 1407248
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 1.254 / Num. measured all: 69627 / Num. unique obs: 4425 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.358 / Rrim(I) all: 1.315 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→39.59 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 1659 2.05 %
Rwork0.1746 --
obs0.1753 80817 93.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 22 530 5666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9517144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7291961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058759
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.810.34441130.29245405X-RAY DIFFRACTION78
1.81-1.870.28671160.265481X-RAY DIFFRACTION79
1.87-1.930.25551180.22565457X-RAY DIFFRACTION79
1.93-2.010.27721420.20296805X-RAY DIFFRACTION98
2.01-2.10.26691440.19936902X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.210.21761440.19246882X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.350.23041410.19446810X-RAY DIFFRACTION98
2.35-2.530.2161470.1896956X-RAY DIFFRACTION99
2.53-2.790.20761460.18747015X-RAY DIFFRACTION99
2.79-3.190.22341450.18236929X-RAY DIFFRACTION98
3.19-4.020.18971490.15857148X-RAY DIFFRACTION100
4.02-39.590.17021540.14357368X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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