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- PDB-8svz: Structure of the Francisella response regulator KdpE receiver domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8svz
タイトルStructure of the Francisella response regulator KdpE receiver domain
要素Two-component response regulator
キーワードTRANSCRIPTION / response regulator / transcription regulator / two-component system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Milton, M.E. / Cavanagh, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Insights into DNA-binding motifs and mechanisms of Francisella tularensis novicida two-component system response regulator proteins QseB, KdpE, and BfpR.
著者: Gaddy, K.E. / Bensch, E.M. / Cavanagh, J. / Milton, M.E.
履歴
登録2023年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component response regulator
B: Two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1966
ポリマ－29,0152
非ポリマー1814
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.708, 134.708, 123.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 1 through 119)
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 1 - 119 / Label seq-ID: 4 - 122

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.757745159909, -0.45641966837, -0.466372553823), (0.473492326676, 0.107222445667, -0.874247312678), (0.449029274338, -0.883280495353, 0.13486392148)ベクター: 55. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.757745159909, -0.45641966837, -0.466372553823), (0.473492326676, 0.107222445667, -0.874247312678), (0.449029274338, -0.883280495353, 0.13486392148)
ベクター: 55.8032024248, -18.2063637538, -27.6766665519)

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要素

#1: タンパク質 Two-component response regulator


分子量: 14507.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
株: U112 / 遺伝子: kdpE, FTN_1714, AW25_274 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0Q8K6
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 12% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→50 Å / Num. obs: 10007 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 168.95 Å2 / CC1/2: 0.961 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.193 / Rsym value: 0.184 / Net I/σ(I): 24.825
反射 シェル解像度: 3.34→3.4 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.326 / Num. unique obs: 487 / CC1/2: 0.12 / CC star: 0.463 / Rpim(I) all: 2.345 / Rrim(I) all: 7.345 / Rsym value: 6.945 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000720データ削減
HKL-2000720データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→45.44 Å / SU ML: 0.6225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.3127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 991 10 %
Rwork0.2279 8916 -
obs0.2301 9907 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 180.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→45.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 10 14 1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00281922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61472603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0483308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0152335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2472253
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.939870704182 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.35-3.520.46121330.44181191X-RAY DIFFRACTION94.71
3.52-3.740.38421380.31321245X-RAY DIFFRACTION99.78
3.74-4.030.28991380.29941239X-RAY DIFFRACTION99.64
4.03-4.440.27321400.2221269X-RAY DIFFRACTION99.93
4.44-5.080.23151430.20081280X-RAY DIFFRACTION99.86
5.08-6.40.28311450.27071299X-RAY DIFFRACTION99.93
6.4-45.440.21431540.19551393X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.5120834089 Å / Origin y: -28.0292273425 Å / Origin z: 21.390693447 Å
111213212223313233
T1.28279602613 Å2-0.0788727610586 Å2-0.101074112826 Å2-1.09938433536 Å20.161335332527 Å2--1.0035913853 Å2
L2.76196954429 °2-0.287212470021 °2-0.158399916548 °2-5.16962711906 °22.4797529558 °2--2.89229716818 °2
S-0.0833556921285 Å °0.0853072061207 Å °0.42362245025 Å °-0.712602887125 Å °0.0103290682815 Å °-0.217507863729 Å °-0.561200295546 Å °-0.0214133907597 Å °0.070583302357 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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