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- PDB-8svd: Structure of M. baixiangningiae DarR-DNA complex reveals novel di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8svd
タイトルStructure of M. baixiangningiae DarR-DNA complex reveals novel dimer-of-dimers DNA binding
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
  • DarR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DarR / repressor / transcription / TFR / TetR / QacR / dimer-of-dimers DNA binding / Mycobacteria / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium baixiangningiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM130290 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of the DarR transcription regulator reveal unique modes of second messenger and DNA binding.
著者: Schumacher, M.A. / Lent, N. / Chen, V.B. / Salinas, R.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DarR
F: DarR
G: DarR
T: DarR
D: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
E: DarR
I: DarR
J: DarR
K: DarR
M: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
Q: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,03912
ポリマ－212,03912
非ポリマー00
水00
1
A: DarR
F: DarR
G: DarR
T: DarR
D: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0206
ポリマ－106,0206
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13480 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area40310 Å2
手法PISA
2
E: DarR
I: DarR
J: DarR
K: DarR
M: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
Q: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0206
ポリマ－106,0206
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12400 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area40920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.034, 155.758, 117.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DarR


分子量: 23438.436 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium baixiangningiae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium baixiangningiae (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 0.2 M magnesium chloride and 13% PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→47.45 Å / Num. obs: 30500 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.49→3.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2100 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.253 / Rsym value: 0.402

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.49→47.45 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2844 1998 6.55 %
Rwork0.2669 --
obs0.268 30500 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→47.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11829 1575 0 0 13404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.9035021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.49-3.580.40791480.38352098X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.670.38181400.35772014X-RAY DIFFRACTION99
3.67-3.780.371460.34642080X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.90.35171430.33482027X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.040.36541440.30082054X-RAY DIFFRACTION99
4.04-4.210.33141440.30392053X-RAY DIFFRACTION99
4.21-4.40.35121430.29382030X-RAY DIFFRACTION99
4.4-4.630.28991430.27522046X-RAY DIFFRACTION99
4.63-4.920.29581430.27322037X-RAY DIFFRACTION98
4.92-5.30.2751430.27022035X-RAY DIFFRACTION98
5.3-5.830.29211400.28852011X-RAY DIFFRACTION98
5.83-6.670.30291410.28962023X-RAY DIFFRACTION97
6.67-8.40.26061390.261990X-RAY DIFFRACTION95
8-100.19361410.18062004X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.4047 Å / Origin y: -8.8571 Å / Origin z: -23.3393 Å
111213212223313233
T1.3128 Å2-0.0201 Å2-0.0181 Å2-0.6323 Å20.0354 Å2--0.749 Å2
L0.1959 °2-0.18 °2-0.2327 °2-0.5659 °20.0533 °2--1.6897 °2
S-0.1277 Å °-0.0733 Å °0.0019 Å °0.5816 Å °0.0993 Å °-0.0302 Å °-0.1399 Å °-0.158 Å °0.0448 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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