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- PDB-8sva: Structure of the Rhodococcus sp. USK13 DarR-20 bp DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sva
タイトルStructure of the Rhodococcus sp. USK13 DarR-20 bp DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
  • TetR/AcrR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription / repressor / DarR / M. smegmatis / TetR / TFR / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / TetR/AcrR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. USK13 (バクテリア)
Rhodococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM130290 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of the DarR transcription regulator reveal unique modes of second messenger and DNA binding.
著者: Schumacher, M.A. / Lent, N. / Chen, V.B. / Salinas, R.
履歴
登録2023年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.22023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR/AcrR family transcriptional regulator
F: TetR/AcrR family transcriptional regulator
G: TetR/AcrR family transcriptional regulator
T: TetR/AcrR family transcriptional regulator
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3527
ポリマ－107,2576
非ポリマー951
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area39590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.894, 128.894, 113.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量: 23747.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 100% match to NCBI Reference Sequence: WP_213575646.1
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. USK13 (バクテリア)
遺伝子: C5613_22450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S8J6Y8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rhodococcus (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Entity 1 TetR/AcrR family transcriptional regulator is a 100% match to NCBI Reference Sequence: WP_213575646.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 8000 and 0.1 M Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→42.19 Å / Num. obs: 22523 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.96→3.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1477 / CC1/2: 0.137 / Rpim(I) all: 1.575

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.96→42.19 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2761 2007 8.97 %
Rwork0.2392 --
obs0.2424 22369 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→42.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6072 732 5 24 6833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2892572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511098
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.96-3.030.51641240.46581317X-RAY DIFFRACTION90
3.03-3.110.42791440.4291431X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.20.35171470.3561480X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.310.35381450.32371477X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.420.30681440.3031451X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.560.35161480.29761447X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.720.32871450.25991466X-RAY DIFFRACTION100
3.72-3.920.28651450.23791477X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.160.28241450.2221453X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.490.2421440.21231462X-RAY DIFFRACTION100
4.49-4.930.25511470.20941473X-RAY DIFFRACTION100
4.94-5.650.281380.22881457X-RAY DIFFRACTION100
5.65-7.110.29061430.24771482X-RAY DIFFRACTION99
7.11-42.190.19611480.17311489X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -47.5104 Å / Origin y: -5.2229 Å / Origin z: 0.7496 Å
111213212223313233
T0.4134 Å20.0126 Å20.0208 Å2-0.5046 Å2-0.053 Å2--0.7054 Å2
L0.5603 °2-0.4056 °20.0025 °2-0.6223 °2-0.0589 °2--2.702 °2
S-0.1239 Å °-0.2085 Å °-0.0029 Å °0.0867 Å °0.0842 Å °0.145 Å °-0.026 Å °-0.3006 Å °0.0222 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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