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- PDB-8sv9: Crystal structure of ULK1 kinase domain with inhibitor MR-2088 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sv9
タイトルCrystal structure of ULK1 kinase domain with inhibitor MR-2088
要素Serine/threonine-protein kinase ULK1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Autophagy / Inhibitor / Complex / Kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site ...neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site / axon extension / TBC/RABGAPs / reticulophagy / Receptor Mediated Mitophagy / response to starvation / Macroautophagy / cellular response to stress / autophagosome membrane / autophagosome assembly / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to nutrient levels / mitophagy / positive regulation of autophagy / autophagosome / Regulation of TNFR1 signaling / macroautophagy / recycling endosome / peptidyl-serine phosphorylation / small GTPase binding / autophagy / neuron projection development / intracellular protein localization / protein autophosphorylation / GTPase binding / mitochondrial outer membrane / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of autophagy / axon / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase ULK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schonbrunn, E. / Sun, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of potent and selective ULK1/2 inhibitors based on 7-azaindole scaffold with favorable in vivo properties.
著者: Morozova, A. / Chan, S.C. / Bayle, S. / Sun, L. / Grassie, D. / Iermolaieva, A. / Kalaga, M.N. / Frydman, S. / Sansil, S. / Schonbrunn, E. / Duckett, D. / Monastyrskyi, A.
履歴
登録2023年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase ULK1
B: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,73511
ポリマ－64,2842
非ポリマー1,4519
水2,306128
1
A: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8375
ポリマ－32,1421
非ポリマー6954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8996
ポリマ－32,1421
非ポリマー7575
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.060, 139.960, 87.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

SO4

21B-304-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1


分子量: 32142.006 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 変異: E37A, K38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-WXH / (4P)-4-[(2P)-2-(1,2,5,6-tetrahydropyridin-3-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N-(2,2,2-trifluoroethyl)thiophene-2-carboxamide


分子量: 406.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17F3N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.05 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2023年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.18 Å / Num. obs: 29836 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1981 / CC1/2: 0.574 / Rrim(I) all: 0.94 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSVERSION Jan 10, 2022データ削減
XSCALEVERSION Jan 10, 2022データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.18 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1791 6 %
Rwork0.2099 --
obs0.2122 29836 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4352 0 90 128 4570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.558651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041675
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.32761240.29831934X-RAY DIFFRACTION87
2.36-2.430.31091330.27462090X-RAY DIFFRACTION96
2.43-2.510.33151340.27212100X-RAY DIFFRACTION96
2.51-2.60.33871370.24662135X-RAY DIFFRACTION97
2.6-2.70.29591360.24832142X-RAY DIFFRACTION97
2.7-2.830.33811370.26772134X-RAY DIFFRACTION97
2.83-2.980.30741380.25772172X-RAY DIFFRACTION97
2.98-3.160.29311380.24862155X-RAY DIFFRACTION97
3.16-3.410.24641390.22582183X-RAY DIFFRACTION98
3.41-3.750.22871400.22200X-RAY DIFFRACTION98
3.75-4.290.20761420.17342221X-RAY DIFFRACTION98
4.29-5.40.19141430.15642237X-RAY DIFFRACTION99
5.41-47.180.21471500.19052342X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.9948 Å / Origin y: 0.0012 Å / Origin z: 19.9524 Å
111213212223313233
T0.2776 Å2-0.041 Å2-0.0062 Å2-0.2612 Å20.0138 Å2--0.2174 Å2
L1.4844 °2-0.3936 °2-1.1399 °2-0.5421 °20.2225 °2--0.904 °2
S-0.0057 Å °0.0118 Å °0.0703 Å °-0.0451 Å °0.0404 Å °0.0058 Å °0.0279 Å °-0.0788 Å °-0.0318 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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