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万見
- PDB-8suz: Open State of the SARS-CoV-2 Envelope Protein Transmembrane Domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8suz
タイトルOpen State of the SARS-CoV-2 Envelope Protein Transmembrane Domain, Determined by Solid-State NMR
要素Envelope small membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Viroporin / SARS-CoV-2 / Cation Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cellular anatomical structure in another organism / viral budding from Golgi membrane / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / Regulation of gap junction activity / host cell Golgi membrane / Maturation of protein E / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion ...disruption of cellular anatomical structure in another organism / viral budding from Golgi membrane / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / Regulation of gap junction activity / host cell Golgi membrane / Maturation of protein E / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Medeiros-Silva, J. / Dregni, A.J. / Somberg, N.H. / Hong, M.
資金援助 米国, オランダ, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM088204 米国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)452020132 オランダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Atomic structure of the open SARS-CoV-2 E viroporin.
著者: Medeiros-Silva, J. / Dregni, A.J. / Somberg, N.H. / Duan, P. / Hong, M.
履歴
登録2023年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope small membrane protein
B: Envelope small membrane protein
C: Envelope small membrane protein
D: Envelope small membrane protein
E: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8115
ポリマ－16,8115
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3920 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area11950 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 3000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Envelope small membrane protein / sM protein


分子量: 3362.115 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: E, 4 / Variant: Wuhan-Hu-1 / プラスミド: Champion pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC4

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 15N-13C
121isotropic22D 13C-detected CORD
131isotropic22D 1H-15N CP HETCOR
242isotropic12D 15N-13C PSD
151isotropic23D HNCA
161isotropic33D HN(CO)CA
173isotropic31D 19F 13C-detected REDOR
184isotropic32D 19F 1H-15N 1H-detected CP HETCOR
395isotropic23D NCa-filtered 13C-detected DIPSHIFT

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
liposome115.5 % w/w [U-99% 13C; U-99% 15N] ETM, 23 % w/w POPC, 3.5 % w/w POPS, 10 % w/w POPE, 8 % w/w PI, 4 % w/w Cholesterol, 36 % w/w Water, 30 mM sodium acetate, 30 mM calcium chloride, 10 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2OETM reconstituted in liposomes based on the lipid composition of the ER-Golgi Intermediate Compartment, reconstituted in acidic pH and calcium[13C/15N] ETM ERGIC95% H2O/5% D2O
liposome27.5 % w/w [U-99% 15N; U-80% 2H] ETM, 8 % w/w [U-100% 13C] ETM, 23 % w/w POPC, 3.5 % w/w POPS, 10 % w/w POPE, 8 % w/w PI, 4 % w/w Cholesterol, 36 % w/w Water, 30 mM sodium acetate, 30 mM calcium chloride, 10 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2OETM reconstituted in liposomes based on the lipid composition of the ER-Golgi Intermediate Compartment, reconstituted in acidic pH and calcium[13C]+[15N] Mix ETM ERGIC95% H2O/5% D2O
liposome37.5 % w/w [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] ETM, 8 % w/w 4-19F-Phe20-ETM, 23 % w/w POPC, 11 % w/w POPS, 10 % w/w POPE, 4.5 % w/w Cholesterol, 36 % w/w Water, 30 mM sodium acetate, 30 mM calcium chloride, 10 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2OETM reconstituted in liposomes based on the lipid composition of the ER-Golgi Intermediate Compartment, reconstituted in acidic pH and calcium. PI lipids were excluded[13C]+[19F-Phe20] Mix ETM ERGIC95% H2O/5% D2O
liposome44.5 % w/w [U-99% 13C; U-99% 15N] ETM, 4 % w/w 4-19F-Phe20-ETM, 36.5 % w/w DMPC, 16 % w/w DMPG, 39 % w/w Water, 30 mM sodium acetate, 30 mM calcium chloride, 10 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2OETM reconstituted in DMPC/DMPG liposomes, reconstituted in acidic pH and calcium[13C/5N/(2H/1H)]+[19F-Phe20] Mix ETM DMPX95% H2O/5% D2O
liposome58.5 % w/w [U-99% 13C; U-99% 15N] ETM, 35 % w/w POPC, 15.5 % w/w POPG, 59 % w/w Water, 30 mM sodium acetate, 30 mM calcium chloride, 10 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2OETM reconstituted in liposomes POPC/POPG, reconstituted in acidic pH and calcium[13C/15N] ETM POPX95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
15.5 % w/wETM[U-99% 13C; U-99% 15N]1
23 % w/wPOPCnatural abundance1
3.5 % w/wPOPSnatural abundance1
10 % w/wPOPEnatural abundance1
8 % w/wPInatural abundance1
4 % w/wCholesterolnatural abundance1
36 % w/wWaternatural abundance1
30 mMsodium acetatenatural abundance1
30 mMcalcium chloridenatural abundance1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
7.5 % w/wETM[U-99% 15N; U-80% 2H]2
8 % w/wETM domain[U-100% 13C]2
23 % w/wPOPCnatural abundance2
3.5 % w/wPOPSnatural abundance2
10 % w/wPOPEnatural abundance2
8 % w/wPInatural abundance2
4 % w/wCholesterolnatural abundance2
36 % w/wWaternatural abundance2
30 mMsodium acetatenatural abundance2
30 mMcalcium chloridenatural abundance2
10 mMsodium chloridenatural abundance2
7.5 % w/wETM[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]3
8 % w/w4-19F-Phe20-ETMnatural abundance3
23 % w/wPOPCnatural abundance3
11 % w/wPOPSnatural abundance3
10 % w/wPOPEnatural abundance3
4.5 % w/wCholesterolnatural abundance3
36 % w/wWaternatural abundance3
30 mMsodium acetatenatural abundance3
30 mMcalcium chloridenatural abundance3
10 mMsodium chloridenatural abundance3
4.5 % w/wETM[U-99% 13C; U-99% 15N]4
4 % w/w4-19F-Phe20-ETMnatural abundance4
36.5 % w/wDMPCnatural abundance4
16 % w/wDMPGnatural abundance4
39 % w/wWaternatural abundance4
30 mMsodium acetatenatural abundance4
30 mMcalcium chloridenatural abundance4
10 mMsodium chloridenatural abundance4
8.5 % w/wETM[U-99% 13C; U-99% 15N]5
35 % w/wPOPCnatural abundance5
15.5 % w/wPOPGnatural abundance5
59 % w/wWaternatural abundance5
30 mMsodium acetatenatural abundance5
30 mMcalcium chloridenatural abundance5
10 mMsodium chloridenatural abundance5
試料状態

詳細: Sample Under Magic Angle Spinning / イオン強度: 1 M / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / Temperature err: 2

Conditions-IDLabel温度 (K)
11283 K
22273 K
35331 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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