PDB-8suo: BA.2/AZD1061/AZD3152 structure analysis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8suo

タイトル

BA.2/AZD1061/AZD3152 structure analysis

要素

AZD1061 heavy chain
AZD1061 light chain
AZD3152 heavy chain
AZD3152 light chain
Spike protein S1

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / broadly neutralizing / ACE-2 blocking / RBD binding / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Oganesyan, V. / van Dyk, N. / Dippel, A. / Barnes, A. / O'Connor, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of BA.2 RBD bound by two neutralizing antibodies
著者: Oganesyan, V. / van Dyk, N. / Dippel, A. / Barnes, A. / O'Connor, E. / Riguero, V. / Taleb, M.

履歴

登録	2023年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8suo.cif.gz	225 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8suo.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8suo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8suo_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8suo_full_validation.pdf.gz	467.6 KB	表示
XML形式データ	8suo_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	8suo_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8suo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8suo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l7eS 7ub0S 7zffS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (2)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)

登録構造単位

I: AZD1061 heavy chain

M: AZD1061 light chain

H: AZD3152 heavy chain

L: AZD3152 light chain

A: Spike protein S1

118 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.690, 138.000, 188.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	AZD1061 heavy chain 分子量: 24834.895 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	AZD1061 light chain 分子量: 24077.725 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	AZD3152 heavy chain 分子量: 24117.016 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体	AZD3152 light chain 分子量: 22572.928 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: タンパク質	Spike protein S1 分子量: 22039.873 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor-binding domain (UNP residues 333-527) / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Variant: BA.2 / 株: Omicron / 参照: UniProt: P0DTC2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.12 M D-glucose, 0.12 M D-mannose, 0.12 M D-galactose, 0.12 M L-fructose, 0.12 M D-xylose, 0.12 M N-acetyl-D-glucosamine, 0.1 M Tris, 0.1 M bicine, pH 8.5, 40% v/v ethylene glycol, 20% w/v PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月23日
放射	モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.98→94.36 Å / Num. obs: 36925 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.98→3.06 Å / Num. unique obs: 2697 / CC_1/2: 0.275

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 7L7E, 7UB0, & 7ZFF

7l7e

7ub0

7zff

解像度: 3.3→30.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / WR_factor R_free: 0.332 / WR_factor R_work: 0.279 / SU B: 46.281 / SU ML: 0.682 / Average fsc free: 0.8809 / Average fsc work: 0.9126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.627 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	1376	5.047 %
R_work	0.2789	25889	-
all	0.282	-	-
obs	-	27265	99.456 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 120.958 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.157 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	16.325 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.168 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→30.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8176	0	0	0	8176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.011	8384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.777	1.645	11415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.286	1.564	17671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.177	5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.728	5	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.802	10	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.856	10	333
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.035	0.2	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.02	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.932	12.209	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.932	12.209	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.331	21.947	5354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.33	21.949	5355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.202	12.416	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.202	12.417	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.357	22.774	6061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.356	22.774	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.123	146.807	34371
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.123	146.806	34371

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.3-3.385	0.443	108	0.432	1878	0.432	1995	0.778	0.837	99.5489	0.432
3.385-3.476	0.452	95	0.442	1798	0.442	1899	0.784	0.842	99.684	0.442
3.476-3.576	0.389	111	0.396	1782	0.396	1896	0.842	0.86	99.8418	0.396
3.576-3.684	0.406	88	0.465	1668	0.462	1780	0.789	0.821	98.6517	0.465
3.684-3.803	0.384	87	0.383	1680	0.383	1783	0.861	0.872	99.1026	0.383
3.803-3.934	0.423	69	0.398	1608	0.399	1709	0.744	0.822	98.1276	0.398
3.934-4.08	0.269	74	0.283	1573	0.282	1647	0.935	0.939	100	0.283
4.08-4.243	0.282	92	0.244	1506	0.246	1600	0.931	0.953	99.875	0.244
4.243-4.428	0.298	85	0.221	1429	0.225	1515	0.937	0.963	99.934	0.221
4.428-4.639	0.29	62	0.218	1409	0.221	1471	0.95	0.964	100	0.218
4.639-4.883	0.259	65	0.213	1347	0.215	1413	0.945	0.966	99.9292	0.213
4.883-5.171	0.241	74	0.208	1268	0.21	1342	0.961	0.97	100	0.208
5.171-5.516	0.3	76	0.221	1184	0.226	1261	0.938	0.966	99.9207	0.221
5.516-5.942	0.326	50	0.245	1121	0.248	1172	0.922	0.963	99.9147	0.245
5.942-6.483	0.295	57	0.254	1046	0.257	1104	0.941	0.96	99.9094	0.254
6.483-7.207	0.41	42	0.259	959	0.264	1001	0.9	0.955	100	0.259
7.207-8.243	0.358	45	0.225	857	0.231	902	0.919	0.964	100	0.225
8.243-9.91	0.332	46	0.216	742	0.222	788	0.919	0.969	100	0.216
9.91-13.308	0.295	30	0.226	608	0.229	638	0.948	0.97	100	0.226
13.308-30.002	0.382	20	0.333	421	0.336	441	0.89	0.929	100	0.333

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関連情報:EMDBヘッダ

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