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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8suk | ||||||
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タイトル | Structure of Rhodococcus sp. USK13 DarR-c-di-AMP complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TFR / Mycobacteria | ||||||
機能・相同性 | DNA![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schumacher, M.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of the DarR transcription regulator reveal unique modes of second messenger and DNA binding. 著者: Schumacher, M.A. / Lent, N. / Chen, V.B. / Salinas, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 328.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 266.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23466.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 581.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 % |
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結晶化 | 温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.34 M lithium sulphate and 1.3% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→41.49 Å / Num. obs: 40140 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2175 / CC1/2: 0.654 / Rpim(I) all: 0.378 / Rsym value: 0.538 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→41.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 32.0161 Å / Origin y: -9.2999 Å / Origin z: 58.5224 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |