+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8suj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Joint X-ray/neutron structure of Thermus thermophilus serine hydroxymethyltransferase (TthSHMT) in internal aldimine state | ||||||
![]() | Serine hydroxymethyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / pyridoxal 5'-phosphate / plp / fold type 1 / one carbon metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drago, V.N. / Kovalevsky, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Revealing protonation states and tracking substrate in serine hydroxymethyltransferase with room-temperature X-ray and neutron crystallography. 著者: Drago, V.N. / Campos, C. / Hooper, M. / Collins, A. / Gerlits, O. / Weiss, K.L. / Blakeley, M.P. / Phillips, R.S. / Kovalevsky, A. #1: ![]() タイトル: Generalized X-ray and neutron crystallographic analysis: more accurate and complete structures for biological macromolecules 著者: Adams, P.D. / Mustyakimov, M. / Afonine, P.V. / Langan, P. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 353.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 289.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ssjC ![]() 8ssyC ![]() 8suiC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44678.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: glyA, TTHA1524 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DOD / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 |
|
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 40 mM NaOAc pH 5.5, 1.0 M (NH4)2SO4, and 0.5 M Li2SO4 |
-データ収集
回折 |
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| |||||||||||||||||||||||||||
検出器 |
| |||||||||||||||||||||||||||
放射 |
| |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||||||||||||||
反射 | Entry-ID: 8SUJ
| |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | Biso max: 78.28 Å2 / Biso mean: 18.35 Å2 / Biso min: 4 Å2 / % reflection Rfree: 5 % / R Free selection details: random / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 構造決定の手法:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine funct minimized |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|