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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sud | ||||||
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タイトル | JC Polyomavirus LTA NLS bound to importin alpha 2 | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / importin / karyopherin / nuclear / nls | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding / DNA replication / postsynaptic density / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / glutamatergic synapse / host cell nucleus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cross, E.M. / Forwood, J.K. / Alvisi, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A functional and structural comparative analysis of large tumor antigens reveals evolution of different importin alpha-dependent nuclear localization signals. 著者: Cross, E.M. / Akbari, N. / Ghassabian, H. / Hoad, M. / Pavan, S. / Ariawan, D. / Donnelly, C.M. / Lavezzo, E. / Petersen, G.F. / Forwood, J.K. / Alvisi, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8q8kC ![]() 8tuqC ![]() 8turC ![]() 8tusC ![]() 8tutC ![]() 8tuuC ![]() 8tuvC ![]() 4uafS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2566.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03072, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.85 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.01 M DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→29.92 Å / Num. obs: 42050 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 38.88 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3409 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 1.34 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4UAF 解像度: 2.1→29.6 Å / SU ML: 0.243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.0957 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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