ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | SCALA | | データスケーリング | XDS | | データ削減 | AutoSol | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→47.72 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.209 | 1775 | 5.07 % |
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Rwork | 0.1841 | - | - |
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obs | 0.1853 | 35029 | 99.93 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.72 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1509 | 0 | 15 | 186 | 1710 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.013 | | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.15 | | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d4.126 | 234 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.055 | 238 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.012 | 269 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.6-1.64 | 0.2353 | 135 | 0.2016 | 2517 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.64-1.69 | 0.2365 | 130 | 0.1936 | 2503 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.69-1.75 | 0.2711 | 137 | 0.2322 | 2559 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.75-1.81 | 0.2331 | 134 | 0.2005 | 2512 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.81-1.88 | 0.1992 | 136 | 0.1893 | 2528 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.88-1.97 | 0.1963 | 132 | 0.1821 | 2558 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.97-2.07 | 0.1999 | 137 | 0.1775 | 2536 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.07-2.2 | 0.2385 | 137 | 0.1904 | 2555 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2-2.37 | 0.1965 | 134 | 0.1708 | 2555 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.37-2.61 | 0.1865 | 139 | 0.1809 | 2568 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.61-2.99 | 0.228 | 136 | 0.1934 | 2566 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.99-3.76 | 0.2094 | 140 | 0.1766 | 2597 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.76-10 | 0.1949 | 148 | 0.1803 | 2700 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.8114 Å / Origin y: 41.4852 Å / Origin z: 19.8965 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.179 Å2 | 0.0197 Å2 | -0.0054 Å2 | - | 0.1372 Å2 | 0.0071 Å2 | - | - | 0.1407 Å2 |
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L | 0.8255 °2 | 1.0316 °2 | 0.421 °2 | - | 2.1948 °2 | 0.9827 °2 | - | - | 0.7027 °2 |
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S | 0.0016 Å ° | -0.0077 Å ° | -0.0214 Å ° | -0.078 Å ° | -0.0494 Å ° | 0.1132 Å ° | 0.0857 Å ° | -0.0308 Å ° | 0.0452 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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