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- PDB-8std: S127A variant of LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8std
タイトルS127A variant of LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase, in complex with authentic substrate NaAD and soaked with CS2
要素Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
キーワードLYASE / Carboxylase / Hydrolase / LYASE (CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / 'de novo' IMP biosynthetic process / transferase activity / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1807073 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128959 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structure of the LarB-Substrate Complex and Identification of a Reaction Intermediate during Nickel-Pincer Nucleotide Cofactor Biosynthesis.
著者: Chatterjee, S. / Nevarez, J.L. / Rankin, J.A. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,17721
ポリマ－158,9656
非ポリマー4,21115
水00
1
A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,66632
ポリマ－211,9548
非ポリマー5,71224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area28810 Å2
ΔGint-350 kcal/mol
Surface area51460 Å2
手法PISA
2
C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,56928
ポリマ－211,9548
非ポリマー5,61520
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area30360 Å2
ΔGint-338 kcal/mol
Surface area52370 Å2
手法PISA
3
E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,47224
ポリマ－211,9548
非ポリマー5,51816
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area31010 Å2
ΔGint-294 kcal/mol
Surface area52980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.839, 118.839, 211.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質
Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / P2CMN synthase / Lactate racemase accessory protein LarB / Lactate racemase activation protein LarB ...P2CMN synthase / Lactate racemase accessory protein LarB / Lactate racemase activation protein LarB / Lactate racemase maturation protein LarB / Lactate racemization operon protein LarB / Nickel-pincer cofactor biosynthesis protein LarB / Nicotinic acid adenine dinucleotide carboxylase/hydrolase / NaAD carboxylase/hydrolase


分子量: 26494.227 Da / 分子数: 6 / 変異: S127A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)
株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: larB, lp_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: F9UST0, pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略)


分子量: 665.418 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N6O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM magnesium formate, 20% w/v PEG 3350, 2 mM nitrilotriacetic acid neutralized to a pH of ~7.5 with sodium hydroxide, and 0.7 mM zinc sulfate, 10 mM EDTA, 10 mM Nicotinic acid adenine ...詳細: 100 mM magnesium formate, 20% w/v PEG 3350, 2 mM nitrilotriacetic acid neutralized to a pH of ~7.5 with sodium hydroxide, and 0.7 mM zinc sulfate, 10 mM EDTA, 10 mM Nicotinic acid adenine dinucleotide sodium salt, soaked with ~10-15% Carbon disulfide for 20 minutes during freezing

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→84.03 Å / Num. obs: 44856 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4607 / CC1/2: 0.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→78.96 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 2245 5.04 %
Rwork0.2418 --
obs0.2434 44538 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→78.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8360 0 219 0 8579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0188752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00212026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5882831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.710.38841400.35632612X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.770.38541340.33612589X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.840.3291430.3232620X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.920.34311310.31822613X-RAY DIFFRACTION100
2.92-30.36711310.31442625X-RAY DIFFRACTION100
3-3.10.38291310.30272606X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.210.35361440.28032627X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.340.25781340.26012600X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.490.2861520.24662643X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.670.2651370.24732629X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.90.26121440.22382652X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.210.25421430.2242651X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.630.20581270.19092626X-RAY DIFFRACTION98
4.63-5.30.2511530.20192656X-RAY DIFFRACTION98
5.3-6.680.2951490.26172707X-RAY DIFFRACTION99
6.68-78.960.23011520.21022837X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.42014.79186.52422.50333.47112.05481.1269-2.71160.13332.2917-1.22890.75790.85270.57840.02411.2303-0.00380.12090.8131-0.30.924742.434-23.0054.827
23.3278-4.4384-2.33249.3666-0.60145.70420.18641.5337-1.925-1.3051-0.4061-0.45451.07290.4480.09160.84430.00570.18580.9005-0.36490.832543.47-22.608-2.579
36.9404-4.3012-1.03428.2481.17424.87411.13631.4118-0.208-2.2949-0.4926-0.4183-1.83850.5092-0.69141.0248-0.0740.15151.3114-0.20450.531140.459-15.112-7.305
47.0572-4.9497-5.5999.3115-1.00988.5514-0.09511.0424-0.9432-1.1463-2.54221.88142.0867-1.95860.88110.361-0.0221-0.2440.8894-0.46621.088627.178-13.1658.282
55.11660.5554-1.43156.80934.05166.457-0.01480.55860.314-0.8763-0.50670.9934-0.481-0.44010.46940.33210.0954-0.10430.4718-0.01950.449830.794-3.38111.925
67.18782.62330.39868.63691.21617.46640.08350.3896-0.21510.209-0.111-0.40490.1299-0.0664-0.0030.21910.0406-0.04420.23040.01610.37539.109-6.60118.388
76.3029-0.3409-0.45833.29553.00133.5416-0.153-0.73011.83660.4206-0.44990.947-0.0257-0.49480.67580.7199-0.0393-0.03810.7359-0.36851.058830.447-4.38243.488
80.8050.48451.12667.27862.59925.4602-0.4286-2.20970.13352.69510.1547-0.49351.0810.6760.010.96430.0727-0.12391.2024-0.25230.444336.616-10.08951.08
98.86963.543-0.62015.9933-0.10942.0164-0.4481-0.8082-0.31790.6007-0.18180.21020.5502-0.02650.58040.5141-0.09770.09670.3632-0.01960.387636.487-21.18536.424
106.3931-3.9707-3.0529.0357-0.49276.9683-0.6713-0.3107-0.86850.26630.035-0.10370.69090.27690.52950.4159-0.08240.09720.2573-0.02310.523445.364-26.42526.663
114.84734.78836.06754.34325.39878.99240.38860.3791-0.98350.79060.20550.08650.95050.6771-0.53770.4695-0.0338-0.0020.3087-0.05780.446944.538-17.85526.789
128.9747-1.4976-4.56191.6016-0.79256.05950.18350.07280.74030.3235-0.1885-0.1386-0.1179-0.08790.0130.3329-0.02930.0110.1802-0.00620.483743.253-12.77126.113
137.94551.63792.59554.1335-2.37896.71080.4031.05140.5-1.4008-0.39541.29720.8212-0.74140.00730.93850.1744-0.33890.8560.05420.6888-2.467-33.17819.719
142.9942-0.16891.25756.96630.08814.74340.12730.41490.3012-0.9915-0.017-0.5788-0.27690.0353-0.07660.3925-0.04110.13250.42720.0250.375216.805-36.20631.846
156.92520.11040.35124.0524-1.78017.4428-0.03730.4607-0.4997-0.39220.0307-0.10310.86820.2883-0.00060.2892-0.05090.02160.30530.04150.383811.73-47.39140.038
167.99823.1745-1.83883.6387-4.21865.5651-0.1597-0.14950.44460.68440.45840.4367-0.3823-0.1357-0.27440.38570.0682-0.04120.3654-0.00290.37318.739-35.2540.063
178.97793.45944.36677.1672.34257.1412-0.3174-2.1891-0.7891-0.0447-0.6488-1.58840.45431.95170.74010.6264-0.1596-0.07762.08930.3810.841518.658-37.0966.724
180.9572-0.0389-1.56592.4757-3.25046.90860.2749-1.6884-0.57331.1216-0.552-0.39090.3764-0.5112-0.01681.3003-1.0305-0.50042.71120.0670.231113.333-36.61377.813
190.56230.13080.61590.33920.59292.13450.1598-0.98580.53660.3448-0.2063-0.176-0.37560.10410.10851.1317-0.8243-0.11072.8045-0.504-0.47568.247-34.00969.569
203.7877-4.71133.54496.4194-4.42629.0272-0.4569-0.93072.30880.627-0.7912-0.2079-1.79980.93871.14380.7319-0.28450.0680.8595-0.40980.84575.678-23.95357.404
216.4989-0.06710.04243.7708-1.3687.58460.012-1.29070.85610.5022-0.07360.6221-0.81720.05960.0870.4491-0.03810.12030.5305-0.22930.6347-3.016-30.07453.77
226.7696-2.6977-1.18437.0962-5.16659.34730.0437-0.29540.115-0.19640.1674-0.0605-0.0122-0.0773-0.29990.3128-0.0025-0.04830.3929-0.10580.3121-0.396-35.94649.388
236.77591.53061.92455.88650.48887.75860.1341-0.1127-1.10230.668-0.7319-0.356-0.0030.41030.60440.3159-0.04080.06410.3565-0.00080.5959-2.505-45.45646.613
248.43157.9722-0.60468.7082.32115.08320.3499-1.0066-0.07-0.4885-0.8354-0.2265-0.52720.90920.37090.3518-0.0119-0.04240.6052-0.05650.387710.125-31.22349.143
251.7026-2.17133.47127.2274-3.25677.454-0.46220.0490.4618-1.74461.4642-0.87751.34390.0407-1.11461.75040.34710.26251.2728-0.02371.109664.988-33.81579.235
263.7161-2.4199-0.34994.47710.44321.9466-0.3061-0.116-0.138-0.2477-0.9507-1.0132-0.41290.97520.74281.59140.42470.80871.02150.27330.728860.085-26.73271.692
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284.55744.3765-5.9624.4137-5.45368.4069-0.5905-0.6038-0.3234-0.4985-0.34931.10682.0477-0.48031.1681.0628-0.35960.03940.8438-0.20110.624839.868-28.76879.637
295.94070.02062.28912.6825-1.31345.97450.0527-0.33140.2034-0.7153-0.39030.42031.1403-0.96130.35120.8617-0.31160.23290.8079-0.33510.630637.602-18.59483.41
302.5066-2.26481.85423.8891-2.00077.0036-0.37890.00350.6768-0.181-0.46-0.4309-0.2559-0.78340.69930.4675-0.03060.15860.5025-0.21310.759446.159-10.41288.996
318.16354.50751.10268.7572-2.28445.124-0.78070.7266-0.1621-0.83060.5273-0.77931.6894-0.88530.17740.8426-0.14710.3470.5276-0.12970.660947.672-22.53888.925
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335.2936-1.4219-2.84340.5770.56971.8321-0.2859-2.37960.3710.3773-0.2186-0.29541.1323-0.34630.50161.2125-0.44090.28771.7855-0.21980.684443.667-23.141119.5
342.1722-2.7235-0.99124.47032.01771.9911-0.2977-2.0399-1.1002-0.3557-0.8825-0.64131.7899-0.71370.85331.2233-0.4740.39911.15470.07390.685451.584-29.55108.225
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363.0222-3.8379-1.12444.73650.80777.45420.0112-0.452-0.40790.1108-0.5716-0.61010.78080.47240.30671.1598-0.26620.44160.55220.04380.619559.384-26.00797.743
375.91652.21650.74193.0048-2.92125.50220.21740.34010.78940.5519-0.67350.02081.19580.08150.3660.6676-0.02820.31790.58180.00760.699959.053-18.32397.661
386.57034.42614.43623.34821.5148.1550.04741.18410.130.67110.8368-0.82160.81030.2508-0.69310.7123-0.11190.28910.75-0.25740.845254.729-19.82894.715
395.9013-2.6135-4.10375.66590.94625.5706-0.11160.8582-0.2558-0.038-0.60531.02711.1492-1.580.6161.1639-0.57310.31821.3597-0.27560.60943.768-28.297100.221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 44:58 )A44 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 59:82 )A59 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 83:107 )A83 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 108:125 )A108 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 126:188 )A126 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 189:246 )A189 - 246
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 44:82 )B44 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 83:107 )B83 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 108:153 )B108 - 153
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 154:190 )B154 - 190
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 191:204 )B191 - 204
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 205:246 )B205 - 246
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 45:95 )C45 - 95
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 96:190 )C96 - 190
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 191:218 )C191 - 218
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 219:246 )C219 - 246
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 46:82 )D46 - 82
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 83:96 )D83 - 96
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 97:107 )D97 - 107
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 108:125 )D108 - 125
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 126:190 )D126 - 190
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 191:204 )D191 - 204
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 205:223 )D205 - 223
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 224:250 )D224 - 250
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 29:48 )E29 - 48
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 49:82 )E49 - 82
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 83:107 )E83 - 107
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN E AND RESID 108:125 )E108 - 125
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN E AND RESID 126:190 )E126 - 190
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN E AND RESID 191:218 )E191 - 218
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN E AND RESID 219:246 )E219 - 246
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN F AND RESID 44:69 )F44 - 69
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN F AND RESID 70:106 )F70 - 106
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN F AND RESID 107:141 )F107 - 141
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN F AND RESID 142:169 )F142 - 169
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN F AND RESID 170:188 )F170 - 188
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN F AND RESID 189:218 )F189 - 218
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN F AND RESID 219:232 )F219 - 232
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN F AND RESID 233:246 )F233 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る