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- PDB-8ssv: Crystal structure of Grp94 N-terminal domain bound to the purine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssv
タイトルCrystal structure of Grp94 N-terminal domain bound to the purine inhibitor PU-H71.
要素Endoplasmin
キーワードCHAPERONE / Inhibitor / GRP94
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / unfolded protein binding ...Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / unfolded protein binding / melanosome / protein folding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase ...Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-H71 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endoplasmin
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Que, N.L.S. / Gewirth, D.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA186866 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA095130 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Selective Inhibition of hsp90 Paralogs: Uncovering the Role of Helix 1 in Grp94-Selective Ligand Binding.
著者: Que, N.L.S. / Seidler, P.M. / Aw, W.J. / Chiosis, G. / Gewirth, D.T.
履歴
登録2023年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmin
B: Endoplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,30516
ポリマ－53,0282
非ポリマー2,27714
水3,549197
1
A: Endoplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6496
ポリマ－26,5141
非ポリマー1,1355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,65510
ポリマ－26,5141
非ポリマー1,1419
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.902, 65.429, 75.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endoplasmin / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 / Heat shock protein 90 kDa beta member 1


分子量: 26514.012 Da / 分子数: 2 / 変異: Mutated residues 287-327 into GGGG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSP90B1, GRP94, TRA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: P41148

-
非ポリマー , 7種, 211分子

#2: 化合物 ChemComp-H71 / 8-[(6-IODO-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)THIO]-9-[3-(ISOPROPYLAMINO)PROPYL]-9H-PURIN-6-AMINE / PU-H71


分子量: 512.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21IN6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, Calcium acetate, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→75.07 Å / Num. obs: 23864 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 21.27 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.72→1.93 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.821 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1193 / CC1/2: 0.655 / % possible all: 66.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→75.07 Å / SU ML: 0.2453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.9439
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 1192 5 %
Rwork0.2089 22665 -
obs0.2111 23857 44.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→75.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3041 0 113 197 3351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00643254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9154407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0564479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.790.4260.309152X-RAY DIFFRACTION2.66
1.79-1.870.305230.272459X-RAY DIFFRACTION8.15
1.87-1.970.2836360.2613905X-RAY DIFFRACTION15.9
1.97-2.090.2827980.25271639X-RAY DIFFRACTION29.19
2.09-2.250.22571120.2412274X-RAY DIFFRACTION39.98
2.25-2.480.28941600.23592806X-RAY DIFFRACTION49.82
2.48-2.830.28721800.22913648X-RAY DIFFRACTION64.1
2.84-3.570.26432770.20235057X-RAY DIFFRACTION88.93
3.57-75.070.22563000.19285725X-RAY DIFFRACTION98.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.308940084853-0.017126323054-0.4434374036451.38319462271-0.3138441057431.259332949920.010861007965-0.151284851624-0.1459357352620.226956432043-0.0398941838762-0.1664449884580.2761809083630.3262018123310.04362831536180.1332777356880.05468749679010.006935554566080.005118187126990.03308584119350.05330038547333.49350692489-10.560231125234.4514185081
24.107269856871.235714328682.168977375813.42683677225-0.3061363367843.01049359256-0.3279341254550.261988853011-0.4958771429150.0666497734631-0.0866233299271-0.4165514692380.135285927281-0.0788465030691-0.009613196569650.1474689872030.0698033537723-0.02212275665270.4028945270850.02024988846630.53983304873114.5082476653-17.336231981935.381887483
30.7888326644010.066712624403-0.1053720082371.234573009110.2273780160521.49579966962-0.0616814204411-0.1691901158110.2078372551010.2135770370970.055371575422-0.1090471466630.03338549149680.3220168868350.02172045075060.06754879051010.0134640916475-0.02158245987540.1289984303040.01747304707190.09018693450224.55717323304-3.024499984835.5309617179
41.405237805540.685717146474-0.5183041743143.39767657177-0.4964697662162.816097133470.1622832224070.192791152748-0.202274309956-0.112012356977-0.07742109709360.255433761933-0.0819360107619-0.2113037573740.05107900109720.08532697552270.00140723831515-0.01937823979310.1301742346-0.02433340533340.0716022205053-1.86491059552-9.7436702793818.3785401294
55.104945572711.224237892261.607382285291.075805183160.08167971021770.6238602251160.472068441715-0.468108674401-0.6403650731960.279959998491-0.1847293394770.0874577928301-0.006636664008841.1132301989-0.1951879142870.6655682426990.03270281487040.01212871851010.674936950263-0.07613595775260.43267869048313.0314073914-46.8539470119-11.8944146285
60.527072128081-0.299274521221-0.1216132288721.478869996280.3195417850130.07555262423260.0396265527339-0.0500791794728-0.03719641513910.002530052381460.174728830766-0.941013886475-0.2338248145810.800186867290.1779392899120.277421649332-0.250352471343-0.0438511052250.789977601739-0.04498745258140.66820770909223.5892516225-34.75846699048.93747386921
70.9631578743570.122000620138-0.3445864335372.21831286303-0.4059678077291.29714585473-0.0256871847019-0.1289610621390.09012954721540.0689020616770.0626916737175-0.0377210695817-0.09408181895610.0136168254553-0.02067741541890.1383116078120.00344137105424-0.004232374487650.0685886787872-0.01309810369770.07375924893330.588887972436-32.06191572836.82670378903
80.618333177680.4587422332110.8184785863690.4871048494720.8095903279331.34974107457-0.227240910466-0.1247370076870.3499172574620.353806161606-0.151007381193-0.401429640526-0.5949064311290.662423979905-0.06976575999580.527303246025-0.132683696354-0.1539808102570.279302626769-0.005042600761340.2783237489613.8639302812-30.6547101193-1.04868366298
90.9883017131190.103840020527-0.2832790642081.221446717750.2487810984532.08728144822-0.0369536495444-0.0577124692596-0.1218210544920.08441259935340.0685038648655-0.140803888568-0.05374927234880.2460624890270.03290413729050.0663890501954-0.006620912073530.01532766550520.0967483881956-0.002091654509240.0894454267977.43628817235-41.34460691123.30016329718
102.15747660694-1.035660246981.13544437452.7021232636-1.165019274550.7740630083740.269548702374-0.1300481454220.4168782188830.247281304769-0.211029471777-0.330074169311-0.1384722979150.253445933532-0.0007031505302060.281401225996-0.01757626529740.06837824742650.200094330053-0.01026223918340.1436961127734.24212158354-31.056484077619.9060117406
111.20802900594-1.725946029630.2942809559583.3105430375-0.31462693822.644821523650.118550194745-0.0575900826094-0.0352494490724-0.316010172943-0.0346072181713-0.07155048332960.547848710872-0.60211921007-0.1091412486390.199166793133-0.0432898239491-0.01362020111050.1815049308180.01014027119170.107581494037-6.31395494119-37.1724251118.216043634
124.4803100745-2.76170811295.285124081262.49642990163-3.745316128466.532007080010.4276589037690.700623089773-0.724060203615-0.7824661274430.04106631772590.5697492295650.553987408023-0.26485838819-0.5901726720950.1955555904780.0628476249583-0.1058503740120.423152688494-0.03469451688960.127527036446-4.78307691613-0.099872946968529.3767740313
131.11979192751.260753205110.237222971661.635967178260.2999924664680.196810166673-0.0237148982893-0.140175382680.401727953579-0.0378995095381-0.1874530460820.330902924806-0.0483651397336-0.182874542317-0.02966785594560.19215726203-0.130658675166-0.1477851921620.451643722248-0.01304858697520.15653605548-4.33531519658-42.53714686928.69074007557
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 70 through 161 )AA70 - 1611 - 92
22chain 'A' and (resid 162 through 197 )AA162 - 19793 - 104
33chain 'A' and (resid 198 through 260 )AA198 - 260105 - 167
44chain 'A' and (resid 261 through 337 )AA261 - 337168 - 203
55chain 'B' and (resid 65 through 79 )BF65 - 791 - 15
66chain 'B' and (resid 80 through 97 )BF80 - 9716 - 33
77chain 'B' and (resid 98 through 155 )BF98 - 15534 - 91
88chain 'B' and (resid 156 through 197 )BF156 - 19792 - 110
99chain 'B' and (resid 198 through 260 )BF198 - 260111 - 173
1010chain 'B' and (resid 261 through 277 )BF261 - 277174 - 190
1111chain 'B' and (resid 278 through 337 )BF278 - 337191 - 209
1212chain 'A' and (resid 501 through 801)AC - E501 - 701
1313chain 'B' and (resid 601 through 901)BI - L601 - 901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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