PDB-8ssk: Citrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ssk

タイトル

Citrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) entry and toxin (CdiA-CT) domains

要素

Contact-dependent inhibitor A

キーワード

TOXIN / Peptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / toxin activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter rodentium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Nhan, D.Q.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Citrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) entry and toxin (CdiA-CT) domains
著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Nhan, D.Q.

履歴

登録	2023年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ssk.cif.gz	815.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ssk.ent.gz	562.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ssk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ssk_validation.pdf.gz	506.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ssk_full_validation.pdf.gz	518 KB	表示
XML形式データ	8ssk_validation.xml.gz	58.5 KB	表示
CIF形式データ	8ssk_validation.cif.gz	86.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ssk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ssk	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Contact-dependent inhibitor A

B: Contact-dependent inhibitor A

C: Contact-dependent inhibitor A

D: Contact-dependent inhibitor A

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Contact-dependent inhibitor A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Contact-dependent inhibitor A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Contact-dependent inhibitor A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Contact-dependent inhibitor A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.870, 113.982, 87.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Contact-dependent inhibitor A / CdiA-PT/CT 分子量: 33576.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter rodentium (バクテリア) 遺伝子: stbD, E2R62_11320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482PFX0

-
非ポリマー , 5種, 1283分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4, 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39.26 Å / Num. obs: 101283 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 22.87 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.14 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.187 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4996 / CC_1/2: 0.746 / R_pim(I) all: 0.748 / R_rim(I) all: 1.409 / Χ²: 0.99 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→39.26 Å / SU ML: 0.1788 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.3018
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	10055	9.94 %
R_work	0.1618	91125	-
obs	0.1642	101180	98.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8807	0	146	1253	10206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	9236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.916	12551
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0534	1384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3118	1329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3046	332	0.2673	3007	X-RAY DIFFRACTION	98.09
1.92-1.94	0.2839	327	0.2447	3028	X-RAY DIFFRACTION	98.59
1.94-1.97	0.266	346	0.2367	3073	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.97-1.99	0.2516	331	0.221	2992	X-RAY DIFFRACTION	98.43
1.99-2.02	0.2628	338	0.2154	3018	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.02-2.05	0.2418	323	0.2089	3035	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.05-2.08	0.2392	327	0.2089	3009	X-RAY DIFFRACTION	96.78
2.08-2.11	0.2415	334	0.1968	2890	X-RAY DIFFRACTION	95.02
2.11-2.14	0.2166	336	0.1861	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.14-2.17	0.2188	339	0.1817	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.17-2.21	0.1988	325	0.1709	3064	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.21-2.25	0.1965	332	0.171	3068	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.25-2.3	0.1794	356	0.1583	3030	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.3-2.34	0.1945	326	0.152	3046	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.34-2.39	0.1926	331	0.1603	3072	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.39-2.45	0.2103	332	0.158	3007	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.45-2.51	0.1961	333	0.1614	2971	X-RAY DIFFRACTION	97.18
2.51-2.58	0.2123	330	0.1621	3010	X-RAY DIFFRACTION	96.45
2.58-2.65	0.1855	342	0.1593	3056	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.65-2.74	0.1973	338	0.1577	3040	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.74-2.84	0.1772	336	0.1544	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.84-2.95	0.1709	331	0.1551	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.95-3.09	0.1968	345	0.161	3055	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.09-3.25	0.188	339	0.1546	2995	X-RAY DIFFRACTION	97.69
3.25-3.45	0.1525	333	0.1451	3011	X-RAY DIFFRACTION	96.96
3.45-3.72	0.1569	340	0.1388	3102	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.72-4.09	0.1349	336	0.1248	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.04
4.09-4.68	0.1278	340	0.1222	3074	X-RAY DIFFRACTION	98.56
4.68-5.9	0.1795	339	0.1544	3047	X-RAY DIFFRACTION	97.95
5.9-39.26	0.1939	338	0.1879	3094	X-RAY DIFFRACTION	97.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.02290625369	1.50781407234	-6.13112760736	0.701829334706	-1.31188414418	6.39736389033	0.184279675599	-0.141651021014	0.123010923599	0.139586797284	-0.0737623649734	-0.282871811382	-0.283513405416	1.17022415949	-0.111872397468	0.234552925552	-0.0599792048426	-0.0449465535143	0.52577571402	-0.00883385886271	0.226166568659	-5.6069129972	10.4412505115	-11.4561944295
2	3.31414360781	0.650632636004	-0.0642653486024	0.832666138946	0.825276446832	5.22587950504	0.0140539360757	-0.383437639909	0.0376985769517	0.167924391288	-0.0175509076681	-0.155194553438	-0.184765984989	0.962777410181	0.00145208568657	0.210663396317	-0.0230303438667	-0.0219184168685	0.32016384232	0.00897652251184	0.163365373627	-5.4776311373	12.0376528137	-30.6687049742
3	3.0016773374	1.86700734785	-0.468101193209	2.65285412697	-0.00141915269845	0.78246566762	0.253037124684	-0.282086395646	0.238471099833	0.464326574569	-0.162155122351	0.488010381986	-0.0297584271516	-0.185932302233	-0.0961157441689	0.271186459587	0.0169601549511	0.0871935410733	0.170302901164	0.013502471203	0.257097866052	-28.1433485511	-2.84567045722	-35.6927160614
4	2.35584682059	0.121053156686	-0.936545035664	2.8707669926	-0.613712448951	2.5645467634	-0.0332826045871	-0.143107403185	-0.142969964787	0.131202314471	0.0084922655937	-0.085389479081	0.122913221494	0.14163887611	0.018447040489	0.119663588847	-0.0010205266547	-0.0183661724609	0.0814015193629	0.0131949110455	0.109814088786	-15.0290801841	-10.2788736637	-49.6416359457
5	6.85328361441	-1.27590248461	-7.35585520699	0.801266769827	0.810602752517	8.46185332107	0.140060864123	0.0782754206942	0.235293024207	-0.0522302719513	-0.0397792937822	0.254297981961	-0.203987975804	-1.08099895771	-0.100545723083	0.207592139328	0.0367434204804	-0.0360714759316	0.450221404682	-0.0192810666275	0.183545006299	-28.3601216972	9.85322166583	-32.6850673516
6	4.50198872842	-0.374563681864	-0.0251653241749	2.22742087978	-0.262789644627	5.29198583629	0.0373783093276	0.241629146094	0.0535180467536	-0.0865192464567	-0.026173722129	0.190641129032	-0.132210591219	-0.800489015938	-0.012865856131	0.175226179065	0.0367776938286	-0.0092068419069	0.266026609212	0.00321716269175	0.134287724873	-28.588935887	11.6240252135	-13.6314354579
7	6.98658118487	-4.70315229106	1.54161659387	3.16484805488	-1.03991258219	0.338759038967	0.222379264554	0.386904753236	0.493802869958	-0.270490407846	-0.293240330585	-0.497080308368	0.0514188179927	-0.0449238793062	0.0732589348957	0.503468134088	-0.0092921257135	0.0884825072628	0.319394311164	0.00922790180184	0.326853847402	-1.31295714485	-2.53509154138	-11.3512320587
8	2.37617629274	-0.370646418321	-0.813315371256	3.0776278732	0.530384229848	3.12423236828	-0.00212552567027	0.162425003425	-0.12050746015	-0.205750993229	0.00639005133307	-0.0166630382473	0.105868877173	-0.0350005635383	-0.00837011987909	0.107860337261	0.0148627161622	-0.00654192695003	0.108223185253	-0.0195492197515	0.103318522934	-17.4403476645	-8.71587723085	4.72957708981
9	8.69235172547	2.30162219667	-3.46358071888	0.713025890585	-0.945777221392	1.55915744339	0.075891721283	-0.737378623379	-0.222181203367	0.227417305488	-0.184433673801	-0.0486357697477	0.153915001981	0.124876873885	0.108892184048	0.200413039222	-0.0281184883954	-0.0107330596783	0.247885024249	0.000217994325415	0.153175917078	-12.3164734908	-44.576730259	-6.22266177299
10	4.63564533781	-0.282659682466	0.408539455589	2.8342862162	0.423054519623	3.80800460198	0.0096122928585	-0.401426864685	0.0371338214072	0.217528831391	-0.0212170494125	-0.163984375892	-0.0406128761799	0.116396679874	0.000541990452711	0.122813271183	-0.0205787305725	-0.00296089735532	0.140040025785	0.0123185010222	0.117024686739	-28.2645948887	-47.1577772278	-15.6352621437
11	2.55639675943	-0.190222292623	-0.431781761719	2.34479448259	-0.342568260989	2.00640465542	-0.0378450991183	0.0663070004834	-0.148073227614	-0.0988334195904	-0.0270473924265	-0.183371343296	0.0861444227048	0.201534072032	0.0633908420323	0.144381094571	-0.00771825508387	0.00990019651474	0.0854534105932	-0.0130744395374	0.138518774758	-31.4792699104	-34.0154128221	-37.2949206718
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13	2.00458741164	-1.09650396136	-3.39786614034	0.633441685534	0.520685845025	1.58931022759	-0.0321231510155	0.902041813225	-0.327580224198	-0.25091943568	-0.132925073163	-0.0759626675011	0.174030546683	0.0162463890399	0.183368840753	0.202163778769	0.0347640512614	0.00368784433786	0.365297338898	0.0219585623021	0.195902698997	-18.3540725127	-46.7261514487	-37.0032321127
14	2.0117290921	-0.232157338947	-2.58739078456	5.886573118	-1.51521622436	4.52634576751	0.138087823376	0.173972844471	0.0846435225231	-0.143886156111	-0.0481263493195	0.222759026105	-0.137270904097	0.116135562658	-0.110637042451	0.140634053771	-0.00970547225631	-0.0629449353063	0.24974535787	-0.0523680106918	0.196035356733	-6.1754469211	-47.4569251779	-31.170720509
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16	3.10904635232	0.496883798252	-0.600807388108	3.91806453957	0.042647470683	2.42658487543	0.0260529906765	0.084107245789	0.176244470675	-0.0970044378927	0.0850496360752	-0.140188716588	-0.136473873775	0.00156758244445	-0.1034886096	0.120119249636	0.0234056496645	0.0161098911383	0.0996149551847	-0.00528512942751	0.113413545544	8.08149719048	-25.4843247133	-9.07323255148

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 14 through 47 )	A	A	14 - 47	1 - 34
2	2	chain 'A' and (resid 48 through 150 )	A	A	48 - 150	35 - 137
3	3	chain 'A' and (resid 151 through 187 )	A	A	151 - 187	138 - 173
4	4	chain 'A' and (resid 188 through 318 )	A	A	188 - 318	174 - 304
5	5	chain 'B' and (resid 12 through 47 )	B	G	12 - 47	1 - 36
6	6	chain 'B' and (resid 48 through 150 )	B	G	48 - 150	37 - 139
7	7	chain 'B' and (resid 151 through 172 )	B	G	151 - 172	140 - 159
8	8	chain 'B' and (resid 173 through 318 )	B	G	173 - 318	160 - 305
9	9	chain 'C' and (resid 14 through 47 )	C	N	14 - 47	1 - 34
10	10	chain 'C' and (resid 48 through 150 )	C	N	48 - 150	35 - 137
11	11	chain 'C' and (resid 151 through 212 )	C	N	151 - 212	138 - 199
12	12	chain 'C' and (resid 213 through 318 )	C	N	213 - 318	200 - 305
13	13	chain 'D' and (resid 13 through 47 )	D	Z	13 - 47	2 - 36
14	14	chain 'D' and (resid 48 through 89 )	D	Z	48 - 89	37 - 78
15	15	chain 'D' and (resid 90 through 171 )	D	Z	90 - 171	79 - 159
16	16	chain 'D' and (resid 172 through 318 )	D	Z	172 - 318	160 - 306

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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