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万見
- PDB-8ssh: MtrR from Neisseria gonorrhoeae bound to Ethinyl Estradiol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssh
タイトルMtrR from Neisseria gonorrhoeae bound to Ethinyl Estradiol
要素HTH-type transcriptional regulator MtrR
キーワードTRANSCRIPTION / HTH / regulator / hormone / induction
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ethinyl estradiol / PHOSPHATE ION / HTH-type transcriptional regulator MtrR
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hooks, G.M. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Hormonal steroids induce multidrug resistance and stress response genes in Neisseria gonorrhoeae by binding to MtrR.
著者: Hooks, G.M. / Ayala, J.C. / Holley, C.L. / Dhulipala, V. / Beggs, G.A. / Perfect, J.R. / Schumacher, M.A. / Shafer, W.M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: HTH-type transcriptional regulator MtrR
D: HTH-type transcriptional regulator MtrR
A: HTH-type transcriptional regulator MtrR
B: HTH-type transcriptional regulator MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,76314
ポリマ－98,0084
非ポリマー1,75510
水25214
1
C: HTH-type transcriptional regulator MtrR
D: HTH-type transcriptional regulator MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8827
ポリマ－49,0042
非ポリマー8785
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
2
A: HTH-type transcriptional regulator MtrR
B: HTH-type transcriptional regulator MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8827
ポリマ－49,0042
非ポリマー8785
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.923, 85.709, 211.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator MtrR / Multiple transferrable resistance regulator


分子量: 24501.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: mtrR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39897
#2: 化合物
ChemComp-3WF / Ethinyl estradiol / エチニルエストラジオ-ル


分子量: 296.403 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1200 mM Sodium phosphate monobasic/800 mM Potassium phosphate dibasic, 100 mM CAPS/Sodium hydroxide pH 10.5, 200 mM Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→43.52 Å / Num. obs: 16998 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.53
反射 シェル解像度: 3.2→3.314 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1656 / CC1/2: 0.815

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8FW0

8fw0


解像度: 3.2→43.52 Å / SU ML: 0.482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.6518
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2787 859 5.06 %
Rwork0.1995 16127 -
obs0.2036 16986 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5993 0 118 14 6125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16728520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0549970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00921065
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8169826
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.40.37651420.28392637X-RAY DIFFRACTION97.68
3.4-3.660.35151430.24082687X-RAY DIFFRACTION99.12
3.66-4.030.28481400.20872678X-RAY DIFFRACTION98.88
4.03-4.610.31400.18272697X-RAY DIFFRACTION99.4
4.61-5.810.25671410.19132699X-RAY DIFFRACTION98
5.81-43.520.23911530.17942729X-RAY DIFFRACTION98.26
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.4120131381 Å / Origin y: 30.0366632171 Å / Origin z: 23.9248958009 Å
111213212223313233
T0.52085927162 Å2-0.0537376519303 Å2-0.0745001481446 Å2-0.534017441542 Å20.0480560401864 Å2--0.508401412065 Å2
L0.617524391274 °2-0.557345900269 °2-0.15618106731 °2-2.0360780597 °20.660975303376 °2--0.942810527981 °2
S-0.056104752343 Å °-0.132114196329 Å °0.0549946597097 Å °0.0433811581952 Å °0.0475185199021 Å °-0.15725904305 Å °-0.0435370930258 Å °0.0529738732513 Å °-0.0212262676427 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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